【释 经】 甲一 叙请分 乙一 叙述证信 丙一 闻时主处
如是我闻：一时、薄伽梵游化诸国，至广严城，住乐音树下。
入文解释，须分段落，方显文义。中国自晋道安法师已来，皆以序、正、流通三科，诠释经文，妙能契合天竺菩萨释经之方式，故千百年来胥依循之。虽三科大旨相同，而名称不妨随宜而异；故今解此经，亦分叙请、正说、流通三分。自如是我闻下，为叙请分；自尔时佛告曼殊室利东方去此下，为正说文；自尔时阿难白佛言世尊当何名此法门下，为流通分。叙请文中，又分通叙与别叙；通叙为证信叙，别叙为缘起叙。今此即证信之叙。此证信叙，古来解释二家不同：一、出龙树大智度论，明六成就：如是、为信成就；我闻、为闻成就；一时、为时成就；薄伽梵、为法主成就；广严城、为住处成就；至下与大苾刍众等，为听众成就。佛经有此六种成就，方可崇信。二、出亲光佛地经论明五种证信，其言如是为指法之词，乃通指此经而言，如言如是之法，为我结集者所亲闻。或如是之法，为当时佛在某处所亲说，而有法会大众之所共听。叙以证信，乃具五重：即一、如是我闻，为亲闻证信；二、一时、为说时证信；三、薄伽梵、为说主证信；四、广严城、为说处证信；五、与大苾刍众等，为听众证信。此二解，虽稍有出入，然其理亦大致相同。今依五重证信讲之。
如是二字，集古德之解，有十七种，或二十一种之多。于中亦可作如此说：如者，维摩所谓：‘一切法皆如也’。诸法缘生无性，当体如如，见此如如真理者为是，不见即不是，故曰如是。又佛说法，契理契机，契理即真为如，契机所宜为是。今解、结集者言：如是之经，为我亲闻，非辗转由他而闻，更非由外道天魔等而闻，乃依佛宣扬，为我亲闻。此言我者，似与佛法常言无我、无人、无众生、无寿者之理相违，其实不然。
以佛法言人法无我，乃无凡夫外道迷执之我，非无假名之我。凡夫众生上自天人，下至鬼畜，皆有俱生我执，恒执此五蕴业报之身为自我。而凡夫中之外道者，更于五蕴身上妄起计度分别我执：或计色为我，如言色大我小，我在色中；或色小我大，色在我中。或计受为我，或计想为我，或计行为我，或计识为我。如是等执，过患无量，故佛经说五蕴无我，即破此凡外妄计之我。金刚经云：‘无我相，无人相，无众生相，无寿者相，无法相，亦无非法相’；此之谓也。但五蕴法虽无实我，亦不妨以我为五蕴和合假相之代名词，随俗称谓藉以辨别宾主，以便彼此呼应。如育王寺之名，本无固定之物，乃是由数百亩之山地，数百余之住众，及千百年来之仪轨等，众缘凑合而成之假相而已。故泛常亦称五蕴和合之假相为我，原无实体。今此言我，乃当时结集此经者，对法会大众之自称。但其与凡夫之称我不同，乃为无我之假名我，以内无凡外妄计之执故。金刚经所谓‘如来说我者，即非是我，是名为我’；故此无我之我，纯为对机而称。又有深义者，此无我之我，乃诸法无我理所显之真如实性，此中无自他彼此相，无好恶是非相。结集此经之菩萨，深达此诸法空性而假呼我名耳。
闻者，依字义解，如平常言眼见耳闻等，则为耳根所闻。其实、耳根不能闻，闻者属耳识，不过以根为增上缘，声为所缘缘，识种为亲因缘，三缘和合，方能发识以闻。但耳识闻声时，无文义相，须待同时意识生起，方有文义相现，以成了别音义之用。故此闻之成就，操诸意识。是则由耳根发耳识，由耳识闻声音，由意识了别音义也。但既由根、尘、识三和合而闻，何不言耳等闻，而言我闻耶？然曰耳闻，则通诸耳，不能表现结集菩萨之亲闻；菩萨为举亲闻证信，故云我闻也。一时者，即举佛说法之时以证信。其不指出某年某月某日某时者，因世界地域不同，年月日时随之而异，故不固定说为某时。如今地球上各国所用之历本，纪载时间，各各相异。即以中国言之，有阴历，有阳历，阴历之初一，非阳历之初一，阳历亦然。又如印度以初一至十五为白月，十六至三十为黑月，而以黑月之十六为初一，亦与中国适得其反。又佛说法，时而天上，时而人间，随众生之知解所见各异，故诸经中，皆不说定其时。今此所指之一时，即佛说此经结集菩萨与法众共听之时也。
薄伽梵者，为举说法主以证信。薄伽梵亦作婆伽婆，译音之异，其义为吉祥王、大威猛、极尊贵等；因其含义甚多，故不翻译。中国译经，有五不翻，此为多含不翻。但亦有翻为世尊者，即经中──如来、应供至天人师、佛、世尊──十号中最后一号。亦有自如来至佛为十号，以世尊为总称佛之德号。盖佛于六凡、三乘世间中最极尊胜，所谓天中天、圣中圣是也。故此薄伽梵，即指佛而言。但佛为诸佛十号之通称，三觉圆，万德具，皆号曰佛；然以此土之教主为释迦佛，故只举一佛字时，即显为此土之释迦佛。若他土诸佛言此佛时，则须置释迦之名，方可区别。然佛佛道同，说此佛世尊，即通说十方诸佛世尊，说此佛法时，即通说十方诸佛之法，故佛常言：‘住世四十九年，未曾说过一字’。正明此佛所说之法，乃为过现诸佛所同说之法。而吾人推崇本师，言此法为此佛所说，而佛实非以说法者自居；故说此佛所说之法，即过现诸佛所说之法，亦无不可。
游化诸国至广严城，住乐音树下者，此说佛说法之处所以为证信。佛自证菩提先至施鹿林中，为五比丘转四谛法轮，然后游化经摩竭陀国而至此广严城。诸国，于仁王护国经说十六国；或说佛灭度时，国王共争舍利；故知佛说，实有诸国。此指人间而言，若其游化天上及龙宫华藏等，广施法雨，化无量众，则诸国之所包广矣。广严城、即毗离耶城之译义。此城广大，人民丰富，楼阁修饰，极其庄严，故以为名。乐音树、为树名，其林木中，迦陵频伽出和雅音，微风吹动，天然歌乐，故以为名。此广严城，喻如宁波；乐音树则如宁波之阿育王寺。佛游化经此，即憩息树下说法，此为住处证信，亦犹今之开会讲经，必有其住处也。
丙二 听众法会 与大苾刍众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王、大臣，婆罗门、居士、天龙八部、人非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
由前闻时主处，已可证信。但为流传千古，不使稍有怀疑，故此复引法会大众证信。如《弥陀经》等引众证信，并列其名，如长老舍利弗等，而今唯言苾刍等众。苾刍与比丘音同，有言苾刍指香草，从喻立名。其实、同音译比丘。比丘译义甚多，而其本义，厥惟乞士。乞士者，乞食以活身命，乞法以资慧命。乞食以活身命者，依出家法，舍弃家产游化人间，乞食活命，随处宣教，度诸有缘，威仪端严，导俗敬信，令施食者广种福田，故乞食资身，属利他德。乞法资慧命者，乞求佛法，慧命相续，功德成就，乃属自利。具此二德，方号苾刍。苾刍众中，其无学者，为大苾刍；未具戒者，有沙弥众。又依戒律，在家出家，各有男女二众。而此专指苾刍众者。众、为僧伽和合之义。此大苾刍众，已证四沙门中果，为众中上首故。此苾刍众，数有八千。复有菩萨摩诃萨其数三万六千者：菩萨、具云菩提萨埵。菩提、为无上觉，萨埵、为有情。正显菩萨初发心时，即上求正觉，下化有情。约四弘誓愿说：法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成，为上求；众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，为下化。但约广义言，从初发心至等觉地，皆为菩萨。则此为初心耶？抑等觉耶？故以摩诃简别；摩诃为大，即大菩萨。自十信初心菩萨至初住位，复经十住、十行、十回向，至登初地即称大地菩萨，乃证诸佛菩萨所证之真如实际理地，方称为大；具无量义利故为多；居三乘之首故为胜；具此大、多、胜、三义，方是菩萨中之摩诃萨。今此会中，摩诃萨众，三万六千。苾刍为佛近眷属，常随侍佛；菩萨众乃佛之大眷属，能助诸佛转法轮者。国王为一国之主，犹今共和民国之元首、总统、或主席。大臣为国王之辅弼，左宰右丞，以及文武大官，皆辅助国事者；如今之院长，部长等。婆罗门、此译净裔。释迦佛未应世时，印度有外道言：天地万物未生之前，有大梵天，超然独上，人类万物由之而生。其生时，有自脚底而生，有自两膝而生，有自两肩而生，有自其口而生，此为形成印度四姓阶级之因素也。而此婆罗门种，即由梵天口生；梵为净义，故曰净裔。此婆罗门世掌全国文化事业，教导人民，如中国古之文人大儒，教育民生，而居执军政之刹帝利上；故知印度实为教重于政之国。居士、乃素封之家，可端居乐道，为农工商界之领袖，社会之优秀份子也。如是等众，皆为人间听法之众。复有天龙八部，无量大众。奘师译本，天龙之下加有药叉二字，今本则无，乃将药叉摄八部中。天在人上，有欲界天，色界天，无色界天；三界共有二十八天。龙、通常专指兴云施雨者；在佛教中，具大神变，有大威力，护天护人，皆为龙众。药叉、即夜叉，译为勇健，言其威猛神武，是大力士。又译捷疾，言其陆空飞行，往来迅速。平常水陆道场中，发符使者，即此药叉神将。八部者，即天、龙、药叉、乾闼婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩睺罗伽。此中略去药叉以下。国王、大臣等，皆是人众；天龙、药叉等，为非人众；故曰人非人等。如是苾刍等无量大众，随佛住乐音树下，恭敬尊重，围绕于佛，求佛说法，故启下文曼殊之问佛。既有如是等盛会胜事，故结集者，叙述流通以证信也。
乙二 礼请许乐 丙一 敬礼
尔时、曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
此下为叙请分中第二科礼请许乐，为此经之别叙，亦名为缘起叙。此中有四：一、敬礼，二、启请，三、赞许，四、乐闻；今为敬礼之文。敬礼者，以表三业清净，恭敬归佛。若无恳切至诚之心，则虽曲躬合掌，徒然无益。故须意业敬之于内；身业形之于外，顶礼膜拜；然后口业，唱赞叹词；故知敬礼，即建立于三业之恭敬上。又三业恭敬，则身意严净，与诸佛无漏功德相应，则无明、贪、慢等皆可折伏；尤足除憍、慢、嫉，生信、惭、愧。故平常学佛者，见佛闻法，先致敬礼，即有此等意义。又由众人三业恭敬，能使法坛严肃庄重；亦由世俗开会设宴，须先洁净场所，方可款待大宾也。
尔时者，即当尔之时，当佛在乐音树下大众围绕说法之时。法会摩诃萨众中有曼殊室利者，从座而起。曼殊室利，即文殊师利，译音稍异；其义译为妙吉祥。妙、即曼殊，吉祥、即室利，显其于诸法中最为吉祥。又称大智曼殊室利，表其智慧最胜。以佛弟子各有一胜，此曼殊即菩萨众中智慧最胜，不唯于释迦佛法中智慧最胜，即于十方诸佛法中咸皆智慧最胜。又佛果功德不可思议，须藉因地菩萨以表显之，故曼殊之大智，即表佛果之智德，如普贤之大行，观音之大悲，亦皆表佛果之一德。尤其是曼殊之大智，特表诸佛功德所由生起之般若无分别根本智，亦曰实相智或如理智，以显圆满难思之智海也。曼殊室利称法王子，亦称童子。法王为佛之德号，佛具如来等十号外，复有无量德号，如一切智者，最胜者，大医王，大悲救世等，而法王亦其一也。法王、自其字义研究之，法之一字，义无边际，遍一切处，无非是法。法华云：‘我为法王，于法自在’；即解王为自在之义。但欲解王，须先明法。法在天亲菩萨解‘诸法无我’句，说有五位、百法。五位者：一、心王法，二、心所法，三、色法，四、不相应法，五、无为法。百法者，即所谓：‘色法十一、心法八，五十一个心所法，二十四个不相应，六个无为成百法’是也。但五位百法中以心法居首者，‘一切最胜故’；以一切诸法，莫不由此心法而转变而显现，故诸法中以心法为最胜，而心法即为法王矣。然心法人人皆具，凡有心者皆可为王，则不能显法王所以为法王之殊胜。或以诸法实相之真如为法王，即维摩对弥勒所谓：‘一切法皆如也，弥勒亦如也’之如。盖诸法因缘而生，缘生无性，当体即空，即空所显真性为如，故真如法性，常常时，恒恒时，安住不变动而自在，为法王义。设如此言法王，则作法王比前更易，以草木瓦石以至一尘一芥、一色一香，无非真如，则随拈一法皆为法王，益不能表显佛为法王之殊胜！故又须以无漏智德为法王，以表特胜。盖前明心法，乃以有为法为法王；次言真如，乃以无为法为法王；而此无漏智，乃遍有为无为究竟真净之法王。佛无漏智，即无上正觉智，故佛亦号觉王。由此无漏无分别智，断惑证真，方显证真如为诸法之王；否则障蔽不显，何以为王？故须以无漏智伏灭一切烦恼，广修六度万行，渐转八识而成四智；至转第八识为大圆镜智，方为真正法王。而大圆镜智唯佛果方具，故唯佛为无上正觉之法王也。曼殊独称法王之子，以能传佛心印，继承佛位，如太子之继父王位。然如此以称法王子，亦宜于弥勒等，以弥勒继释迦之后成佛故也。因是曼殊之独称法王子，又有殊胜意义；盖曼殊表根本般若无分别智，无漏清净不可思议，与佛果难思之根本智体，如如不二，所有佛果功德，皆由此智而生，故曼殊之独称法王子，即依根本无分别智表其独胜也。由是观之，此经之明佛果依正庄严功德，尤重大悲利他，非法王之佛不足以说此；亦非法王子之曼殊不足以启此。至如弥陀经由舍利弗启请，大弥陀经由阿难启请，观无量寿经由韦提希启请，皆问往生净土法门，因念佛而解脱，以净土为归宿，偏属自利；而此经由大智曼殊之大悲而启发，欲以利乐有情，则专重利他也。承佛威神，从座而起，正显非仗如来大悲愿海之威神力，虽曼殊亦不能起于此座；亦即曼殊之智乃承法王之智而起，故曰：承佛威神而起此座。此座者，正是自证境界之位置，自六凡众生以及三乘圣人，各有其自住境位，而曼殊此时即从其自位之座起而上求佛道，下济众生也。偏袒一肩者，印度惯习，比丘等所穿之礼服，平常两肩遮覆，遇礼佛时，即袒一肩以致恭敬。右膝著地者，右即左逆右顺之意，表与佛意顺契。又、一肩表上承佛德；一膝著地，表下济众苦。又、普通以右臂右膝动作较为方便，表曼殊由智悲所起之方便用，能上同诸佛慈力，下济众生悲仰也。如是仪容，端严恭敬，向薄伽梵，曲躬合掌。曲躬、即低头鞠诚，合掌、表福智两足。又、十指并竖，即表布施等十度，而前五度属福，后五度属慧，故与佛之福慧两足尊相应也。
