1.一念心性 智旭一生虽参学多方，但他的理论基础是天台宗的“一心三观”学说，唯识宗的名相分析是对于一心三观的补充。一心三观是说，一心有空假中三种观法，由此得空假中三谛，三谛不外一心，一心顿得三千大千世界，而非分别成就。智旭以一心为他的理论出发点，他说：
佛法贵精不贵多，精贯多，多不能专精，故提纲挈领之道，不可不急讲也。纲领者，现前一念心性而已。心性不在内外中间，不属过现未来，不可以色声香味触法求，不可以有无双亦双非取。心性既尔，一切法性亦如是。故曰因缘所生法，即空即假即中。(《示闵六飞二则》，《灵峰宗论》第141页)
就是说，世界万法，皆主体一念心所显现，心是体，万法是用。心无方所，无形状，心具空假中三观，三谛圆融，不外一心。佛教一切理论，都是为了发明此心，都是心的注脚。而此心却非另有本体，即眼前之一念心，此一念心为万法之性。他描述此一念心说：
佛之知见非他，即诸法实相是也;诸法实相非他，即现前一念心性是也。现前介尔一念，不自生，不他生，不共生，不无因生，未生无潜处，欲生无来处，正生无住处，生已无去处。心无心相，则其性无生。无生故无住、无异、无灭，无生住异灭，即真法性。横遍竖穷，不可思议。若于此无相妙心，妄谓有心相可得，则佛知见便成众生知见。若即此妄相幻心，达其本非有相，则众生知见便成佛知见。而此一念心性，既举体全空，亦复即假即中。以三谛宛然，故三观亦自法尔。以法尔之三观，照宛然之三谛，能所不二，境智互融。(《示迦提关主》，《灵峰宗论》第79页)
心本体是绝对的，不能用描述现象的概念如生住异灭等去描述它。此心一切人皆有，众生之心与佛之心，其区别就在觉与不觉，所谓觉即了知一心三观之理，能观之心与所观之境圆融无碍，舒卷自如。如说万法是心，即以心为具体法;如说万法不是心，即执法为实有。终极境界是心法一如，能所双泯。他总结他的以上理论说：
无法不从心造，无法不即心具。识取自心，佛祖道尽矣。心造者，即理恒事也。心具者，即事恒理也。即理而事，谓之百法;即事而理，谓之大乘。(《示吴景文》，《灵峰宗论》第144页)
心造是从万法的本质说，万法皆心所显现，无心外之法;心具是从万法的存在状态说，万法互相依赖，互相渗透，形成一个整体。万法与心一时皆有，非有时间上生与被生的关系。心造者，心必然表现为万法;心具者，万法皆是一心。这就是智旭的理论核心。他的其他说法都从这里生发出来，他据以融会其他宗派的，也是这一理论核心。正由于此，他的弟子将他归入天台一系。
2.和会诸宗 智旭一生参学多方，以天台思想为主，融合唯识宗、禅宗、净土宗、律宗的思想，形成灵峰派。灵峰派的显著特点，就是它的融合、调和色彩。
智旭在理论上吸取较多的是唯识宗，在他看来，天台之一心三观，须以唯识宗之“万法唯识”为其入门。上述天台宗的“即事恒理，即理恒事”，前者重在说本体，后者重在说现象。说本体是天台胜场，而说现象，唯识更胜一筹。如天台宗“一念三千”中所说之百界千如，虽由一心所建立，而实是唯识宗所谓“法”。从这个意义上，天台可融摄唯识宗。智旭曾说：“欲透唯识玄关，须善台衡宗旨;欲得台衡心髓，须从唯识入门。未有日用寻常分剂头数尚未了了分明，而漫拟玄妙者。”(《示吴景文》，《灵峰宗论》第144页)他的意思是，唯识宗虽以万法唯识为根本宗旨，但它以分析名相入门。名相是具体法，即他所谓“日用寻常分剂头数”。唯识宗将识和境分成许多种，对它进行十分细密的分析，最终阐明唯识无境的道理。对唯识无境的道理尚不理解，则难以进而悟天台宗一心三观的玄妙宗旨。而不通天台宗之旨，则易将唯识宗所讲之具体法视为各个孤立，易将空假中三谛视为有前后际。唯识宗所讲的三性说，如以天台宗之三谛说解释，也极易明白。天台是根本，是总纲，它可以融合唯识宗的理论。
