四十回的《水浒后传》写三十二位梁山未死英雄重举义旗，并英勇抗击外来侵略者，最后到海外创立基业的故事。
小说一开始就写阮小七梁山感旧、手刃张干办和李俊太湖捕鱼、反抗巴山蛇两件事情。正是统治阶级的残酷迫害“梁山馀党”，鱼肉人民，使散处各地的梁山好汉又很快地聚在义旗之下，建立了登云山、饮马川的反抗据点。这时，部分梁山的英雄在经历了种种严酷的斗争，接受了梁山起义失败的教训之后，认识有所提高，性格也随着发展了。“当日不受招安，弟兄们同心合胆，打破东京，杀尽了那些蔽贤嫉能这班奸贼，与天下百姓伸冤，岂不畅快!”阮小七说的这段话很有代表意义，表明他对统治阶级已不再抱有任何幻想。铁叫子乐和运用妙计，从防范严密的饮虹桥别墅和常州府监狱中，接连救出花逢春母子姑侄和李俊、费保等人。后来义军创业海外，他一直是出谋献策的智囊，不愧为吴用的再生。而李俊则由一位梁山水军首领变成德孚众望的义军领袖。《后传》作者既照顾了这些人物形象在《水浒传》中的性格特征，又写出了他们在现实斗争中的成长。
生活在民族矛盾十分尖锐的清初，作者怀着“亡国孤臣”的沉痛心情，再现了金兵南下后“四野萧条，万民涂炭”的情景，也揭发了金兵虏杀良民，贩卖人口的罪行;对李纲、种师道及太学生的爱国斗争则热烈歌颂，对徽宗、钦宗的昏聩无能，蔡京、童贯等人的祸国殃民则大加贬斥。这些描写，很有借北宋末年历史，总结明亡教训的意味。至于作者让蔡京父子、高俅、童贯最后都落入梁山英雄手中，一一处死，则显然表现出人民要求为无辜死难的英雄复仇雪恨和惩罚祸国罪魁的愿望。在《后传》中，关胜、朱仝、呼延灼等身处民族战争的最前哨，在敌强我弱的形势下依然孤身奋战，给敌人以严重的打击。这些振奋人心的描绘，在发挥《水浒传》反抗官府压迫的精神的同时，还结合着时代特点，突出地表现了爱国主义的主题。
《后传》作者从《水浒传》第一百十九加李俊泛海到暹罗国的传说得到启发，自十三回后，遂大加敷演。这实际是为水浒英雄安排美好的结局，以慰人心;同时也在一定程度上，隐约流露出作者对郑成功、李定国等人的抗清斗争所寄予的希望。至于他在《后传》中让乐和站到雨花台上，“望着钟山，王气郁郁葱葱，不觉胸次豁然”，就更明显地表现出他热望恢复明朝政权的用心。但也同时说明了作者的局限：正如许多明朝爱国遗老一样，他也把复国希望寄托在皇帝身上。《后传》写燕青向徽宗进献青子、黄柑，李俊立国海外仍然尊南宋小朝廷为正统，也同样是这样封建意识的表现。出于同一思想根源，作者以李俊君臣赋诗、“世享荣华”来结束全书，不仅显得庸俗，也冲淡了前面所著力渲染的战斗气氛。