丙二 启请 白言：‘世尊！惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿殊胜功德！令诸闻者业障销除，为欲利乐像法转时诸有情故’。
曼殊于无量众中，启请世尊演说如是相类之法。演如流水不绝，喻佛法音演演相续。如是相类，即指下文诸佛名号，及本大愿殊胜功德如是相类之法。又、相类之言，亦通指他经如是之法。如下文云：‘亦如西方极乐世界殊胜功德，等无差别’。此显佛已说过弥陀经等诸佛名号，及本大愿殊胜功德如是相类之法。今曼殊追忆所及，故言如是相类。诸佛名号，即此经药师佛等名号，及其依正庄严。本大愿，即本因地初发心行菩萨道时，所发通愿、别愿，由是而成佛果功德。故此殊胜功德之言，通因通果：由因地殊胜之愿行功德，方成佛果殊胜之福智功德。此上数句，请佛说法，使自了知佛果功德，可称自利；而亦为利他故，故言：令诸闻者业障消除，为欲利乐像法转时诸有情故。此言障者，通惑、业、报、三障。惑障、有烦恼障与所知障：烦恼障亦曰事障，断之较易，所知障亦曰理障，欲除则难；此二通名惑障。惑、即烦闷恼乱，使心神不宁，故名障。业、为作业，即是行为习惯，如人习染不良嗜好，虽乐善事而欲作不能，故为障。报、即苦报，由惑造业招感报体，报体陋劣，不得自在，故为障。然考苦报由来于业，业由来于惑；由贪等惑而业而苦，使吾人长沦三有，不获出期。所谓：‘我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴’，真可慨也！虽然，业处惑、苦之间，实为诸障中心，能将业障消除，惑、苦自灭，如截木心，两头自断；故闻佛法，先令业障消除，则像法转时之有情，乃可以利乐矣。像法者，盖佛之教法住世有三时：曰正法，曰像法，曰末法。正法住世，见佛闻法，即能得果；以诸三乘贤圣等众，皆为已熟之机，一遇胜缘即得断惑证真。佛灭度后一千年间，亦有声闻、菩萨住世行化，人民不生邪解，不起邪行，易以修行得果。一千年后，即为像法，或以像为形像，佛既灭世铸像代佛，及塔庙中皆供佛像，故亦称佛教为像教。其实、此义不然，如言设像，佛世优填王亦已雕佛像，即于末法岂无佛像？故像法言，乃指像似之法，已失其真。言至其时，虽则修行者有，证果者难；于佛法既鲜实证，故已失真。迄今末法，非唯证果者无，即真能实行者亦寥如晨星；虽有少数，亦多盲修瞎练，可悯殊甚！故正法住世，百修百证。及至像法，修行者百，取证者不得其一；盖像法多魔，不易取证，即多退堕！如今世修行未证真圣果，来世业增，前功尽弃！而有勇猛有情，努力勤修，今世不证，来世再修，黾勉求证，其志可嘉！然其事极艰难而可悲悯，故菩萨为下济有情之大悲心所驱策，求佛说法，独标利乐像法转时诸有情者，不无深意焉。
丙三 赞许 尔时、世尊赞曼殊室利童子言：‘善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲，劝请我说诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听！极善思惟！当为汝说’。
此称曼殊为童子；童者、独也，表般若无分别智，独一无二。又、此无分别智出障圆明，最极清净，一切无漏功德皆由此生。盖真见道位，此智现前，舍前诸漏，具足无漏，故称为童子；即表根本智。善哉善哉，乃双叹之词；以曼殊之问，具足上求下济之义故。诸佛名号本愿功德，此非过未诸佛，即指现在十方诸佛。说诸佛法故，可令闻者业障消除，解脱诸缠。缠、即缠缚，如人犯罪，杻械枷锁被缚其身．不得自在；众生被三障所缠，囹圄其身，亦复如是！若能闻法修行，即可解脱诸缚，出三界樊笼，如鸟翔太空，鱼游渊海，得以逍遥自在也。虽一切时皆有业障众生，今曼殊唯指像法者，正为像法有情极可悲愍。佛体其意，叹为甚难，故允所求。汝今谛听，极善思惟，为诫劝词。谛者、审也，诫听法时，须深审察，一字一句不得含糊，方能得益。既审闻后，又须如理思惟，乃与无漏法义善能契应；此乃由闻慧而起思慧也。又、善谓善巧，能善巧思惟，即可触类旁通，会融其义。须能如是听法，方不辜负说法者心，故先警诫。
丙四 乐闻 曼殊室利言：‘唯然，愿说！我等乐闻！’曼殊既蒙世尊赞许，心怀踊跃，随声作答，故曰唯然。唯然，形容其答应得迅速自然，毫无勉强。故常人答应之快者，亦曰唯唯。乐字之本义为音乐之乐，圈入声，为快乐之乐；今为好乐之乐，宜圈去声。
上为本经缘起之叙，依曼殊之问及佛之赞许，说此经之缘由，可以显矣。如金刚经之法会因由分，善现启请分，皆为说经之缘起也；故此亦可称曼殊启请分。
甲二 正说分 乙一 示体相 丙一 总标依正体 佛告曼殊室利：‘东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。
从此文起，为正说分。于中先示体相，后明机益。此经之体相，即以药师佛果依正功德，及其依正功德所由成之本因愿行，为此经特有之体相。通常判经之体，曰实相，曰真如，曰中道第一义，往往儱侗含糊，不能彰显各经之特殊体。如以真如为体，则诸法缘生无性，即空之所显，通于一切；然于其中，不妨地以坚为体，水以湿为体，是则如是诸法，各有别体。故今明此经，即以药师之因果、依正示其体相；由此体所起之功能，即全体大用也。后明机益，即显众机闻此法所获之益利，乃此经之功用也。示体相中分三科，今第一总标依正体。
总标依正体者，有世界名净琉璃，即总标药师依报之体；佛号药师琉璃光等，即总标药师正报之体。佛告曼殊室利，即佛向曼殊室利说。从此娑婆世界东去，经过十殑伽沙等佛土，有一世界，名净琉璃，其土有佛，号药师琉璃光。殑伽沙、即恒河沙；奘师以前，多译恒河沙，奘师以后，多译殑伽沙。恒字音短，殑伽音长，稍有区别，实为一河。恒河在印度，亦犹中国之黄河。有言其发源于天上，实则出之阿耨达池；如中国古探黄河之源于星宿海，而今日考察所得，实与长江同出自青海。恒河多沙，佛说法处多在恒河流域，故为顺便通晓起见，经中遇说数目极多时，即以恒河沙为喻。如七佛药师本，则从四殑伽沙说起；今本但明药师佛土，故直从十殑伽沙说。佛土、即世界，一佛土，即一大千世界。净琉璃、即清净青色宝，言其国土居七佛之后，最极清净，无漏庄严；故前言青色宝时，以万里无云之白日清空为喻也。此药师佛，具足十号：一、如来，义如前。二、应，亦译应供；梵音阿罗诃。依法华论，有十九义，通常或三、或五，言应受人天供养，应已断惑证真，应更不受生死；而应供之义，通声闻、独觉。三、正等觉，亦作正遍知，梵音三藐三菩提。四、明行圆满，亦称明行足。明、为智，行、即万行，明以智慧为先导而修万行，故能成福慧两足尊也。五、善逝，善能顺法性而寂逝，盖佛用而常寂，住于无住涅槃。不同二乘子缚已断，果缚犹在，住于有余涅槃；佛则五住究尽，二死永亡，为度生故，非生现生非灭示灭，虽现生灭而常寂静，故云善逝。六、世间解，佛具十力等智，事理、相性，明解照了，如脱桶底。七、无上士调御丈夫，亦作无上丈夫调御士。士为人中才智之多能者，如普通社会农、工、商中，以智足多谋、文武双全有力用者，名之为士；故亦以无上之士称佛也。调御丈夫者，丈夫为有大志荷大事者，平常仆妾之于男子，亦称丈夫，正显丈夫勇敢无畏。善能调御一切，如善骑马，调伏猖獗，喻佛善能摧伏魔军，驾驭三界之众生也。八、天人师，佛为三界之导师，四生之慈父，故名。九、佛，梵语佛陀，此云觉者，三觉圆满，故号为佛。无明漏尽为自觉，调化众生为觉他，自觉之果圆，亦即觉他之行满也。十、薄伽梵，即世尊。涅槃等言，自如来至佛为十号，薄伽梵乃十号之总称。而佛地、唯识等，则将无上丈夫调御士合为一号，故自如来至薄伽梵，方成十号。此二说者，各有其根据也。
丙二 别陈行果相 丁一 行愿 戊一 总标大愿 ‘曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情所求皆得’。 此下为示体相中第二别陈行果相。行为因中所发誓愿，果乃佛位所成之果德。 此中复二：一、行愿，二、果德。行愿文中复三：今第一总标大愿也。
彼世尊，即指药师如来；以释迦为此土之佛，故以药师为彼。由药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿之二句，则本愿二字亦显矣。此十二大愿，在药师未成佛之因地中，同为凡夫，行菩萨道时所发。道、为菩提行之总相；但道虽广，可摄为三十七道品，即三十七菩提分法。其修道所获之果为菩提，亦名为道；其修因之差别行为分法，亦名为道品。欲证菩提涅槃之果，须由所趋之道路，如行者欲达其目的，须由路途。此举道之总相。若别明真菩萨道之自体，由初发心三慧所起：由闻教故，生起闻慧；闻而极善思惟，如理作意，即成思慧；然后如实修习，即成修慧。成闻慧时，与信相应；成思慧时，与戒相应；成修慧时，与定相应。由修集资粮至加行位，引发根本智无漏无分别般若之大慧；复由根本智而起后得无分别慧。所谓加行无分别慧，根本无分别慧，后得无分别慧，皆由加行慧而引发；各以慧为自体，与诸善心所及善遍行、善别境等相应而起者，即由善等心所相应。根本亲证诸法真如自性，起后得智，通明法界事理，与此无漏智相应而等起施戒等万行，皆为修习道行。故有道自体，道引发，道相应，道所缘，道等起，综合之皆为道也。十二大愿者，为药师如来因地所发之本愿，盖其所发四弘誓愿为通愿，此为别愿。发愿即是立志，由内心策发，确立而定；以此志愿督促之、鞭策之而行其道，方遂其愿。如地发芽，生根不动，而得成婆娑之大树。但普通人虽亦立志，督策自己，然因意志薄弱，见色闻声，往往情不自禁，不堪外境之诱惑，而为其所转！诸佛发愿，与之迥异，既发愿已，三业依之修习，坚固无有动摇，由此必证菩提，故能令诸有情所求皆得。盖既证菩提，则一切行愿之所求自然满足矣。由本行二句，行道发愿，智断成就；由令诸二句，广被有情，恩德成就矣。
戊二 别陈诸愿 己一 正报庄严 ‘第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相、八十随形庄严其身；令一切有情如我无异’。此别陈诸愿，即有十二大愿。概而言之，此中自第一至第五愿，乃依四谛中灭道二谛境而发；自第六至第十二愿，乃依苦集二谛境而发。前五愿中更可分别，第一、第二依所证灭谛果而发；后三依菩萨所修道谛而发。后七愿中，前三后三皆由苦谛而发；然苦因于集，故中间一愿乃依集谛而发。今此第一愿，明药师之正报庄严。
愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时者，即药师在因地行中说：愿我当来成佛之时也。成佛一名，每多滥称，其实须成阿耨多罗三藐三菩提时，方称成佛。梵语阿，此云无；耨多罗，此云上；即是无上最高之义。三藐三菩提，译正等觉，亦遍正觉，或作正等正觉。此菩提觉之上，复加阿耨多罗与三藐三之言，正简此觉与泛常之觉有异。泛常觉冷热是非等曰感觉，曰知觉，自以为觉，实则迷而不觉，乃颠倒妄想之错觉；虽云觉悟今是而昨非等，亦非正觉。以正等觉者，觉悟宇宙万有之真理，平等平等，无有高下，如理如实而觉，方为三藐三之正等觉。故单言觉时，即通凡外。但凡外为错觉非正觉，故以三菩提简之。又单言三菩提时，即通二乘菩提，但二乘不能普遍正觉，虽破我执，觉生空真如，而法执未破，法空真如觉而不显，虽觉生空而非普遍，乃以三藐三菩提简之。又登地菩萨，虽可称为分证三藐三菩提，而不能冠以阿耨多罗，以初地至二地乃至十地至等觉，后后胜于前前，皆有上故；是故惟佛与佛，方为究竟阿耨多罗三藐三菩提者。今药师因中愿其当来成佛时，自身光明照耀一切世界。身、有三身：一、法性身，亦曰法身；二、受用身，亦曰报身；三、变化身，亦曰应身。法性身为诸法之真实性，为诸佛究竟觉之所彻证，故遍一切处，具无量智德光明。然此所谓炽然照耀无量无边世界，乃指受用身而言。受用有自受用与他受用：自受用身，佛果无漏不思议界，唯佛与佛之所能知，即等觉大士亦如隔云望月，蒙胧非真，何况地下圣凡！但此不思议自受用身土，一佛一切佛，非异非不异，无量无漏福智功德，自佛他佛无有分齐，等同一味。然亦不妨各从自受用身而现起他受用身土。他受用身，乃为教化地上菩萨而现，所谓‘如来现起他受用，十地菩萨所被机’。如华严之毗卢遮那，梵网之卢舍那，皆为地上菩萨所现之他受用身，光明灼耀，微尘刹海；故此身光炽然照耀无量无数无边世界，即他受用身也。佛光既照无边世界众生，故今吾人皆在药师佛光照耀之中，不亦甚亲切乎！炽然、状况光力盛而且大，尽虚空法界之边际，无所不照，无有限量；故弥陀号无量光，而此药师亦具无量光明。三十二相，八十随形，随其一形相等遍法界而言，亦是他受用身；而依通常教理说，则属变化身。此有大变化身、小变化身、随变化身三种。大变化身，为三贤入四加行位菩萨所现，在定中所见色究竟最高大身，亦为此身；所言佛身千丈，或十六万由旬，皆属此身。小变化身，如今娑婆教主释迦如来，现丈六身，三十二相，八十随形好者属之。其实释迦佛身，通法性身、自他受用、及大变化；而依标准教义，唯局小变化身。今药师愿将来成佛，亦现此身，应化众生。大丈夫相者：如人间之转轮王相，天上之梵王相，佛法中则为大士相，佛相。具此大丈夫相者，即能荷负教化众生之伟业，如转轮圣王，即能负担一四天下众生之事业──详见大般若经及诸大论。三十二相者：一、足下安平如奁底。二、足千辐轮相，乃至三十二顶成肉髻相──详见法数。此等宝相，皆自修得，非偶然成，所谓‘三祇修福慧，百劫修相好’，可以知矣。八十随形，即三十二相上所现之种种形好，如眉间白毫相光，其体通明透彻，其色极白洁净，即此体明色白为相上形好。既有宝相，复具形好，故其身极庄严，无与伦匹。药师如来，愿其佛果正报庄严如是，亦愿令其世界一切有情正报如是庄严，故能生琉璃世界者，皆具三十二相，八十形好；亦如往生极乐世界，即无男女相，无六根残缺等相，皆具大丈夫相、大士相焉。