据此智旭提出融合性相的主张，他说：
性随相转，何性不相?设不遍达诸相无量差别，安知妙性具足如斯染净功能!相本性融，何相不性?设不深知一性圆顿满足，安知诸相无非事事无碍法界?故台宗剧谈实相，必约百界千如。(《重刻〈成唯识论自考录〉序》，《灵峰宗论》第381页)
这里是说，性与相共生，任何性都表现为相。性宗所说的如来藏自性清净心必然要表现为万法，如果不以相宗理论了达万法的无量多差别，怎能知道性宗所谓一心开二门、一性本具染净二种功能。相应地，如果不知道如来藏自性清净心本身即圆满具足，就不知道由如来藏所开出的心生灭门中的万法皆互相依持，互相融摄，自在无碍。天台宗之一念三千也是这一思维模式，一念心可视为性宗之如来藏自性清净心，三千大千世界可视为唯识宗之万法。天台唯识可以互相发明。他所认为的性相关系是，性是本体，必借相以显性;相是表现，性必显为相。所以，性相两宗大可不必分河饮水。性宗如没有相宗的细密分别，必陷入笼统;而相宗若徒见名相分别，不知皆实性之相而会归一心，必陷入拘执。他反对天台宗山家派因山外派吸收唯识宗理论而将其打入异端的做法，斥之为不知百川归海之理;他也对唯识宗人自封自限，拒绝吸收其他宗派理论的狭隘作法提出批评。他的观点是：“习性不习相，未有不颟顸者;习相不习性，未有不胶滞者。”(《重刻〈成唯识论自考录〉序》，《灵峰宗论》第382页)他表彰天台宗第二代祖师慧思的《大乘止观法门》(此书有学者疑非慧思作，这里不辩)在唯识宗经典未译出之前以天台教观统摄《大乘起信论》中阿赖耶识与染净二法，阐明性相二宗宗旨的功绩;同时他也提倡以唯识学说加入性宗教典，以帮助对性宗理论的阐发论证。
智旭的融合性相还表现在他以一切唯心之说改造唯识新译所谓真如，使真如具有新的性质，他说：
佛法不出唯心真如二观，盖一切色心依正假实诸法，无非仗因托缘而生，皆是依他起性。不了依他，妄计实我实法，即名遍计执性。了其如幻，有即非有，体惟一心，即名圆成实性。今唯心识观，于依他达其遍计本空，而真如实观，只二空所显理性而已。(《示可生》，《灵峰宗论》第97页)
他的意思是，对于外在事物之观法，不外二种，即唯心观与真如观。唯心观为佛教之共法，尤为《大乘起信论》及天台之一心三观所强调。而唯识宗则以八识及三性说为其纲宗，认为世间一切法皆因缘而生，无有自性，所以，法皆依他起。不知道这一点，妄计我为实我，法为实法，此即遍计所执。了知依他起与遍计所执，以我与法本为虚幻，这就是圆成实性。唯识新译，以勘破依他而起(本空)、遍计所执(真空)而显真如，真如是二空所显发的实体，这个实体只是“理性”而不是心。智旭对此不慊于心，在他看来，只有心才是惟一本体。他尝批评某些唯识家割裂圆成实性与心的关系：“纵圆统三性，乃名一中一切中，亦只显彼遍、依无体，体即圆成，仍但显彼遍、依，统一圆成实性耳。但能如是观察自心境界，一切境界皆唯心现，皆即是心，故名自心境界。”(《示讲堂大众并注》，《灵峰宗论》第133页)意思是，纵然以圆成实性统率三性，也只是标显遍计所执和依他起性本无自体，体是圆成实性。这也只是说到三性统一于圆成实性，没有说到圆成实性的性质。如能以天台之一切法为心所观、一切法的本质皆心去观圆成实性，才算得到最后的真实。这里智旭是在以天台宗的一念心性去改造、激活唯识宗的真如(理性)。可以说，唯识宗在智旭这里，既是论证天台宗教义的工具，又是被天台教理改造的对象。他最终强调的还是“欲透唯识玄观，须善台衡宗旨”。