前年戴季陶等朝野名人，迎班禅大师于宝华山建立药师法会，亦本药师之十二大愿，而发十二种愿，其云：‘第一遵行世尊本愿：政本优生，教重安养，使一切人民身心美善，相好端严’。今科学有优生学，本此优生学施优生政策，能使人民生活善良，身心健美，此正与药师之第一本愿，遥相呼应。故前讲此经缘起时，亦言依药师佛法门可实际应用于现实人生之改善也。
己二 身光破暗 ‘第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业’。
前第一愿，诸佛大体相同；今第二愿，则唯药师独具。得菩提时，即成佛时。身如琉璃者，身有三身，三身中现自受用、他受用、大变化、小变化时，皆现佛相，唯随类变化，或现人天，或现鬼畜，无有定相。今身如琉璃之身，且据变化身言。此变化身，如青色宝，内外明彻，净无瑕秽。瑕为玉中疵，玉有污点，即成美中不足；吾人之身亦具琉璃之光，而为肉血烦恼所障，不能内外明彻。例如水晶珠等，亦能内外明彻，而每不免瑕疵。唯此药师琉璃光身，内外明彻，净无瑕疵，其广大遍一切处，功德无量，如山巍巍，善能安住焰网庄严，即所谓‘药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦’！焰、即光上之线，如曙光东升，光线夺目。一光焰照一一光焰，一一光焰照一光焰，光光相映，结成罗网；而此琉璃光身，即善安住于此由光线所组成之光明灿烂的焰网之中。药师如是，其土众生亦各能身善安住于焰网庄严，此其所以光明过日月也。盖吾人所居之世界，以日、月、星为三光，而尤以日月之光为大；然日月虽能照破幽冥，若黑夜即无日月。如今交通所及，知吾人所居之地球上，亦有半年无日月光照者，有终年无日月光照者，而亦有人物生其处；此诚如佛教所谓黑暗地狱众生也。但净琉璃世界，有药师琉璃光身之光明，则一切黑暗皆破除，幽冥众生悉蒙开晓。如盲者得眼，即能于光明熙和中随意所趣，平等自由，作诸事业者也。
药师法会愿云：‘第二遵行世尊本愿，培植德本，发扬慧力，使一切人民本力充实，光辉普耀’。培植德本，发扬慧力，使世界和平，人民安乐，一切作业，悉得成就，亦药师此愿之实际应用者也。
己三 智慧资生 ‘第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少’。
此第三愿，标以智慧资生者，以药师成佛时，欲以无量无边智慧方便资济众生。此第三愿至第五愿，依道谛而发。道者，广则八万四千波罗密多，略则三十七品，再略之、则为戒定慧。而此三愿，即依此三而发。是第三愿，乃依慧发。无量无边智慧，出智慧之体；无量无边方便，为智慧之用。故方便之自体即智慧，智慧之妙用即方便；若无方便无以显智慧之深广，若无智慧无以起方便之巧妙。故智慧与方便，皆是无量无边。无量者，普通言量，约有二义：一、读平声，如升斗量米，尺寸量布之量，为动词，表现动作；二、读去声，如言度量数量之量，为名词。又如言不可以尺秤量其长短轻重，亦为平声。此无量乃无有限量之量，乃去声之量也。以今通用名词言之，量即空间。空间、在数理学上有三度量：一、量长短，二、量阔狭，三、量厚薄高低。如一墨点，不成为量，须成一线，方有长短之纵量。但只一线不成为物，物必有阔狭，故有第二度阔狭之横量，所谓先量长短，后量阔狭。既有长短、阔狭，既有南北东西之方向，然亦未成其为完整之物。盖完整之物，既如一纸，必有其反面的厚薄，故第三度即量其高下浅深。如此经过长短、阔狭、厚薄之三度量，乃成为物，既有东西、南北、上下、之六方分。故无论何物，凡成其为物者，须具足此三度量之空间，知其自南至北有几何，自西至东有几何，自高至下有几何，方成一物，否则不成为物。小自茶杯房舍，大至地球、华藏世界，其为有情世间及器世间，皆具此三度量以各占其空间。若超此量，无彼此，无分别，则不能说成一物，亦即无可思想分别而入于无量矣。此乃无量之本义，佛果智慧方便功德，亦复如是无量。无边者，边依量立，若有量，即有四方上下，此量尽处即有边际。有此方物，有彼方物，即有边际分齐；故立有边，即基于量，若无量、则边亦不可得矣。今中国人皆能说佛法无边之一语，佛法无边，诚如所言，惜深知其义者鲜耳。其实、一切世法皆落边际，唯有佛法确实无边。然佛法无边，非离世法之外另有一无边之佛法，若离世法另有一个无边佛法，即此世法与佛法之间已落边际矣！故须无量，方成无边。前言量有三度量，以明四方上下之空间，今更进而言之：依最新学说有四度空间，乃将时间加入空间而成第四矣。楞严经言：‘四方上下为界，过现未来为世’；以之说明世界为空间时间之交织，颇相近似。是故一物之成为一物，不特有六方，且有三世；如今讲经之法堂，占有上下四方之空间；经未造、落成、朽坏、三时之时间。有此一法堂，即具六方、三世四度量；扩而言之，凡物皆有此空间与时间而成立也。故平常所谓人生几何，天长地久，皆自空间量上显明时间。六方、三世界量无，则边际乃无矣。但如何言唯佛法无边耶？此盖诸法实相，法尔如是，本无边际；故无量无边，实为诸法之本来面目。自佛法言之，若真若俗皆无量无边。何以故？自第一义之真谛言之，量不可得；以量从分别而起，诸法真实相无此分别量故；既无量，复何有边耶？自众缘所成之俗谛上观之，诸法亦无量边，以诸法从众缘生，缘生无性，一法之生，即依法界诸法为缘，故一切法不出一法，一法即括尽一切法，则无一一之定量可得，何有一法一切法之边际哉？如一小杯，为四大成，土质为地，调泥为水，烧炼为火，鼓扇为风，容受为空，加以人工之思想模样，由此种种因缘，即成此一小杯；则此小杯，即依虚空法界众生辗转增上之缘力而成，即可摄尽宇宙万法。故能通达一物，此物即遍虚空法界，无可限量，亦无边际；此在俗谛而论诸法，诸法亦无量无边矣。但诸法小自微尘草木，大至华藏世界皆无量边，何独唯指佛法无边耶？良以诸法虽无量边，倘无佛智慧，即不得而知，而妄执有量有边，并认定此有量有边之法，方为实法，而以无量无边为非实法，颠倒是非，混乱黑白！自具缚凡夫乃至三乘贤圣，未得诸佛智慧，皆不免此颠倒分别而执有量有边！是故唯有佛法无边，其理亦了然矣。
复次、人之心境上有此分别量故，世界随之有成住坏空，人生随之有生老病死，一切皆由此分别心量境之生灭而生灭，则世界人生皆落生灭之窠臼矣！若了真俗诸法其实本无量边，如是如是，则当下即不生灭，当下即了生死矣。如人计我，我生于何时，我作若干事业，我经几何年月日时而死，此在量上作边际想，故人生之生老病死起矣。又如：计此世界为上帝创造，创造于何时，至何时毁灭，则世界之成住坏空作矣。若知佛法真俗二谛之理，诸法本性无量无边，一法如是，一切法亦如是，一即一切，一摄一切，一入一切，一切即一，一切摄一，一切入一，无定量可立，无极边可得，则人生生老病死即非生老病死，世界成住坏空即非成住坏空，当下本无生灭生死可了，即是菩提大般涅槃。是知法法无边，洵惟佛无量之智慧方显焉！复依此无量无边之智慧，等起无量无边之方便，依方便之权智，达智慧之实智，由智慧之本体，起方便之妙用，随机设法，应物施功；是知一切方便，皆由智慧而成。如十度之方便、愿、力、智，皆依般若而开发。经云：‘菩萨于菩提，当于何求？当于五明处求’。五明者：一、因明，二、声明，三、医药明，四、工巧明，五、内明。此除内明为佛学外，其余四明皆为济世利人之方便用；而此方便之无碍自在，功由智慧。如今科学发明，供给吾人衣食住行上种种享受之物质，皆是方便之用；但因无无量无边之智慧以为妙体，故虽有用而非妙用，有尽际相可得，此有彼无，起贪嗔痴互相争夺，世界祸乱从此起矣！人民痛苦由是生矣！故此世界非无方便，实由无无量无边之智慧不成妙方便耳。由此、今日之人世，若依药师之智慧，则科学资生之方便，妙用无尽，斗争永息，世界和平，人民衣食丰富，所受无缺乏矣。
药师法会愿文云：‘第三遵行世尊本愿，广行四摄，勤修六度，使一切人民自他方便，万事咸宜；世尊第三本愿，如实成就’。
己四 导入大乘 ‘第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立’。
前愿明佛之智慧无量无边，由此无量无边之智慧，复起无量无边之方便妙用。正如法华所云：‘诸佛智慧甚深无量，其智慧门难解难入’。此愿使诸凡外、三乘安立大乘，即属于定。盖安立即安定，如大学所谓：‘知止而后能定，定而后能静，静而后能安，安而后能虑’；此亦言由定而安也。药师此愿，欲使一切行邪道之有情，舍邪归正，安住菩提正觉之道。正觉、邪道，相对而立，未入究竟之正觉，皆不免落邪，唯断善根之阐提种姓纯是邪，佛纯是正，故正邪亦不能定限。但依普通标准言之，除人伦道德等世间善法，与出世之三菩提法为正道外，其自虚妄分别而执为有道者，皆为邪道。其所执道，与诸法实相，及世间资生事业伦理道德相违，而另有其无上至高之道，奉为最胜，余若无赌。瑜伽戒本所谓：‘若诸有情，安住自见取中，起如是见，立如是论：唯此是实，余皆虚妄’；此即为邪见师资矣。昔有一人，终日思金，神经失常。一日上市，忽见有金，当众即取，遂被捉住。询其何以当众盗金？彼言：我取金时，唯见有金，不见余人。此与邪见众生自立邪道，不见正理，恰恰相同。故邪见众生深深安住自邪见道，虽有菩提正道，说之不信，须由诸佛威神之力，方便善巧之用，方能醒其顽迷，使之舍向邪见，安住菩提道中。菩提道者，即阿耨多罗三藐三菩提道。然此菩提，通指三乘菩提，皆为正道。此使邪见外道安住菩提，乃为第一重意义。若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之，此为第二重意义。声闻者，闻佛说四谛音声，知苦、断集、慕灭、修道，证得须陀洹等四沙门果。独觉者，出无佛世，孤峰独宿，秋观黄叶落，春闻百花香，觉荣枯无常，由之悟道；亦曰缘觉，缘佛说十二因缘之声音，知众生由顺生门流转生死，由是入还灭门，即得证果。于中声闻根钝，缘觉、独觉根利，故增道损生皆有迟速。乘者，运载之义，如以车代步，达目的地。明声闻、独觉，各依四谛、十二因缘之教乘，度分段之生死海，到生空之涅槃岸。此行声闻、独觉乘者，若已证、若未证，皆使由二乘心而安定于大乘法中，一入永入，毋令退堕。故此愿可为二重：一、对二乘众生，使安立于大乘中；一、对邪外众生，则先破其顽迷，使之舍邪入正，安立于世间伦理道德，即佛教人天、二乘、五戒、十善法中，然后再由人天进入三乘，复由三乘使安立于大乘。此与法华会三乘归一乘之理相符。实则全部法华，明一佛乘，不外此‘皆以大乘而安立之’一句也。故佛法于邪外二乘，皆能导入于大乘。又、大乘之法，乃诸佛通达诸法实相之智慧，无量无边，故为众生开示，皆悟入佛之知见也。是则此愿虽寥寥数行，可判摄一切佛法，盖一切佛法归纳之，不外五乘共法，三乘共法，大乘不共法，而此由邪外二乘以至导入大乘，皆可包括之。
药师法会愿云：‘第四遵行世尊本愿，服务社会，尽瘁人群，使一切人民，咸归大乘，舍身救世；世尊第四本愿，如实成就’。
己五 得戒清净 ‘第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣！’
前二愿明慧与定，此明得戒清净。无量无边有情，显有情数目之多。使此无量无边之有情，皆于我药师佛法中，修行梵行。梵、译为净，超出五欲之清净行，乃为梵行。一切皆令得不缺戒者，即使行者得具足戒。不缺、显不缺漏，大智度论明不缺、不穿、不漏等十事；并设喻云：凡夫持戒至于佛地，如渡海浮囊，中盛空气，无少缺漏，方渡彼岸。囊即喻戒，戒行无缺，方至佛地；若稍缺漏，如浮囊有孔，即便沉没，故戒也者，不可须臾离也。传戒者须如法传授，受戒者须如实修行，方能具足，无所缺漏。三聚戒者：一、摄律仪戒，二、摄善法戒，三、饶益有情戒。摄律仪戒，即持身口七支等戒。摄善法戒，即持善法戒。平常戒律中说有‘止作持犯’：止持，即止一切恶行，所谓诸恶莫作；若经佛制止之事，皆不得作，若作即犯，此即摄律仪戒。作持、即作一切善法，所谓众善奉行；凡经佛教授之事，如六度万行，皆须工作，若不工作，即是违犯，此即摄善法戒。饶益有情戒，即诸菩萨广行四摄，饶益众生；若不作饶益众生之事，即是犯戒。此中摄律仪，摄善法，通诸声闻；而菩萨戒则以饶益有情为主，余二为助伴。聚为类聚，每戒之中，各有类聚，如律仪戒之五篇、七聚等。梵网兼律仪戒，而瑜伽则即以七众律仪戒为律仪，专明摄善、利生。若本已受持三聚戒，设一时迷昧而有毁犯，若闻药师佛名，还得清净，不堕恶趣。恶趣者，即地狱、饿鬼、畜生、三途恶道；或加阿修罗为四恶趣。因犯戒故，须堕三途，但闻药师佛名，由其本誓愿力加被，犯戒有情还复清净。因犯戒如衣被染污，即不清净，由佛力故，如洗净之。但唯有佛果功德加被，若无本因誓愿之力，则加被即非真切，如日光泛照万物；若佛果加被，复有本誓愿力，则如收光镜将日光摄集增强。吾人今皆已受戒，若有误毁者，闻此药师名号后，宜发露忏悔，誓不更犯，亦得解脱，不堕恶趣。后灭罪文，广说其事。此上三愿，皆依慧定戒发，亦使一切有情依之得慧定戒者也。
药师法会愿云：‘第五遵行世尊本愿，精严戒律，调伏身心，使一切人民身口意业，咸归清净；世尊第五本愿，如实成就’。
己六 得身健美 ‘第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、颠狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦’。
此第六愿明诸有情六根不具，丑陋癃残者，若闻药师名号，即得身心健美；以此愿乃缘苦谛境而发，故在使诸有情脱离诸苦。相传中国清代玉琳国师，前世为出家人，诸根不具，丑陋顽愚。结缘施主见而嗤笑讥刺，因有感焉。寻闻受持药师此愿，能得六根完具，身心健美，遂受持奉行此法门，而转世即得玉琳身，智慧殊胜，诸根聪利，相貌端严。有清一代，不少名师，而为后人闻名敬信无间言者，厥惟玉师。是皆由药师佛果本誓愿力加被而致者，吾人若能如是发愿，弘法利生，亦可成就如是胜报。
此中若诸有情之言，不指琉璃世界有情，以既生琉璃世界者，必已具诸相好，无诸丑陋，故应指娑婆等十方世界而言。娑婆众生，胜劣不等，高下参差，如处大庭广众之间，高胜者固身心兴奋，而下劣者相形见绌，不免精神苦痛，落于隐忧。身根者，即五色根身；在此五色根身之上，有眼、耳、鼻、舌等四根，或缺一，或缺二，或俱缺，故曰不具，不具故身丑陋。顽愚者，意根衰弱故，心性鲁钝，冥顽不灵。盲、为眼根不具；聋、为耳根不具。有有根而不闻，有连根形亦缺。喑、为喉舌不充，发音不亮；至于哑，则不能声响，舌根全坏，故喑哑总为舌根不具。但喑亦关鼻根，如鼻喑则发音不明等。挛、拘曲也，两手挛曲不直。躄、两足俱废。背偻、即身驼不直。白癞、即麻疯；疥癞为小疮，而白癞病则坏及诸根，如今广东等地，多有染此病者。此上乃为身病。颠狂、为精神病；狂、即狂乱，神经反常，举动失检，所谓丧心病狂，即此之谓。此等诸根不具，即成残疾，人有残疾，抱恨终身；迵异伤寒发热诸症，一著于身，即无法可免除。若能依药师愿，便可消除。但今医学进步，此类病症亦可减少，如西洋人少有痢头、麻脸，皆由医药种痘功能；故身病亦渐能治愈，殆亦由药师愿力耳。药师佛愿闻其名者，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦；今既成佛，当满其愿，故其国中必无残疾之人。端正者，诸根完具，丑陋之反。黠慧者，黠、为灵巧，慧、乃聪明；聪明黠巧，顽愚之反。此依药师佛果本誓之力，其土众生正报庄严，药师琉璃光及其净琉璃国之得名，不可谓非此愿功也。
药师法会愿云：‘第六遵行世尊本愿，政重卫生，业励医药，使一切人民，凡有疾苦，悉得救治；世尊第六本愿，如实成就’。
己七 安康乐道 ‘第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提’。
此愿标安康乐道者，安、为安宁，康、为康健。由贫病故即不安宁康健，此愿即由不安不康而使能安能康以乐道修行也。盖人类生活，若不安康，则受苦逼迫，何能安心乐道？故欲人类乐道修行，须先使人类解除饥寒困病之苦患。今世仁人君子，力谋改革社会，建设实业，使人民生活趋于丰足，亦此之图也。故人人皆能效药师佛法而行，则人民生活既改良，社会百业进步，道德文化亦蒸蒸日上矣。药师愿其成佛时，若诸有情为众病逼切，皆令解除。众病者，佛经明众生一大不调，百一病起，四大不调，四百四病起；中国古来亦说温、湿、寒、热等病。诸有情类，为诸病苦逼迫痛切，无救无归，无医无药，无亲无家，因是未尽其天年而夭折，备极凄惨！但今亦有无家独身之人，因有金钱，病来则医，犹有可救；若无家亲，复贫而病，则惟待死而已。但此类众病交迫之有情，若闻药师如来名号，即可众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，安康乐道，乃至证得菩提。后文所谓‘求长寿者得长寿，求富饶者得富饶，求男子者得男子’；显由药师悲愿力故，皆获遂愿所求者也。
今曰中国急欲解决之民生问题，而欲使人民衣食住行富饶丰乐者，皆不出此药师佛愿；故能人人依此发愿实践，则民生痛苦及生计诸问题，庶几可解决矣！此愿人类解除痛苦，社会和平，国土丰乐，为药师愿特要之点，亦如弥陀愿中之特重闻名往生也。 药师法会愿云：‘第七遵行世尊本愿，普设医院，广施药品，使一切人民孤苦贫穷，悉离病厄；世尊第七本愿，如实成就’。
己八 转女成男 ‘第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提’。此愿标为转女成男者，琉璃众生皆大士相，本无男女之性别。男女之名，相对而立，无女则男亦无，说无女人者，乃对余界而说。如以三界言之，色、无色界男女相无，而欲界则有男女，故欲界万有皆分阴阳二性。今科学分析万有构成之最后因素为电子，虽微细难见而亦有阴阳二性。由阴阳二性构成之物，皆含有矛盾性，相反相成，相生相克。故五趣杂处之欲界众生，皆有阴阳二性，以阳为男，以阴为女。于同一人类中，遂分男女鸿沟，而在相形见绌之下，不免男胜女劣，于是百感丛生，为诸恶劣之所恼乱，极生厌离，欲舍女身。然女人中具大丈夫性者，方觉女身可厌，生求离想；若无丈夫性者，虽感女身，不觉厌恶，反执为美！依大乘佛教，理本平等，无男女差别、高下可得，但随此类之机，落于男女分别想中，厌而求舍，故佛即为说之，使依药师法门，或生琉璃得丈夫相，或在娑婆现身后身，转女成男；若无厌离女身者，佛亦不须说此也。
此上三愿，皆缘十方众生为众苦之所逼切恼乱而发，故依之而行，皆可离苦得乐。药师法会愿云：‘第八遵行世尊本愿，立法施政，尊重女性，使一切女子受平等福，离百恶恼；世尊第八本愿，如实成就’。
己九 魔外归正 ‘第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提！魔、即魔王，魔子魔孙各有眷属。外、即外道，亦有师徒邪众。魔外众生，难调难伏，如佛世时，虽经佛化，亦难改其魔性。此愿明诸有情为魔外所诱惑而受其影响者，皆使舍邪归正，入于佛法，故云魔外归正。梵音魔罗，此云扰害者，亦云杀者；能害众生功德善根故，能杀众生法身慧命故。网、以捞捷，罥、以盖罩；以喻魔有魔法，如张网罗，能使水陆空界众生落其网中，唯佛法能救之。盖魔以五欲自恣快乐，亦有其魔之知识，思想、学说、方法，引诱众生入其五欲彀中。迷而忘返；欲入色、无色界，欲趋三乘圣行，皆为障碍。如今世上，亦有学同魔学，想同魔想，行同魔行之人，其于佛教终不生信，而惟耽著五欲，深陷魔网，昏迷失性，反讥佛教为消极，为迷信，则殊可悲愍也！解脱一切外道缠缚者，前言邪魔耽著五欲，此言外道，心外取道，坏真实理，修种种无益苦行，备极艰辛，执为最胜，显与众异，亦足惑世！古印度有九十五种外道，或六十二见，或十六种等。今日之世，亦多外道，外道舍正道而别求邪道，由邪师教授教诫，起邪分别，入邪思惟，如飞虫之自落蛛网，如蚕作茧自缠自缚，如蛾赴火自烧自烂，此亦可悯甚矣！堕种种恶见稠林者，恶见、即不正见，或曰邪见，背世出世间之正理而妄计为胜故。见、为明解之义，此其自执道理以为高超，然实非理，即上魔见、外道见也。见有种种，故曰稠林；稠林、谓万树稠密之丛林，一入难出，恶见之广，亦复如是。此等种种恶见众生，由药师本誓愿力故，使其转归正见。正见可有二种：一、世间道德善法之正见；二、出世究竟佛法之正见。然亦可谓以世间善法为正见之基础，以出世佛法为正见之究竟。由此正见故，渐渐修习诸菩萨六度万行之正行，由凡夫经信、住、行、向、地，而入无上正等菩提也。此中言魔，总包烦恼魔、五蕴魔、死魔、天魔等；而耽五欲之欲界魔，即属天魔。此等诸魔，易入难出，唯仗佛法解脱之耳。又魔通于惑、业、苦三，烦恼魔及外道恶见稠林，皆为惑业之法；是故药师缘集谛境，发此大愿，使诸有情解脱邪外之魔难也。
药师法会愿云：‘第九遵行世尊本愿，树立正法，降伏邪见，使一切正法并育并行，永离缠缚；世尊第九本愿，如实成就’。
己十 解脱忧苦 ‘第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦！’
此愿标解脱忧苦者，以愿令一切有情为王法所加等苦，皆使之解除故。王法者，古代依帝王立国，故言王法。如今民国以民立国，即言国法。王法、国法，皆是法律，法律之所以立者，作公众利益之保障，为社会人民之准绳，侵害公众利益者惩之，被侵害者保障之。人类本来无需法律，然人自相侵扰，故不得不有法律以维持社会之治安、秩序也。中国古代，立有笞、徒、流、绞、斩、五刑：缚录鞭挞即属笞刑；系闭牢狱为徒刑；戮为杀戮，因犯重罪，即处死刑，此属斩刑之类。盖人生在世，不能离社会而独立，既依赖社会而生活，自然不能离去种种约束而须受约束之支配，此人类痛苦所以与生俱来也。庄子云：‘有人者累，有于人者忧’。如一家之主，即须担负全男女老幼之责，此所以有人之累；人依赖人，此人即为彼人所有，而须遵其约束，此所以有于人者忧。故人类相处国家社会中，既有公私利害之冲突，自有法律处置，使之得当。如佛教丛林寺院之有共守规约，犯之则罚，此人生本身必受之忧苦也。又受自然界之忧苦亦不能免：如乐日光浴，热暑则苦；如乐风调雨顺，而暴风狂雨齐来则苦；如舟车代步，而出轨覆没则苦；他如洪水猛兽等，皆自然界不能避免之苦。欲除痛苦故，惟有仗多人团结之力量，与自然奋斗，制服自然。从自然界推至人与人相处之间，则强凌弱，众暴寡，盗贼蜂起，匪窃猖狂及国际战争等，皆为人与人间必受之忧苦。是知人有依本身之苦，处自然界之苦，人与人间之苦，故有无量灾难凌辱，悲愁煎迫，身心受苦。灾与祥反，非意料所及之厄事发生皆为灾难；难读去声，为苦难、厄难、困难之难。凌、为凌逼。痛苦加身，即受凌辱，因凌辱故悲愁煎逼，如热锅中油煎火逼，身心受苦。受、有苦、乐、忧、喜、舍、之五受：身受有苦、乐、舍──舍即不苦不乐中庸之境──三受；心受则加忧、喜、为五受。苦等三受，为现前身心上所受之境；忧喜二受，或缘过去苦乐二境，或缘未来苦乐二境而起。此五受中，不但恶趣众生常在忧苦之中，即人道众生，亦常多忧苦，所谓‘人生在世，苦多乐少’；‘人生若梦，为欢几何’，皆忧苦之反映。推至天趣，则欲界虽乐多苦少，然至五衰相现，忧苦不免；色无色天虽无忧苦，然定坏时，不免生灭迁流之苦；故唯涅槃，方离一切忧苦。诸有情类，无时不在忧苦交迫中，但由药师本誓愿力，及佛果威神力，能使一切忧苦得大解脱。经云：‘三界唯心，万法唯识’；众生迷心识故，执重外境，忧苦事多；若觑破诸法由心识所现，不起重执，则虽有忧苦亦若忘失矣。如一心诵持药师佛名号，感其威神力故，心得安定，则虽处无量灾难之境，亦不觉其灾难忧苦矣。故此愿中，可得二重解脱：一、能使诸有情，心得安定，解脱忧苦；二、能使诸有情，业果转善，得幸福报。
药师法会愿云：‘第十遵行世尊本愿，改良刑政，实施感化，使一切人民不触法网；即有犯者，在狱获教，出狱获养；世尊第十本愿，如实成就’。
己十一 得妙饮食 ‘第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之’。
此愿愿令诸饥渴有情，先得上妙饮食，后得甘露法味，故标以得妙饮食。盖衣食住行，为人类生存之要素，而尤以饮食为最，无饮食即不能生存，故佛言：‘一切有情，皆依食住’。无食则饥，无饮则渴，饥渴故烦恼──恼为十小随烦恼之一──，烦恼故心愤，心愤发故，欲觅饮食，造诸恶业。故今日之世界，或个人，或民族，种种阶级争斗，皆为解决饭碗问题；即西洋人所谓面包问题。因饭食不给，生活难以维持，环境逼不得已，杀人放火，无所不为矣。故欲社会安定，须先解决民生问题，人民衣食丰足，盗匪窃贼即无由起。由此观之，盗匪窃贼不但情有可原，抑须力谋救济。是以药师发愿，若诸众生闻其名者，先令饮食饱满，解除苦恼，安住有漏善道；进以无漏法味，使之成贤成圣，乃至佛果，亦古人所谓‘富而后教’之意也。得世间饮食，唯身体快乐；得出世法味，则精神兴奋，力图上达，虽稍饥渴亦不造业，此皆由法味之功。若唯饮食，则饮食穷时，必复造业受苦，故须由无上法味，方获毕竟安乐。先哲所谓‘衣食足而知礼义，仓廪实而识廉耻’；此亦言先使衣食丰足，方能安心修德，再进而以佛法法味为食，禅悦为食，皆得毕竟安乐而建立之。毕竟安乐者，即发大心，修大行，不退转于大般涅槃者也。此中以禅悦法喜之味为食者。前引佛言‘一切有情皆依食住’，食有四食：一、段食，段为形段，欲界众生所有物质饮食，皆有空间的或时间的形段，如色、香、味、触等是为段食。二、触食，眼触色，耳触声，鼻触香，舌触味，身触细滑，意法处，由六根发六识触六尘者，皆为触食。三、意思食，即以意识希望之思为食，如人怀希望心，虽经千挫百折而希望心不死，亦得延其生命。四、识食，识食与前食不同，前属意识及其意根，为第六识与第七识；今此识食，为有情生命所依之本体，属于阿赖耶识。盖此识受诸识熏习成为种子，由种子复起现行，由此识食资持业果生命不绝，是故一切众生皆依食住。不但三界众生依食而住，即出世菩萨亦依禅悦法喜为食，辗转增胜，而长养其法身慧命也。至诸佛位，转识成智，圆满法身慧命，故不依食而住。佛法无边，随拈食之一法，义深无量。 药师法会愿云：‘第十一遵行世尊本愿，政重民生，普济民食，使一切人民饮食供给无有乏少；更施教育，培其智德，令生安乐不遭苦难；世尊第十一本愿，如实成就’。
己十二 得妙衣服 ‘第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘、涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足’。