智旭思想中，有极多的净土因素，他一生提倡解行并重，二十八岁母丧后曾掩关松陵，关中大病，乃以参禅功夫求生净土，后亦提倡持名念佛。他认为，佛教的根本目的在成佛，成佛需觉悟和修行两个方面：“以解行双到为宗趣，非开解无以趋道，非力行无以证道。”(《示真学》，《灵峰宗论》第66页)开解主要靠悟诸宗教理，力行要靠修净土。悟教理与修净土结合，才是圆满的，他说：
唯大彻大悟人始可与谈念佛三昧，否则百姓之与知与能，犹远胜仁者见之谓之仁、智者见之谓之智也。达磨西来，事出非常，有大利必有大害。呜呼!先辈幸得大利，今徒有大害而已。谁能以悟道为先锋，以念佛为后进，稳趋无上觉路者邪?(《西方合论序》，《灵峰宗论》第393页)
这里是说，念佛修行是悟后之事，无解悟之念佛，是所谓“口头三昧”。解悟与念佛，两者不可偏废，这是上焉者。而以明代后期社会历史条件及佛界现状论，念佛法门更显得重要，因为当时各宗皆衰落，禅宗虽盛，但亦堕入不观教理、徒弄机锋不务实修的弊病。与其如此求悟，不如实修念佛。这就是他所谓百姓知能远胜见仁见智之意。这可谓求其次。“悟道为先锋，念佛为后进”，是他提倡教、禅、净合一以对治佛界流弊的切实主张。
智旭主张佛教各宗融合，然后会归于净土，他说：
今欲遍通一切法门，虽三藏十二部，言言互摄互融，然必得其要绪，方能势如破竹。为圣贤者，以六经为楷模;而通六经，必借注疏开关钥。为佛祖者，以《华严》、《法华》、《楞严》、《唯识》为司南;而通此诸典，又借天台、贤首、慈恩为准绳。……然后融入《宗镜》，变极诸宗，并会归于净土。以此开解，即以此成行。教观齐彰，禅净一致，远离担板之病，不堕数宝之讥。可谓庆快生平，卓绝千古者矣。(《示真学》，《灵峰宗论》第66页)
智旭把佛教各宗经论看做是互摄互融的，分别只在权实显隐的不同。他非常推崇五代宋初名僧延寿，以延寿的《宗镜录》为调和诸宗的范例。智旭在总体倾向上与延寿相近，他们都主张禅教并重，性相融合，最后归于净土。他所谓融入《宗镜》，变极诸宗，就是以天台教理融合各宗，以此融合后得到的百川一味为宗旨，各宗在此整体中各有其位置，各辉耀其光彩，互相吸收为自己所用。所以他教人看天台之《摩诃止观》，华严之《杂华严经》，法相之《成唯识论》，然后看融合诸宗的《宗镜录》，同时兼修净土念佛。他在《法海观澜自序》中说：
统论修证法门，浩若尘沙，非止八万四千而已，然五门收之，罄无不尽。何者?欲游佛海，先资戒航。戒净则解行可遵，行圆则秘密斯证，证入则依果自严。故首律宗，明造修之始。次诸教，明开解之途。次禅观，明实践之行。继密宗，明感应之微。终净土，明自他同归之地也。(《灵峰宗论》第407页)