此愿愿诸有情，得种种上妙衣服，及一切宝庄严具，而以衣服为主，故标得妙衣服。愿诸有情得衣服者，衣服有二种作用：一、可遮避寒、暑、蚊、虻等侵袭，为卫身之工具；二、衣以罩身，覆蔽丑陋，为严饰之具。若约广义言之，则一切房舍器皿舟车等，凡是使身住行娱乐之具，皆摄属之。今贫无衣服者，非特无妙丽庄饰之衣服，即遮身卫体之衣服亦不能给，故为蚊虻、寒热昼夜逼恼。但由佛之愿力加被，闻佛名号，专念受持，则不唯得卫身衣服，亦得一切美丽庄严衣服。又遂其愿之所欲，获得一切庄严宝物。所谓‘富润屋，德润身’，故一切房舍器具，皆成宝庄严具。华鬘、即结花成串悬挂者。涂香、即香水等。鼓乐、即音乐。众伎、盖既得上妙衣服，须有严身众具，力配严饰；又因房舍等庄严故，而作种种倡伎歌舞，娱乐人生，随意所欲，游嬉自在。如是、依药师之愿力，使众生得衣食丰富，受用庄严，则现实人生之社会，即可以优美化、艺术化，较之东方之琉璃与西方之极乐，不远矣。 上来自第七愿至十二愿，皆缘苦集二谛境而发，使众生断惑离苦者。故今日吾人若个人，若学校，若宗教，若政治，若欲改造社会而安定社会者，皆可依药师愿行实践也。故戴氏等发起在宝华山，修建药师法会，亦由观察今日中国情状及世界之趋势，欲改造转变其命运，唯依药师之方法，最切实际，故发愿遵行。由上观之，吾人能依药师发愿，或求个人幸福，或求社会幸福，立出标准方法为人生观，依之实行，自力加行，不赖他人，则得二种利益：一则自增福德；一则改善或创造新的中国或世界。如是、方称真实闻名受持，不辜负药师佛矣。 药师法会愿云：‘第十二遵世尊本愿，衣住行等一切施为，决依总理遗教，尽力推行，生产分配，咸令得宜，使人民生活所需，无有不足，节之以礼，和之以乐，五福俱全，文明鼎盛；世尊十二本愿，如实成就’。
戊三 结成妙愿 ‘曼殊室利！是为彼世尊药师琉璃光如来、应、正等觉行菩萨道时，所发十二微妙上愿’。 此为结成上来十二妙愿。妙愿者，显此十二大愿极微妙殊胜故。如来、应、正等觉、为十号中三号。
丁二 果德 戊一 说略指广 ‘复次、曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来行菩萨道时所发大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫、若一劫余，说不能尽’。
此为别陈行果中第二明果德，果德即由本地因行所修成之佛果功德。于中分三；今初说略指广，明此文相虽略，详言之，则甚深无量。复次、承上起下之词。此为释迦佛总告曼殊，彼药师如来因中所发誓愿，不思议力，无量无尽；其佛果所成三十二相，八十种好，十力，十八不共法，四无所畏等威德，及其琉璃国土庄严，亦皆无量无尽；我若一劫、若一劫余，说不能尽。劫者、梵音劫波，此译时分，即时间、或时代。但唯言时分，或时间、时代，则儱侗不能指出久暂几何，故劫有二义：一、通义，即如言时分、时间等，自一刹那、一忽、一秒，乃至万年亿兆兆年；皆为时分时间或时代之通称；是则一劫之言指一刹那耶？抑万年万万年耶？殊不易别，故有第二别义。别义者，即经中所说小劫、中劫、大劫。若唯用一劫字，即指大劫而言；若作小劫、中劫时，即以小字中字标明故。大劫解释，经论不一，大抵谓世界经一度成住坏空为一大劫。但此世界，非仅吾人所居地球，一地球一日月轮等组成一小世界，乃由千小世界组成一小千世界，千小千世界组成一中千世界，千中千世界组成一大千世界。此千兆地球千兆日月轮所组成之大千世界，与天文学家所谓之星云系，星海系相等。此大千界最初空洞，渐次而成，渐次而住，渐次而坏；如一小孩，未生尚无此人为空，生后渐长至十八岁或二十岁为成，自二十至四五十之壮年为住，自是以后，渐趋衰老而至灭坏，复归于空。故其成非一朝而成，坏亦非一夕而坏也。经论中通说：由二十小劫成一中劫；由四中劫成一大劫。一小劫假设以世界人类之岁月为标准而言，则如一个八万四千岁之人，经百年减一岁，乃至减至十岁，为一减；复由十岁倍增廿岁，廿岁倍增四十岁，如是增至八万四千岁，为一增；如是辗转一增一减为一小劫，此其时间已超吾人思量之境，则出二十小劫积成之中劫，八十小劫积成之大劫，其时间之渺远为何如矣！今言药师之功德，若一劫，若一劫余，皆说不尽，则其功德之无穷无尽可知矣！
复次、大劫由空而成，其先成者，为大梵天，由大梵天而成梵辅天、梵众天、而欲界诸天、而人间、而三恶趣；其坏时则先坏三途，次坏人间，次坏欲界诸天，次坏梵众、梵辅，最后坏大梵天；故成时则由上而下，坏时则由下而上也。而大梵居成之初，坏之后，故其寿命最长六十小劫。因此、大梵尝以世界之父主自居。但此不过一小世界主耳，非小千中千大千世界主也。然大梵既居为父为主之地位，能生万物，主宰万物，有此思想，有此理论，故在其下之众，亦奉之以为父为主，作为依归。但自佛教观之，彼大梵天虽为一小世界之主，实不为一小世界中众生之父，盖其六十小劫未生之前，亦由众缘和合，随业感报而生；六十小劫既坏之后，亦由业尽报终，众缘离散而灭。大梵因福业之胜，感受大梵天福报，福穷则大梵天之报亦灭，安有所谓纲维万物主宰万物者哉！
戊二 举西喻东 ‘然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声；琉璃为地，金绳界道，城、阙、宫、阁、轩、窗、罗网，皆七宝成；亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别’。 此以西方极乐世界之功德庄严，喻东方琉璃之功德庄严，等无差别，故标名举东喻西。彼琉璃世界，因药师之愿力所成，一向清净；其教化众，若主若伴无有女人。古今学说，有以世界源清流浊，如中国之道教，明世界本自然虚无清净，后因刁巧讦诈，即流为浊；有以世界源浊流清，如西洋之进化论，谓自蠢浊野蛮进至文明优美，然皆不及琉璃世界，一向纯清洁净，绝诸杂染。又净土者，对秽土说，如娑婆秽土，以众生堪能忍苦得名，远非净土可比。无女人者，非指其土专有男人，盖男女乃相形相对而立，无女相故亦无男相，其土众生，纯属清净化身，无卑劣相，唯丈夫相，如色界天亦无女人；故其既无女形，即超欲界宇宙，以欲界为五趣杂居，一切皆有阴阳性故。阴阳性中含矛盾性，相反相成，由矛盾暂得统一调和而生，亦由矛盾终必分散离别而坏。由此欲界五趣杂居，如人同分中，有阴阳男女性别，阳胜阴劣，差别见生，乃至其余诸趣亦复如是；故唯净土无男女相，具足丈夫清净庄严相也。恶趣者，有三恶趣，即地狱、饿鬼、畜生，若立阿修罗，即有四恶趣；但阿修罗福大，居天鬼之间，非专恶趣。又阿修罗，干达婆等，皆为杂趣所摄；彼佛国土，既超欲界，何有恶趣？即苦之音，亦不可得。弥陀经云：‘彼佛国土，尚无恶道之名，何况有实’。东西虽别，净土一也。其土清净，琉璃为地，往来之道，金绳为界。城、为聚居处之界垣，如本寺之围墙。阙、乃二重台观间之阙道，亦即城门上之楼屋。宫、为高深广大之厦。阁、为楼阁，乃屋宫上之小楼。轩、乃屋檐，屋檐间横屋亦曰轩；轩之本义，乃车前之檐高起者，故屋檐前高朗之屋，亦称为轩。窗、即窗户，亦通车轩上之窗户。罗网者，以宝丝网罗覆空中，亦通车上之幰盖。七宝者：金、银、琉璃、真珠、玛瑙、珊瑚、琥珀。七宝为世间所珍贵，举以喻其世界庄严，与西方之极乐相类。以此经恰说在阿弥陀或无量寿、或观无量寿经后，故举极乐依报庄严以比观琉璃之依报庄严也。
戊三 赞伴显主 ‘于其国中，有二菩萨摩诃萨：一名日光遍照，二名月光遍照。是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处，悉能持彼世尊药师琉璃光如来正法宝藏’。 主、即药师，伴、乃辅弼左右之日、月二菩萨。药师功德不可思议，故赞其伴以显其主。梵语刹多罗，此言国，或言土，或言世界。但经中言国土世界，亦异亦同：如经中言摩竭提国、迦毗罗国等，则与今世所言之国家相等。若言药师佛国、极乐国土等，即与世界相类。此言于其国中，即指药师佛国。日光、月光，皆系正报庄严。前第一愿云：‘愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界’至‘令一切有情，如我无异’，是则其土佛及众生，皆已如琉璃，光明炽然，内外明彻；日月之光，如萤火耳，何足比耶？又如空居天以上自身有光，即不须日月。则日月之光，于今日吾人所居黑暗无光之地球照之则可，于琉璃世界则何须此耶？盖琉璃前曾喻之如蔚蓝清空，此蔚蓝清空，固晶莹明洁，然若加之以日月光，则更显其清且明矣。故日月之名，乃依此土而立喻，显此二菩萨为彼众中之上首，位居等觉，次补佛处，如此界之文殊、弥勒，极乐之观音、势至，皆如众星中之日月也。又日光补药师之后，月光补日光之后；亦犹弥陀、观音、势至之相继。正法宝藏者，诸佛之心印，众生之慧命，修行之途辙，非位居等觉之大士，焉能胜此传持不失之任？由信受药师之正法宝藏而得理解，由理解而实行，由实行而取证，方可谓之悉能受持。又正法住世，如佛日丽天，燃智慧炬，摧邪见幢，为无量功德法财所聚集之处，故曰宝藏。由有信解行证之人，方可传持流通，否则散失隐没，佛种不发；故药师之教化，即由是二菩萨之流传得以行世也。是二菩萨之功德如是，则其佛之功德更可显知矣。
丙三 劝信愿生彼 ‘是故曼殊室利！诸有信心善男子、善女人，应当愿生彼佛世界’。 既明彼佛依正庄严功德，故劝有情发愿求生。比丘、沙弥、优婆塞，皆得名善男子；比丘尼、沙弥尼、式叉摩那、优婆夷，皆得名善女人。此之七众弟子，若具信心，皆得往生琉璃世界。盖佛法如宝藏，非信手莫能入；信为道源功德母，长养一切诸善根。若信自心量同法界，十方佛土唯心所现，维摩诘经所谓：‘众生心净故国土净；众生心垢故国土垢’；则是心是佛，是心作佛，发愿修行，求生不离自心之药师琉璃世界，何难之有？又、此经明佛果功德，劝信求生，亦如弥陀等经之劝发愿往生。复次、由修持故，感药师之加被，得现生之受用，则如真言密咒所明利益。故前言此经之通净、通密，信非虚也。上明此经体相文竟。
乙二 明机益 丙一 药师加被益 丁一 闻名利益 戊一 灭罪益 己一 灭贪吝罪得能施益 尔时、世尊复告曼殊室利童子言：‘曼殊室利！有诸众生，不识善恶，惟怀贪吝，不知布施及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护。见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。复有无量悭贪有情，积集资财，于其自身尚不受用，何况能与父母、妻子、奴婢作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终生饿鬼界，或傍生趣。由昔人间曾得暂闻药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时从彼处没，还生人中；得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足血肉身分施来求者，况余财物？’
此乃正说分中第二明机益，说明当机众生所获之利益，为药师如来因果功德体上所起之妙用；故明机益之文，亦为此经最要之义。
此明灭贪吝得能施益：善之与恶，原本一心，众生之不识善恶，即不识自心。以不识自心，迷心为境，逐物流转，惟怀贪吝，正显迷境逐物也。例如资生财物，不过为维持此五蕴假聚身心一期之生活而已，逾此即为无用。况资生财物经济之来源，非少数人力所构成，乃全社会共业所给予者；于维持个己或家庭之生活外，而起无厌追求聚敛积货，而自傲为豪富者，其为无智愚人可知。第一、不知布施及施果报之社会经济的构成，社会经济原为维持全社会人群生活之幸福，倘被少数人聚敛集中，则多数人必失其生活维持之能力，引起劳资之斗争，毁灭人生之幸福，此为不布施及不布施必然之果报。究其致此原因，由于第二愚痴无智，阙于信根，于人生真义未有认识之故。盖吾人之五蕴假聚之身，及维持此生活之资生财物，无非由众缘所成，决不能离开一切而独生活于天地间。我既如是，他人亦然，缘缘相涉，无少偏倚，何处有我？何处有人？何处有物？故能了知一切诸法自性皆空。而人生之最有价值者，是在此众缘中，参透此人生之真相，方得卓立在人生最高峰之上，而为随流把得定之人也。阙无信根之人，于人生真谛，无尊崇信仰之心，无超绝之智慧以了达人生之真相，起我相、人相、物相，于己所无者起贪求业，多聚财宝，于己所有者起鄙吝业，勤加守护，所谓“拔一毛利天下而不为也”。设处于强有力者之下，非行施不可时，亦唯有忍痛割与而已。然财物原为资持生活而产生，世亦有人貌似乞儿，富堪敌国，刻薄寡恩，涓滴不漏者，不唯失其资生为财之意义，实亦失其人之所以为人之真意义！此愚痴贪吝之人，生既有害于社会，死固当堕于饿鬼、傍生之道矣！
由昔人间下，正明灭罪得益。由药师如来本愿功德之力，虽此人贪吝业重，但能暂闻彼佛名号，播入阿赖耶识田中，以佛之愿力加持故，赖耶识中之佛种子，得起现行，脱恶趣苦，还生人中，得宿命念。此宿命念，即能引发智慧，了达人生之真相──事物缘起之原理──故能一反前生贪吝之业，好行惠施，乃至不惜身命布施。布施之境造诣乎此，必已达五蕴、十八界、十二处、乃至一切诸法无实我无实法，缘生性空之我法二空智，故能舍国城如敝屣，施头目如弃唾，饶益众生，净佛国土，是谓知布施及施果报之得益者。究其发心之动机，及中间维扶之力，皆由药师如来本愿功德威神加被而致也。
己二 灭毁犯罪得持戒益 ‘复次、曼殊室利！若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗而破轨则；有于尸罗、轨则，虽则不坏，然毁正见；有虽不毁正见而弃多闻，于佛所说契经深义不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌谤正法，为魔伴党。如是愚人，自行邪见，复令无量俱胝有情，堕大险坑。此诸有情，应于地狱、傍生、鬼趣流转无穷。若得闻此药师琉璃光如来名号，便舍恶行，修诸善法，不堕恶趣；设有不能舍诸恶行、修行善法、堕恶趣者，以彼如来本愿威力令其现前，暂闻名号，从彼命终还生人趣，得正见精进，善调意乐，便能舍家趣于非家，如来法中，受持学处无有毁犯，正见多闻，解甚深义，离增上慢，不谤正法，不为魔伴，渐次修行诸菩萨行，速得圆满。
此明犯戒有情，由闻药师名故，罪除福得；非仗药师之愿力，其得益不能如是神速。有情、乃众生之异名，人人有命根与爱欲情见而成为人，故曰有情。诸有情通于六凡，今唯指人道而言。如来为比丘制二百余戒，比丘尼三百余戒，优婆塞、优婆夷等五戒。七众弟子各有别解脱戒。凡受戒者，宜各依是为专精修学之处，故曰受诸学处。尸罗为梵语，正译清凉、安隐、安静、寂灭、四义，傍翻为戒；今即指戒。若受戒而不持戒，即非完器，不能贮物，法身慧命尽为丧失。今诸有情，虽受七众学处，而不如法受持，则破尸罗矣。复有有情不破尸罗而破轨则者，尸罗持戒，为个人道德之修养，破之犹轻；至于轨则，乃维持公共道德之律条，犯之则重。如国家之有公法，可为惩戒，丛林之有清规，可为制裁。若佛律之有犍度，犯戒法者，须作羯磨以求忏悔。故破轨则，即是破坏公共道德。有虽不坏尸罗、轨则而毁正见，则其罪尤进一层。见、为分别，即是思想，毁坏正见，即思想犯罪，意业犯罪，较之行为犯罪尤过。正见、有世间正见、出世正见。世间正见，即信伦常道德，应行者行，不行即毁。如今欧风东渐，嗜于物欲者，谓将古代道德学说行之于今日人与人之间，即认为作道德之奴隶；若操诸政治，即认为愚民政策，高唱个性自由意志之发展。试问此个性思想即无错谬耶？实则如任各人个性之所欲为，思想行为各趋歧途，国家即紊乱难治矣。出世正见者，佛法在世间，不离世间觉，即于蕴、界俗谛、处等诸法中，窥见诸法实性之真谛理，信有菩提可求，涅槃可证，乃是正见。故不信世间道德，即坏俗谛正见；不信出世真理，则坏真谛正见。破戒毁不正见，尚有惭愧，罪可忏悔；若毁正见，造阐提业，不可救药。复有弃多闻者，拘于一曲知见，得少为足，不求知识开示，不听明师说法，故于契经深义无由解了。契经者，佛所说法，契理、契机，妙义重重，深广如海，若非多闻，何能领悟？又佛教重闻、思、修三慧，为如来之慧命，若不多闻，不能引发思、修，纵有思、修，盲修瞎练而已。如宗门流毒，往往执住一句话头，即弃三藏不闻。试问此一句话头，即摄三藏尽耶？若有未尽，即弃多闻，失闻慧命。又虽多闻而增上慢者，不识文字般若，原为方便法门，但依于文，不依于义，不知从心理上做体验工夫，咬文嚼字，自蔽其明，居高凌下，目空乾坤，甚至呵佛骂祖，嫌恶诽谤于正法，非魔而何！吾人之心地本如琉璃，内外明彻，由此慢病，如乌云覆蔽清空矣。是皆由闻而不起正思，故流于邪魔。此类有情，愚痴迷昧，不了真谛，由邪思维而起邪修行，自行教他，自害害人，不但自堕地狱险坑，亦使无量亿数──俱胝──有情堕于三恶道，辗转无穷，永无出期，苦不可言！
若得闻此药师下，正明灭毁犯罪得持戒益。唯有闻此药师如来之名号，由此如来本愿力故，使此罪大恶极之众生，换面洗心，痛改前非，舍恶修善，不堕恶趣；所谓‘放下屠刀，立地成佛’是也。即使堕于恶趣，由如来本愿力，暂闻名号，一历耳根，永为道种，恶趣命终，还生人间。或因佛力，忆念前生堕落因缘，于是正见多闻，正思正修世出世间之道德真理，勇猛精进，善调意乐。善调意乐者，即定慧均平，由定故心如古井之水，秋空之天，豪爽自在；由慧故，世出世法，明察秋毫，意乐自在。但有慧无定，流于掉举，有定无慧，易入昏沉，故须定慧平均，方能善调意乐。由定慧均调故，即能舍家趣于非家。非家、即出了家。出家有四种料简：一、身出家而心非出家，阿难所谓‘身虽出家，心未入道’；二、心出家而身非出家，如净名居士等；三、身心俱出家，如大阿罗汉比丘僧，身具僧相，心修梵行；四、身心俱非出家，如普通俗人。今此出家，自理而言，亦可说出烦恼生死之家，入如来法王之家；盖定慧均调必能断诸烦恼生死之因，则烦恼生死果报之家亡矣。受持学处，不毁正见，乃至行菩萨道，速得圆满，是皆因药师愿力，舍恶修善，入三摩地，渐惭取证佛慧也。
己三 灭妒碍罪得解脱益 ‘复次、曼殊室利！若诸有情悭贪、嫉妒，自赞毁他，当堕三恶趣中，无量千岁受诸剧苦！受剧苦已，从彼命终，来生人间，作牛、马、驼、驴，恒被鞭挞，饿渴逼恼，又常负重随路而行。或得为人，生居下贱，作人奴婢，受他驱役，恒不自在。若昔人中曾闻世尊药师琉璃光如来名号，由此善因，今复忆念，至心归依。以佛神力，众苦解脱，诸根聪利，智慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔罥，破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死忧悲苦恼’。
悭贪者，鄙吝不施，殉财无厌；嫉妒者，不耐他荣。此皆由无远识，无大智，心量狭窄，故造自赞毁他之业。瑜伽菩萨戒本所谓：‘他实有德，不欲赞美，他实有誉，不欲称扬’。由此钩心斗角，造诸恶业，当堕恶趣受大剧苦。恶趣苦尽，来生人间，报感畜类，则备受夏楚之苦；或感人道，作人奴婢，不得自由。此恒被鞭挞，即嫉妒之余报；饥渴逼恼，即悭贪之余报。天网恢恢，疏而不漏，善恶昭彰，因果难逃，此之谓耳！
自若昔人中下，正明灭妒罪得解脱益。此类有情，由昔曾闻药师名号，种下善因，今以佛力加故，如春雷春雨之击发，使其识田中之种子起现行而萌芽，归诚三宝，解脱苦因，不受苦果。转昔日之正报残缺，得今日之诸根完具；转昔日之愚痴鲁钝，得今日之聪明智慧。魔罥者，即魔之罥网，今既恒求胜法，常遇善友，多闻智慧，常生正见，心身性命皈依三宝，自然不落魔之罥网矣。无明壳者，谓众生常为无明烦恼所困缚，不知诸法之真谛，堕在黑漆桶中，喻之以壳；今智慧光明现前，无明之壳照破矣。烦恼河者，谓三惑烦恼，能使众生长沦漂溺，喻之为河，今修戒定慧三学，断除三惑，烦恼之河竭矣。无明烦恼之因既穷，则生死之果亦尽，忧悲苦恼不可得矣。人生在世，生老病死谁人能免？略言之，则为生死；生死有分段生死与变易生死，证二乘圣果即出三界分段生死，证大菩提果则变易亦亡。此破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死，即超变易而证究竟菩提佛果者也。己四 灭恼害罪得安乐益
‘复次、曼殊室利！若诸有情好喜乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意造作增长种种恶业，展转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树冢等神；杀诸众生，取其血肉祭祀药叉、罗刹婆等；书怨人名，作其形像，以恶咒术而咒诅之；厌魅蛊道，咒起尸鬼，令断彼命，及坏其身。是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事悉不能害，一切展转皆起慈心，利益安乐，无损恼意及嫌恨心，各各欢悦，于自所受生于喜足，不相侵凌互为饶益’。
恼害者，以众生迷昧无知，于诸法中，计我人自他之相，由此起贪、嗔、痴业，顺我者贪，逆我者嗔，而根本由于无明痴。内贪、嗔、痴故，外杀、盗、淫，身口七支互相恼害。好喜乖离者，即两舌──说离间语，向此说彼，向彼说此──，是愚痴也。又乖离与和合相反，如僧伽称和合众，有理和事和：理和、即由共同智慧所见之共同真理思想，真理思想既和，则所发出之事相行为亦和矣。故小自一家庭、一社会，大至全世界之人类，各能和合，则世界即可相安无事；否则此亦一是非，彼亦一是非，斗乱诤讼之事起矣！是皆嗔也。或口诤，或笔战，或吃官司曰讼，讼之不已，拳棒交加曰斗，终至头破血流，两败俱伤，恼害自他。身、语、意为三业：身杀、盗、淫，口妄言、绮语、两舌、恶口，意贪、嗔、痴。如是三业辗转，斗诤恼乱，常作不饶益事，所谓：‘一见冤家，分外眼红’。我以权势害彼，彼以智巧害我，互相恼害。又权势智巧皆不及人者，则不得不出此下策：或告召山林树冢等神，向他哭诉，令断彼命。或杀诸众生，取其血肉以献媚祭祀药叉、罗刹等鬼，令断彼命。药叉、是捷疾鬼，罗刹、是啖人鬼，唯啖生人；若死尸臭烂者，咒起食之。或作人形像，书彼生辰八字，以恶咒诅之，令彼断命；如西藏之黑教，多干此等勾当。或以魇魅蛊道等他鬼，加害于人。或以毗陀罗咒咒尸令起，教执刀杖，令断彼命。如是等类，皆以力不及人而暗中害彼冤家，以断其命者。
自若得闻此药师下，正明灭恼害罪，得安乐益。是诸被难有情，由仗药师如来本愿功德，彼诸恶鬼、恶事，皆不能相害，且能转令恶鬼、恶人，起慈能与乐之心，成善人善鬼，不相侵害，互相饶益。彼此眼见色、耳闻声等所受用物，无非在欢悦和气中生活著，协力同心，和衷共济，建立社会道德的互助基础；则由嫌隙怀恨之心而起的斗讼乱子无从发生，人类可趋和平矣。
戊二 往生益 己一 化生宝华益 ‘复次、曼殊室利！若有四众──苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦──及余净信善男子、善女人等，有能受持八分斋戒，或经一年、或复三月受持学处，以此善根，愿生西方极乐世界无量寿佛所听闻正法而未定者，若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八大菩萨，其名曰：南无文殊师利菩萨，南无观世音菩萨，南无得大势菩萨，南无无尽意菩萨，南无宝檀华菩萨，南无药王菩萨，南无药上菩萨，南无弥勒菩萨。是八大菩萨乘空而来，示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中，自然化生’。此文显不但由药师佛力消灾延寿，且能于临命终时决定往生。四众者：一、苾刍，见前释。二、苾刍尼，乃出家女众之通称。三、邬波索迦，此云近事男。邬波斯迦，此云近事女。此为在家二众近事三宝者。及余净信善男子、善女人等，即指沙弥、沙弥尼、式叉摩那、及受三归未受五戒等人。八分斋戒者──分者、支也──一、不杀，二、不盗，三、不淫，四、不妄语，五、不饮酒，六、不著香花鬘，不香涂身，不歌舞伎倡，七、不坐高广大床，八、不非时食。前七为戒，后一为斋，故名斋戒。此八分斋戒。未受五戒者，亦可受持；已受五戒者，亦可于每月初八、十四、十五、二十三、二十九、三十──月小加二十八──之六斋日，持此八分斋戒。或经每年正月、五月、九月，年三长斋月，受持八分斋戒，功德尤胜。以佛说四天王于此三月中正巡至南赡部洲，持斋修福者功倍于常。如是等人，受持学处，种种功德，回向发愿，欲求生西方极乐世界，亲觐弥陀，听受正法，而心未决定者，由药师如来本愿功德力故，临命终时，有八菩萨乘空而来，示其道路，导其往生于净琉璃土种种杂色宝花之莲池中，自然化生。杂色者，如弥陀经所云：‘青色青光，黄色黄光，赤色赤光，白色白光’。八大菩萨者，藏中三译，皆无其名；义净法师译本，且作‘有八菩萨乘神通来，示其道路’。八菩萨名，乃依灌顶经添入，故今不释。然此有疑者，闻药师佛名，往生药师净土，何须八大菩萨助之往生耶？又何必于欲生西方未决定者乃导之往生耶？则因药师佛法门，以消灾延寿为主，往生净土乃其兼带之益，而欲生西方者，即属净土之机；又未决定，将致功行虚弃，以其与药师佛缘熟，故由此土名称普闻众所崇敬之八菩萨，助生琉璃国耳。
己二 或生天人益 ‘或有因此生于天上，虽生天上，而本善根亦未穷尽，不复更生诸余恶趣。天上寿尽，还生人间，或为轮王，统摄四洲，威德自在，安立无量百千有情于十善道；或生刹帝利、婆罗门、居士大家，多饶财宝，仓库盈溢，形相端严，眷属具足，聪明智慧，勇健威猛，如大力士。若是女人，得闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，于后不复更受女身。
前由药师佛力往生净土，此由药师佛力，亦或生天。天、即三界二十八天，欲界四天王等六天；色界初禅天、二禅天、三禅天、四禅天等十八天；无色界空无边处等四天，合有二十八天。但生天为有漏善因，招有漏乐果，天福尽时，犹须堕落。如昔人生非非想天，犹堕作牛领中虫，诚所谓‘纵使修到非非想，不及西方一去来’。永嘉大师云：‘住相布施生天福，犹如仰箭射虚空；势力尽，箭还坠，招得来生不如意！争似无为真实门，顿超直入如来地’！但此因闻名功德，虽生天上受上妙乐，而本善根犹未穷尽，故不堕恶趣。还生人间，作转轮王，统摄四洲，威德自在。轮王有四：一、金轮王，二、银轮王，三、铜轮王，四、铁轮王。四洲者：
一、东胜神州，二、南赡部洲，三、西牛贺洲，四、北俱卢洲。此四称洲者，以其居须弥山之腰身，为七重碱水海所包绕也。铁轮王掌南方一洲，铜轮王掌南西二洲，银轮王掌南西东三洲，金轮王则掌四洲，故曰统摄四洲。其称为轮王者，以其生时现有宝轮，王时御此宝轮巡礼四洲故也。此金轮王具足七宝、千子，能以威德感化四天下有情，修十善道，故曰：安立无量百千有情于十善道也。十善者，与十恶反，见前。
或生刹帝利、婆罗门等，正明或生人道，亦得利益。刹帝利为印度四姓之一，即王族。婆罗门、居士，俱见前释。生于此等大家，衣食丰富，财宝无量，外则相貌端严，人见钦悦；内则聪明智慧，知书达理。且具威猛尚武之精神，为人类之英雄力士。此一面固由自修善行，一面实因药师功德有以致之也。
若是女人，乃明由药师功德愿力，女转男身。盖女人无丈夫相，为人轻贱，多感苦痛，所谓：‘女人眼泪多’，非痛苦之象征欤！法华经舍利弗云：‘女人身有五障：一者、转轮王身，二者、梵王身，三者、帝释身，四者、国王身，五者、佛身’。今由佛力，转女成男，快乐自由，尽未来际，更不复受女身。此女转男身，亦归往生文摄。
丁二 诵咒利益 戊一 佛观病苦 ‘复次、曼殊室利！彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦──瘦??、干消、黄热等病；或被厌魅、蛊毒所中──或复短命，或时横死；欲令是等病苦消除所求愿满’。