智旭的五门，以律宗为先，因为戒律是修行的开始，是一切宗派都要遵守的。第二为教宗，指天台、华严、唯识等。入佛门修行后，必须明佛教各种理论，以期觉悟。第三为禅观，这里的禅观，主要指坐禅入定，观想佛教所谓真理。禅观是把教宗阶段所学理论“体之身心”，由知解变为体验，故为“实践之行”。第四为密宗，密宗是重要的宗派，故须在“教海”中有其位置。但修显教者不必皆修密教，所谓“明感应之微”，不过以身(手印)、口(咒语)、意(观想)三业共同作用的方式，表征或想象诸神加护于自己或使自己具有神通。第五为净土，为佛教一切宗派、一切修行者的最后归宿之地。净土如五行中之中央土“王四时也”。一切佛教法门，互相融摄，而最后皆归净土。这就是他说的“净土者，三德秘密，常乐我净，究竟安稳之处”(《法海观澜自序》，《灵峰宗论》第408页)。
智旭所谓净土，就在自己心中，这可以说是对宋代唯心净土的发挥，也是台净合一必然有的结论，他说：
般若非他，现前一念心性而已。……此理既明，一切宗教皆吾心注脚，岂异说所能簧鼓。以此圆解，净除无始妄惑种子。故曰：随其心净，则佛土净。当知华藏庄严，无边刹海，皆我净心所感依报，皆第八识所现相分。岂别有心外之土，又岂别有土外之心也?(《示闵六飞二则》，《灵峰宗论》第141～143页)
他以心为万法本体，佛教各派理论都是心的注脚。所谓净土，是由净心而起的影相。此相是唯识宗所说由见分产生的相分，它的本质是一种观想，非如袾宏所谓十万亿刹土之遥的佛国净土。可见，智旭提倡台净合一，融合性相，就是要返回到佛教以心为本体，解行不二的原始面貌，防止诸宗理论上的分歧模糊了佛教根本宗旨，防止僧人因诸宗混乱分歧而各执所偏，迷失了僧人的真正使命。
3.儒释同异 智旭不仅认为心是佛教一切宗派的理论出发点，而且也认为，儒道两家的根本宗旨也不外乎一心。可以说，儒释道三教不过是从各自不同的立场阐明了心本体。所以，“自心者，三教之源，三教皆从此心设施”是他解释儒道两家学说，阐发两家宗旨的根本纲领。他晚年所作的《周易禅解》、《四书蕅益解》，也不过借《易经》与四书发挥这一纲领。智旭在《周易禅解自序》中说，他之以禅解释《周易》，意在会通两家宗旨。他以佛教之四悉檀设喻。所谓“四悉檀”，是佛教使人成就道果的四种说法方式。智旭说，他以禅解释后的《周易》，视为易可也，视为禅可也;视为亦易亦禅可也，视为非易非禅亦可也。视为易，是四悉檀中之世界悉檀，即以凡情所乐以接受的方式说法。人见他以释子而能解儒书，必欢喜读，故可算作世界悉檀。视为非易，此是为人悉檀，即视各人特点随机说法，令增信心。或人见其不同于俗儒之老生常谈，所解非《易》，则生善心，故可算作为人悉檀。视为亦易亦非易可也，此是对治悉檀，即针对各人弊病，施种种法药，令遣除恶病。或人以易与禅不同，有搜刻之病，则说两者相同。或人以易与禅全同，有笼统之病，则说两者不同，故可算作对治悉檀。视之为非易非非易可也，此是第一义悉檀，即见听者机缘已熟，说第一义实相，令其证入。人知儒有儒之真谛，释有释之宗旨，知所作之禅解《周易》非易非非易，从中悟诸家但有名相，而无实性，顿入第一义谛，可算作第一义悉檀(见《灵峰宗论》第363页)。这里智旭的意思很明确，他欲做“外道师”，令佛教之外的人从读此书中生起对佛教的信仰，令佛教中人从读此书中了解儒家。贯穿本书的中心思想，就是心为万法本体，心为二教之源。所以他认为，儒释道三教以及佛教中禅律净诸家皆是方便说法，皆是阐明心本体的工具。这是他半生学儒学佛参禅演教得出的最后结论。他说：
儒也、玄也、禅也、律也、教也，无非杨叶与空拳也，随婴孩所欲而诱之。诱得其宜，则哑哑而笑;不得其宜，则呱呱而泣。泣笑自在婴孩，于父母奚加损焉。……佛祖圣贤皆无实法缀人，但为人解粘去缚。今亦不过用楔击楔，助发圣贤心印而已。(《四书蕅益解自序》，《灵峰宗论》第685页)
世间一切理论，都是为了去除人的迷惑和系缚，因人有种种执著，故造出各种理论，这些理论不过是心本体的随机阐释。由此他反对儒家道统说和佛家中的衣钵传承，认为这是制造纷乱的根源。他曾作《儒释宗传窃议》，以儒释道为根本大道的不同表现，他说：
大道之在人心，古今唯此一理，非佛祖圣贤所得私也。统乎至异，汇乎至同，非儒释老所能局也。克实论之，道非世间，非出世间。而以道入真，则名出世;以道入俗，则名世间。真与俗皆迹也。迹不离道，而执迹以言道，则道隐。……道无三，安得分三教以求道?特以真俗之迹，姑妄拟焉。则儒与老，皆乘真以御俗，令俗不逆真者也;释乃即俗以明真，真不混俗者也。故儒与老主治世，而密为出世阶;释主出世，而明为世间佑。(《灵峰宗论》第330页)
大道是理，同时即具于心中，一切小同异都可包于大道之中。儒道两家是就世间立法，释家是就出世间立法，儒道与佛，可以互相补充。
智旭对于宋代理学重要概念致知格物的解释就表现了这种互相补充。他根据佛教义理给了“格物致知”四字以明确的定义：
知者，明德之本体，乃中道第一义谛妙心，非空非假而实离一切相，即一切法者也。致者，一心三观，了达此一谛而三谛也。物者，迷此知体，而幻现之身心家国天下，如水所结之冰也。格者，推究此身心家国天下，皆如幻影，并非实我实法，如以暖气消坚冰也。(《致知格物解》，《灵峰宗论》第275页)
这个定义明显地表示出，智旭是借儒家概念发挥佛家义理。这是他融合儒释的一个重要方法。他所谓物就是所观之境，所谓格就是能观之知，格物就是致知，就是将一心三观之理施之于所观之境，结果是三谛圆融。得到此结果即物格即知致。惟知致才能物格。也可以从唯识宗之转识成智去解释《大学》的“八条目”：了知一切法皆无实我实法为物格，将第六识(意识)转为妙观察智为知致，将第七识(末那识，执识)转为平等性智为意诚，将第八识(阿赖耶识)转为大圆镜智为心正，将前五识(眼、耳、鼻、舌、身)转为成所作智为身修。一身清净，故多身清净，乃至一世界清净，故多世界清净，即家齐国治天下平。在他这里，“格物致知”只是假名，无真实相。因此，儒释两家都可以填充各自的内容。
与此同一路径，他用《法华经》经义去解释《中庸》之“天命之谓性，率性之谓道，修道之谓教”三句。他所谓天命之谓性，天指第一义天，命指阿赖耶识执持色身相续不断之妄情。“天命之谓性”指阿赖耶识这一有生之性中含净性(天)与妄情(命)。全真起妄，净性表现为妄情;全妄是真，妄情归结为净性。“率性之谓道”者，率染恶种子而行，是小人之道，亦名逆修。率净善种子而行，即君子之道，亦名顺修。“修道之谓教”者，小人之道通过修行使其尽除，君子之道通过修行使其光大(见《性学开蒙答问》，《灵峰宗论》第198页)。对这个解释，智旭认为“三句合宗，头正尾正，凡一文一字，皆可消归至理”。但他也说，这种解释的结果，是智旭之《中庸》，非子思之《中庸》。其他如对“十六字心传”的解释等皆如此类。这是智旭融会儒释的一个重要方法。他的根据是，儒释道三教是根本大道的表现，其教义皆“权法”。他说：
今约三圣立教本意，直谓同可也，以无非为实施权故也。约三教施设门庭，直谓异可，以儒老但说权理，又局人天，佛说权说实，皆出世故也。约权，则功夫同而到家异，谓亦同亦异可也。约实，则本不坏迹，迹不掩本，谓非同非异可也。(《性学开蒙答问》，《灵峰宗论》第199页)