此乃药师加被益中第二诵咒利益。药师如来因观众生病苦而入定，于光中说咒，灭除众苦，复令闻者辗转持诵，得大利益。自复次下至勿令废忘之文，奘译原无，皆自净译添入者。前来广明药师如来因地如何发种种大愿时，如第六愿云：‘闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸病苦’。第七愿云：‘我之名号，一经其耳，众病悉除’；故得菩提时，由本愿力，为满本愿故，即观有情病苦而说咒。病苦者，有病故老死皆随之，所谓三苦、八苦、无量诸苦，皆随之而来。瘦??者，即虚弱病，如骨瘦如柴，弱不禁风。干消、即消渴病。黄、为黄疸黄胖病。热、为热病，及诸伤寒、瘟疫等病。此等诸病，或因先天不足，或因四大不调而起。魇魅、为鬼病，因为鬼所中而病者，如睡时觉有物压于身，欲呼不能，皆为魇魅作祟。或因冤业而病，或因冤家咒召魇魅令生病。蛊道者，蛊字三虫一皿，顾名思义，即可知其为何物。中国民间相传养蛊者，捉多虫置一盆中，以符闭之，诵咒使其互相吞食，强存弱亡，最后留存之一虫，即成为蛊，为虫中之妖精，放之，能于无形中害人成病。故魇魅、蛊道等病，皆由他有情使之而病。由此自病、他病，致遭短命，或横死不能善终其天年。短命、即促短其生命而致夭折。横死者，横读去声，即由横难而死，如横截木身，头尾异处。药师观诸病苦，为入定说咒之动机。既说咒已，令众生病除，满众生愿，亦即满药师本愿也。
戊二 光中说咒 ‘时彼世尊，入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已，于肉髻中出大光明，光中演说，大陀罗尼曰：‘那谟薄伽筏帝，鞞杀社窭噜，薛琉璃钵剌婆喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿罗诃帝，三藐三勃陀耶。怛侄阤：唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝娑诃”’。尔时、光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生病苦皆除，受安隐乐。
咒为方便之用，以定为其本体；故欲说咒，必先入定。如说首楞严咒等，皆先入首楞严等大定。三摩地、即三昧，此译为定，由此定中能发种种神通，种种陀罗尼。但译定者，顺中国之字义；若依义直译之，可作等持。等、谓不偏不倚，即将心力集中，四平八稳，保持不动，岂非定耶？故入三摩地，即是入定。唯三摩地乃定之总名，别名甚多：亦曰心一境性，即将心专注一境，使不流散，如是之心即为定。亦曰静虑，即禅那，以心极寂静而能审虑立名。亦曰三摩呬多，译等引，由等持引发深定心。亦曰三摩钵底，译等至，由心等持所至深境。如是诸名，皆为三摩地之别名。但定之功用，各各不同，今所入之定，名除灭一切众生苦恼，为其特别功用。定能引发种种妙用，故亦名功德林，亦名功德宝藏。若心在散位，则心为形役，心随境转，逐物浮沉；若心安定，专于一境，精诚所至，金石为开，则心能转物矣。然欲界凡夫，皆具散心；即上二界定力，亦为境量拘限；三乘贤圣展转胜进；唯佛定力，最极随心自在；此药师所以欲灭除众苦，即有灭除众苦之可能也。肉髻者，即佛顶隆然而起之髻相，为三十二相之一相，为佛福德圆满最尊相也。既入定已，从此肉髻中放大光明，然后宣说陀罗尼咒。此显先由大愿起大悲，入大定，从大福聚中放大智光而说此咒。陀罗尼、此译总持，明于一句之中，总持无量功德。又译遮持，遮除一切病苦，保持一切康宁。其功德广大而不可思议，故言为大。一切咒语本不翻译，即四不翻中之秘密不翻。但今不妨略示其义。
那谟、译皈依，故敬礼；薄伽筏帝、即薄伽梵，世尊之义；鞞杀社窭噜，即药师；薛琉璃钵剌婆喝啰阇也，即琉璃；怛陀揭多耶、即如来；阿啰诃帝、译应；三藐三勃陀耶、译正等觉；故连合之，即皈依世尊药师琉璃光如来应正等觉，或敬礼世尊药师琉璃光如来应正等觉。怛侄阤，乃是即说咒曰之义。自唵至娑诃，方是大陀罗尼咒之正文。药师如来由大悲、大定、大智而说此咒．总持一切佛果功用，其义无穷，华严玄谈所谓‘一字法门，海墨书而不尽’。盖此乃药师佛秘密符印，一心诵持，感得药师如来心心相印，即可获大妙用，如秘钥之能开功德宝藏；若无钥匙．虽有功德宝而无法取用之也。唵字、照中国陕西一带古音，应读翁字音，其声较长。唵字总摄四智菩提，清净法界一切佛果无漏功德，扫尽一切染法，圆成一切白法；如唯识颂所谓：‘此即无漏界，不思议善常，无漏解脱身，大牟尼名法’。咒、为总持，此唵字实为总持之总持，故一切经咒，皆冠以唵字。鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，皆药之义；如言：以衣衣之，或以药药之之药，作动词用。但鞞杀逝，鞞杀逝，即为药之，药之，之义，是医治义；双言药之，含医治自病他病义。鞞杀社，即药，为名词。以药治自病愈，复治众生病愈，故叠言以药之药之也。三没揭帝、即普度义。莎诃、为速疾成就义。综合其意，即祝以药普度一切众生病苦之大愿，速得成就也。
药师如来未说咒前，彼琉璃世界众生，或犹有病苦可得；自说咒后，彼界大地震动，普现祥瑞，一切众生病苦皆除，安隐快乐。故自尔时至安隐乐，皆述其界当说咒时之得益也。
戊三 持咒除病 ‘曼殊室利！若见男子、女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食、或药、或无虫水、咒一百八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。是故曼殊室利！若有男子、女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重恭敬供养者，常持此咒，勿令废忘’。
一心故，意业清净；澡洗故，身业清净；诵咒故，语业清净。三业专精，为彼病人，于饮食或药水等物，于此一种加持，诵百八遍咒语，令彼病人饮服，一切病苦皆可消除。咒字、中国字的本义，为咒诅、咒愿、祝咒。换言之，即祷告。但此有善有恶，如祷告个人消灾得乐，或世界和平，皆为善的祷告；若咒诅冤家，祈祷害者人，皆为恶的祷告。故今唵鞞杀逝等咒，以药除病，皆善咒也。又咒为陀罗尼之一，如解深密经说有四种陀罗尼：一、法陀罗尼，二、义陀罗尼，三、忍陀罗尼，四咒陀罗尼；今此即咒陀罗尼摄也。又若至心念诵，所求皆遂，不但现生消灾除病，延年益寿，临命终时亦得往生琉璃世界，乃至证得究竟菩提，一切行位等皆无退堕也。自是故曼殊，至勿令废忘，此明持咒既有种种功用，故净信男女，宜各至心常持，勿稍懈怠而忘失。由至心故生信，信故受持，若无信则自闭其门，虽有慧光不能照也。又至心殷重故，意业清净；意清净故，身口亦净；然后才能尽己所有供养于佛，不特物质供养，即将心身性命之精神，亦归敬供养于佛。所谓归命者，此之谓也。如是持咒，自得延年益寿，临终往生；亦使他人延年益寿；临终往生；自利利他，功德大矣！
丙二 有情持奉益 丁一 佛说消灾周 戊一 释尊标示 ‘复次、曼殊室利！若有净信男子女人，得闻药师琉璃光如来应正等觉所有名号，闻已诵持。晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花、烧香、涂香，作众伎乐，供养形象。于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义。于彼法师，应修供养：一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提’。
此下为正说分中第二机益一大科所开出之第二段有情持奉益之文；正此经宗要之所在。如前曼殊启请言：‘惟愿演说如是相类，诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者业障消除，为欲利乐像法转时诸有情故’。是知此经之发起，全为利乐像法有情。即世尊赞许中亦说：‘汝以大悲劝请我说’，乃至‘为拔业障所缠有情，利乐安乐像法转时诸有情故’。故有情持奉益，实为此经之重心。如全部法华，以授记声闻成佛为主要，故有三周说法：一、法说周，上根悟入；二、喻说周，中根悟入；三、因缘说周，下根悟入。故今经以有情奉持利益为主要点，亦即分为三周：一、佛说消灾周，二、救脱延寿周，三、药叉誓护周。三周之文，各自独立，各彰其义，各有其宗要点；然亦互相摄入，互相交遍，如帝网珠之重重相映也。佛说消灾周文有四，今初释尊标示。
净信者，转依之基础，正行之要键，为学佛者必具条件；盖由净信故，一切清净心心所，皆得相应而起。信心所，居十一善心所之初，善以此世他世顺益为义；此信心所自性清净，亦能令余心所清净，如水清珠，能清浊水。故此言信，与常言之信异。常言迷信、或误信人言，其信中皆含错谬成分，不可与此净信同日而语。以此净信，具有三个条件：一、信实，信有诸法真实事理；二、信德，信有三宝真净功德；三、信能，信自己有修行、断惑、证果之本能。如是依真实事理，三宝功德，本具功能而起信心，方称净信；亦可引余善心相应而起。故华严云：‘信为道源功德母，长养一切诸善根’。为三乘圣道之源，一切功德之母，诸戒、定、慧善根莫不由此发生。如是净信男子女人，能于药师如来名号，闻已诵持，即可得益。诵、为背诵，持、即意持不忘。如是诵持名号，由名召德，即能摄取佛果一切功德。晨嚼齿木，即嚼杨枝，清口、澡身，使内三业清净。以诸香花至供养形象，使外坛场庄严。若自书、若教人书者，古印度佛经皆以贝叶书写，中国古亦用纸书写，自五代宋时以来，乃有刻本流通，故亦可以刻经流通代替写经功德。一心受持，包括读、诵、受持、讲习，思维其义，为他人说等等。法华明五品法师功德：一、随喜品，二、读诵品，三、说法品，四、兼行六度品，五、正行六度品，皆可于一心受持摄尽。又诸经论明十法行：一、书写，二、供养，三、施他，四、谛听，五、披读，六、受持，七、开演，八、讽诵，九、思维，十、修习，亦于此一心受持中摄之。受持、即听受记持，盖佛经结集，只是经大众会诵，未必即有写本，故初学者须师传授，方可从之听受记持；如今西藏佛徒，尚实行授受之制度。虽然、时至今日，经典流通，凡识文者，皆可披读诵持，思维其义；故中国从古以来，即多从文自悟之师也。法师之法，狭义言之，如四无碍辩中之法无碍辩，法对义言，但指能诠教法。广义言之，则能诠之教与所诠之义，法界诸法无非是法。如是思维，通达善解其义，以法自师；复能辗转开示宣说，以法为他人师，故曰法师。吾人于经典得以受持读诵、思维其义者，皆由法师为导引，法师之恩德甚深，故应布施供养，尽意敬重。非特物质尽量供养，即以身命供养亦所不惜，方称真诚求法。观夫释迦因地求半偈而舍全身，可为轨范也。时至今日，邪见炽然，有法不求，反诽谤之，讥毁之而不遗余力，可慨也夫！故学佛者，净信三宝，方蒙诸佛护念；以佛果功德，皆由因地净信而起；由净信而绍隆佛种，续佛慧命，故为佛所护念；如母忆子，念念不忘，则所求者，皆得遂愿圆满，善根增长，渐证菩提。
戊二 曼殊奉扬 尔时、曼殊室利童子白佛言：‘世尊！我当誓于像法转时，以种种方便，令诸净信善男子、善女人等，得闻世尊药师琉璃光如来名号，乃至睡中亦以佛名觉悟其耳。世尊！若于此经受持读诵，或复为他演说开示；若自书、若教人书；恭敬尊重，以种种华香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐，而为供养；以五色彩，作囊盛之；扫洒净处，敷设高座，而用安处。尔时、四大天王与其眷属，及余无量百千天众，皆诣其所，供养守护。世尊！若此经宝流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处无复横死；亦复不为诸恶鬼神夺其精气，设已夺者，还得如故，身心安乐’。
曼殊既闻世尊开示药师如来本愿功德，利益有情，故发誓愿奉扬是法，使像法有情，未闻者闻，已闻者增长，种种设法传流此经；故今日能得以讲读此经，皆曼殊誓愿加被之力也。华香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐，皆是供养庄严之具。花、香、灯、涂、鼓乐，为五供养，此中皆已具足。五色彩缎，作囊盛经，以表敬重；扫洒清净，庄严处所。如是奉扬此法，即能感得四大天王等来护持道场，供养尊重。四大天王，亦曰护世四王，以四天王天处三界诸天之下，距离人间最近，与人间有密切关系，故能护人护世也。及余无量百千天众，即指四天王天以上忉利天等诸天。以佛法流通之处，即天人福德得以增长之处，故踊跃欢喜而来护法也。此经宝流行之处，即有人依十法行受持之处。但信受奉持，必能解其义，若不了解，即难正信；而信如手，人若无手，虽有人授与珍财而不能接受，无信、则虽有功德宝亦不能受取。故能真实信受奉持及闻名号，皆得离诸横死。横死者，种种不一：或不卫生而死，或病不医治而死，或肆无忌惮遭刑网而死，或遇人祸天灾不测而死等，皆为横死之原因。又有世人所不常见之横死，即如前魇魅诸恶鬼劫夺精气等而死也。
戊三 释尊重详轨益 己一 开示仪轨 佛告曼殊室利：‘如是！如是！如汝所说。曼殊室利！若有净信善男子、善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之。散种种花，烧种种香，以种种幢幡庄严其处。七日七夜，受八分斋戒，食清净食，澡浴香洁，著清净衣，应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情起利益安乐──慈、悲、喜、舍平等之心，鼓乐歌赞，右绕佛像。复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示’。