就是说，就儒释道三教教化善类所据之根本义理着眼，三教本同;就各自的方便说法着眼，三教不同。就三家教化上某些方法的共同性说，三家可说功夫同。就三家最后的不同成就说，三家可说归宿不同。因此可说三教亦同亦不同。佛教虽说的是出世的道理，但不妨用儒道入世的方式说出。所以三家又可说是非同非异。智旭对于儒道释三家的关系，用佛教“离四句，绝百非”的思辨方法，说得可谓曲尽旁通。
稍早于智旭的著名禅僧元贤(1578—1657)也有很强的融合儒释道三教的倾向，他的著名著作《呓言》、《续呓言》就是为会通三教而作。其中有一段关于三教的问答，与上述智旭对三教关系的论述极其相像：
先觉多言三教一理，是否?曰：教既分三，强同之者，妄也;理实惟一，强异之者，迷也。故就其异者而言之，则非独三教不同，即同一佛教，而大小不同;即同一大乘，而权实不同。盖机既万殊，故教非一端。若就其同者而言之，则非独三教是一，即一切魔外，以及资生业等，皆顺正法。盖理外无教，故教必归理。如此方儒教，乃是此中众生，形生神发，日趋于欲，不约而防之，何所底止!故圣人因时事，察人情，为之说仁义，立纲纪。化之以礼乐，束之以刑罚，使不乱也。即使佛处震旦国，说经世法，又岂过于周公、孔子哉!然众生既束于儒典，执著名相，则名相之区，翻为桎梏之地，岂儒家圣人之意哉?由是老庄出，而说虚无自然之道，使闻者闲旷超越，不为物累，庶几为入道之方便。至于我佛所说，则超人越天之实法，而穷理尽性之实学也。是知理一，而教不得不分，教分而理未尝不一。彼执异执同者，皆戏论也。(《呓言》，《中国禅宗大全》，第1424页)
在元贤这里，根本道理只有一个，而借不同的教法显出。各种学说，各种宗派，甚至邪魔外道，都是说出了这根本道理的一个方面。儒家是就经世法说，仁义礼乐，纲纪刑罚皆经世之具，不可缺少。但执著于经世法，则为经世法所桎梏。道家就是为救儒家执著名教而倡导虚无自然学说。但道家学说仍不能超出世情，佛教因之而创出世法。其穷理尽性，即了知心为根本之理，万法本性空寂。知道这一点，即可超越三教优劣同异之辩。可以看出，元贤的这些说法，与智旭可谓异曲同工。
通过对明代四大高僧思想的简略论述，我们可以看出，明代特别是明中晚期，佛教界有很强的调和儒释道三教的趋势。就这一情势而观，南北朝的黑白之争，唐代的空有相性之争，宋代天台的山家山外之争，禅宗的五家之争，乃至明初姚广孝(道衍)对程朱排佛的驳论，这时都显得多余，都让位于融合这一大的时代趋势。这一方面说明，儒家学说特别是理学已经以绝对统治地位牢牢地占据了社会舞台，它的影响渗透到各个方面。佛道已失去往日的光辉，不能不附显学之骥尾以延残喘，它只能寻求与儒家的调和。另一方面说明，中国佛教经过千余年发展，至此已烂熟。佛教内部的争论，其理论上的差别已为人熟知，不复有为此争辩的兴趣，原为取得统治者的支持而有的门户之争至此也因明朝对佛教的整顿限制政策而大大地消减了。自唐末五代即已开始的融合禅净、台净、禅教、性相的趋势随着儒教的一尊而逐渐强固，至此已达到高峰。还有一点，由于整个社会随着生产发展而有的近世化过程的加速，特别是明代中后期市民阶层的逐渐发达，僧家生活世俗化的趋势在加剧。僧人窳滥的情形越来越严重。这可由明代僧家内部大量出现的警戒、箴规、训诲文字作证。佛教整个的萎缩使它的创造生机丧失殆尽，不得不寻求与儒道的融合。四大高僧的理论和实践就是整个明代特别是明中后期融合会通时代趋势的一个缩影。