此因曼殊誓愿奉扬，故世尊重为详示仪轨，即将应如何去修习奉扬之方法，广为开示。曼殊之言，上契佛理，下适众机，故佛印可之以如是、如是。此言修持方法，须先造药师佛形像，然后以华香庄严道场而供养之。但应如何建立形像耶？此须依据前第一第二愿中，明佛身光，相好庄严而建立之。七日七夜受八分斋戒等，此专指在家信众而言。即修建药师法会，七日七夜，斋戒受持，香花供养，与今之寺院中修建弥陀佛七等相似。食清净食，不但素食，尤重过午不食之禁；若过午食，即为不净之食；五荤及腥血肉之食，更无论矣。澡浴香洁等，即三业清净，一心恭敬，七日七夜，受八斋戒，如法修持。无垢浊心者，法不孤起，仗境方生，坛既清净，心须无垢浊，若心不离垢浊．坛净亦复奚益？秽污堆积曰垢，泥水混沌曰浊，设以心如净镜，因贪等烦恼之秽积，则如镜著尘垢矣。设以心如清水，因贪等烦恼之污滓，则如清水混泥浊矣。故今应生无垢浊心，即将一切烦恼伏息，起清净心。既无垢浊，应无怒害。然怒害心，为烦恼中最利之烦恼──怒心为小随烦恼中之忿，害心即小随烦恼中之害──，此怒害心形之于外，无非损人的行为。本来、佛心众生心，一心一切心，交互相遍。由此怒害心起，即与诸佛慈悲之心隔绝，而障蔽与一切众生相通之本能也。‘一念嗔心起，百万障门开’，即此之谓矣。由无垢浊心，起清净心；由无怒害心，起慈悲心；对一切有情识有思想的同类有情，起利益安乐慈悲喜舍平等之心。又、无垢浊心，无怒害心，犹为佛教消极方面破除者。
而一般不明佛理之人，即以此目佛教为悲观的或消极的，不知佛教于破坏垢浊、怒害之心后，即随而建设慈、悲、喜、舍平等心所表现的积极行为，不智孰甚！慈、悲、喜、舍，亦曰四无量心，以此四心普遍平等，量同法界，无界限故。慈心、使诸众生同得利益安乐，如母忆子，时时念子安乐，而菩萨则遍诸有情。悲心、拔除众苦，由慈为本，见众生苦而悲痛，欲救济其苦，尽力设法，将苦连根拔除，杜塞苦源。故诸佛菩萨，皆以慈悲为心，由慈悲故，见众生得乐离苦，起普遍的喜心；喜心、正与嫉妒心相反，以怀嫉妒心，见他好事，即不欢喜。须有上慈、悲、喜三心，等观若自若他、若男若女，众缘所生，其性本空，无可取著，自他苦乐平等无别，即起舍平等心。由舍平等故，若慈、若悲、若喜各各平等，即成四无量心矣。故若慈悲等心，从自他观念而出发，执为实有能拔苦者，能与乐者，及所离苦者，所受乐者，则有限量，非平等心；而菩萨从二空无分别智而起与乐拔苦，虽终日与乐拔苦而不见与乐拔苦，故能成其平等普遍之无量心也。
总之、塑画形像，供养经典，受持读诵，思解其义，开示演说，互相修习，即组成建立药师法会之仪轨也。
己二 指陈效益 庚一 获福益 ‘随所乐求，一切皆遂：求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女’。
此获福文略，下免难文稍广。由前建立药师七佛道场，七日七夜，斋戒沐浴，如法修行，即将此功德回向，皆得随愿所求。但发愿须在功行未修之前，而回向则在功行修成之后。将此功德，或回向个人消灾获福，或回向法界众生；此发愿与回向之区别也。但世俗一般人所欲求者，不外福禄寿喜等，故此中即随俗而说。寿、乃人生得以维持生命的最重视者，寿若无，则虽有整千盈万之产业，不能享受，故曰：‘五福寿为先’。佛法谓人身难得，若既得人身，如嫩木初长，天真时期若遭夭折，即不寿矣。又至壮年时期，血气方盛，正是青云直上、奋发有为之日，忽遭不测，百业不成，志愿未伸，尤为可愍！至于老年欲寿不能，亦极痛苦。故求长寿，实为人生最大之要求，而尤为富贵者所需要，亦为中国人特别需要。因中国人素重视现生富贵，不若西洋人斤斤乎求生天国，故须先求长寿来保障富贵。尤其中国之道教，求长生久住之道，与万物并茂，与天地同春，皆求长寿之表征。然真长寿，非人所能，即道教长生久住，亦非究竟；盖究竟长寿，无始无终，不知本末；若落本末，即有始终，故虽寿长至非非想处，亦有尽时，何况道教？即如道教寿与天地同春，而天地亦有成住坏空之变，故其寿是相待的非绝待的，是有尽的非究竟的。道教尚且如是，又何论人寿耶？人之寿命，由阿赖耶识中引、满、二业种子之原动力，引生一期异熟果报之命根，有形段，有限量，呼吸不来，命根即断，故亦是相待的非究竟的；若究竟无限，须空异熟业报，则业命断而任运相续之无分别智的慧命长存。菩萨根本智证真如法身，慧命相续，无漏功德辗转增上，即不为异熟业命有形段之限量。然地地新陈代谢的微细变易未穷，故有变易寿限。唯至佛果大圆镜智相应，转成庵摩罗识，相续湛然，无有穷尽，方为究竟无量寿也。但此为佛之报身寿，佛有三身：自其法性身言之，从本以来，不生不灭，无始无终，众生与佛平等平等；但众生未证，只可名法性，不得名身；菩萨少分证得，佛果究竟满证。此法性身与报身之自受用身，一味普遍。至他受用身与变化身，则机缘无尽，佛身无尽。故总言之，法身自性长寿，报身相续长寿，应身无尽长寿；三身寿命，永久无尽。此云求长寿得长寿，或得天上人间较长寿命，或得究竟佛寿，佛以愿力，皆令随愿以偿。
求富饶得富饶者，富饶、即财物珍宝，仓库盈溢，资生之具无所乏少。常言福报，广义通长寿等，狭义唯局富饶；富饶故有福。中国人最喜求富饶，如一般烧香礼佛者，求发财居多，此亦为人情之常，故佛能令遂其愿。约深义言，佛法明布施，有财施、法施、无畏施，因布施故，果得七圣财，及一切功德法财，故佛为世出世间之大富长者。
求官位得官位者，官之本义为公，居官位掌职权，原为国家人民社会群众服务；故狭义言官位，则局政治文武官僚。广义言之，凡为公众服务，皆可名官。所以怀抱绝大之士，立志治国安民，而欲以贯澈其主张，达其目的，方有居官掌权必要，以实行其治国安民之素志。如此求官位，方不失其求官位之意义。世俗流弊，唯假官位以张威势而谋俸禄，满足私人家族生活，则非设官之本意也。但无论其为公为私，皆亦人情常有，令之随愿得遂。又、以佛法言之，菩萨自利利他，为人类谋幸福，为世界谋安和，方为真正大官。而官位之究竟，莫逾于无上丈夫调御士之天人师之世尊也。
求男女得男女者，既得富饶家业，必仗子孙嗣续。尤其中国人富于种族思想，自高祖至玄孙，数代相聚，引为乐事；而世界人类，亦皆有其愿。然综其求子女原因，不外两种：或因家产充足以待传持，或因有志未遂以待继续；故无子女，实为人生最大憾事！即如吾国出家人之寺院产业，亦待徒子徒孙法子法孙之继续，何况世俗？故佛随人愿，凡求子女，皆令满足。但此子女，佛法亦有深义；维摩经云：‘慈悲心为女，智慧诚实男’。法华化城喻品云：‘男女皆充满’，即定慧皆充满义。故佛果之大悲、大智、大定，皆为胜义男女。人生之欲求虽多，举其荦荦大者不外以上四种；即此四种扩充其义，俱通达佛法深义焉。
庚二 免难益 辛一 百怪出现难
‘若复有人，忽得恶梦，见诸恶相；或怪鸟来集；或于住处百怪出现。此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来者，恶梦、恶相诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患’。
忽得恶梦，百怪出现，皆为不祥之兆。其致诡怪原因，或宿业，或四大不调，或鬼神作祟。佛经中言阿难得恶梦，及佛母摩耶夫人佛涅槃时，在忉利天宫得恶梦等，此等皆为预兆。但万法唯心所现，若遇恶梦怪异不觉其恶，视若无事，亦即无事；若既惊恐不安，心有挂碍，则将不免为患。今以已建立药师道场，恭敬供养，由佛力故，不吉祥事皆自隐没，不能为患。
辛二 一切怖畏难 ‘或有水、火、刀、毒、悬险、恶象、师子、虎、狼、熊、罴、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等怖；若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱’。若水、火，若刀、毒，若恶师子，若虎、狼、熊、罴、若毒蛇、恶蝎、若蜈蚣、蚰蜒，若蚊虻等诸难，皆能伤生害命，致人于死地。又此诸毒难，表贪、嗔、痴诸毒烦恼，能伤害法身慧命。又由内毒故，外毒能害；若至心忆念佛名号，息诸内毒，则外毒亦不能伤，而得解脱。
辛三 他国侵扰难 ‘若他国侵扰，盗贼反乱，忆念恭敬彼如来者，亦皆解脱’。
此为国难。故今讲经《钟声偈》云：‘功勋酬民国深恩’，即含祈祷国家平安之意。此文虽略，内忧外患靡不收摄。侵、即侵犯略夺，破他国之领土完整，尤于文化、政治、经济种种侵略，使之民不聊生，骚扰不宁，内讧纷起，鹬蚌相争，遂令渔人得利。今自中国观之，数十年来，皆是处在内忧外患重重困顿之中，文化受侵略故，人民思想紊乱；政治受侵略故，关税、法权失主；经济受侵略故，人民生活枯竭。因之匪窃蜂起，盗贼猖狂，加以军阀割据，公然反乱。原国家之建立，本为保障人民权利，今则国患如此，民何以堪？而此职责，各有攸归：在昔以帝立国，帝负其责；今者以民立国，宜由国民共负其责。然救国之法虽不一，若能至心忆念彼佛，国民信仰心得安定，亦解脱国难一法也。
辛四 犯戒堕落难 ‘复次、曼殊室利！若有净信善男子、善女人等，乃至尽形不事余天，唯当一心，归佛法僧，受持禁戒：若五戒、十戒、菩萨四百戒、苾刍二百五十戒、苾刍尼五百戒。于所受中或有毁犯，怖堕恶趣，若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生’。
前三难，通于一切人类，此则指已皈佛法修学者之难。戒律既受，毁之则堕！未受戒而不守戒律，不道德而已；若受戒破戒，则加破坏佛制之罪，罪过极重，甚于洪水猛火之难！此净信善男女之皈依三宝者：皈依佛故，誓不依天魔外道为师；皈依法故，誓不读邪外典籍；皈依僧故，誓不与外道恶人为伍。故受三皈者，即尽形不事余天，坚固信心，进而以佛所说法门，规正个人行为，故须受戒。戒分止作，止者应止，作者应作。今禁戒者，专指止而不作之戒。如五戒、十戒，为戒之基础，修戒之初步；所有余戒，靡不基此辗转增上而成立。五戒：即不杀、不盗、不邪淫、不妄语、不饮酒。十戒者：戒除身三、口四、意三之十恶，为在家二众修戒之法。又有沙弥十戒，为出家修持之初步。菩萨四百戒，应别有其本。略而言之，如瑜伽菩萨戒本之四十三戒；梵网经之十重，四十八戒。苾刍二百五十戒，指大数而言，如四分律、僧祇律等皆不足此数，此因戒之开合有异，义无何别。苾刍尼五百戒，亦指大数而言，现行戒本亦只三百余戒。如是七众弟子，其于戒法，或因毁犯而起恐怖，若能专念彼佛，恭敬供养，三恶之苦皆不能受。
辛五 妇女生产难 ‘或有女人，临当产时，受于极苦；若能志心称名礼赞，恭敬供养彼如来者，众苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人夺其精气’。
前既求男女者得男女，既有男女，必有生产；生产之难，极其痛苦，而为妇人所不免。若子母俱福，安全无事；若子母俱无福，或冤家投胎，则苦矣！故佛教称人之生日为母难日，故于母亲，宜加孝敬以酬深恩。但临产难极苦之时，自能至心称念佛号；或亲戚家眷代为修建药师法会，塑画形像，读诵经典等，由佛愿力即可免此苦难，安全而生。或所生子，丑陋残病，甚至夭折，因此亦能转使诸根完具，相貌端正，聪明利根，人见钦敬，无有非人夺其精气。盖非人之鬼魅，常感饥渴之苦，往往夺取婴孩精气以活其命。故能建立药师法会，一切灾难皆可息灭，随愿所求，皆得满足。今日若能将此法门流行于世，则世界众生皆得普遍消灾利益，而使人生与佛法发生普遍的亲密的关系，更足奠定人间佛教的基础也。
戊四 阿难问增益 己一 佛问信不 尔时、世尊告阿难言：‘如我称扬彼世尊药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了，汝为信不？’
此为消灾周中第四，世尊与阿难互相问答以增信心。此中分三，今第一佛问阿难信此法不。此中世尊告阿难者，阿难多闻第一，闻持不忘，结集流通，后世堪传。阿难、梵语具云阿难陀，此云庆喜。以阿难出家在佛成道后二十年，故其生时，值佛成道，龙天庆喜，因以为号。阿难出家，常随于佛。其于佛经，有自佛亲闻，有自同学长老辗转而闻；今此经为其亲闻者。佛告阿难，此明彼佛所有功德，皆是诸佛甚深行处，不但所证之法体甚深难了，即所起之方便妙用亦甚深极甚深，难通达极难通达，不易信受。盖阿难信心最足，故问信不，使发挥佛言必可信之义以增信益。此甚深行处，即前明体相中所有依正庄严之体，行果功德之相，佛佛道同，故言此是诸佛甚深行处，难可解了。亦同法华极力称叹‘诸佛随宜所说，意趣难解’。处有二解：一、诸佛甚深所行之处，依主释；如是言处，即佛智所行境界。佛智、即一切种智正遍知所行境界，若法界性相，真俗事理，自他因果等，于一刹那遍照无遗，微妙甚深，难可解了；法华所谓‘诸法实相，唯佛与佛乃能究尽’。即等觉大士，亦如隔云望月，依稀不真，则地前三贤以至具缚凡夫更无论矣！地前圣凡既不能以智测佛，唯有以信接受，法华谓：‘唯除诸菩萨，信力坚固者’。瑜伽戒本云：‘若诸菩萨安住菩萨净戒律仪，若闻甚深最甚深处，心不信解；菩萨尔时应强信受，应无谄曲，应如是学：我为非善，盲无慧目，于如来眼随所宣说，于诸如来密意语言而生诽谤。菩萨如是自处无知，仰推如来，于诸佛法无不现知’。此言不因自己智慧狭小不了，即不信仰甚深行处，应观佛之人格德行而强信受，方能渐渐解了。故今佛问阿难信不，亦含有强信性；即在阿难答中，亦具此理。二、诸佛甚深所行即处，持业释；此明诸佛因果功德及其所起利生方便等行，即甚深处；则此经所明之药师因果功德，即是诸佛甚深之所行处。故此处字，即指药师甚深德行；其根本智证真固难解了，即后得智所起方便亦难解了。从比量比知其义曰解，今诸佛自证甚深，非比量能到，故难解；由现量明察其境曰了，今诸佛自证甚深，非现量能到，故难了。但虽有二解，后解为正。前明体相中，不以真如、实相、中道、第一义等为体相，而以依正庄严行果功德为体相者，即诸佛甚深行处也。诸法法性本无深浅，金刚经所谓：‘是法平等，无有高下’。法住法位，法尔常然，不增不减，不生不灭；而所以有深浅者，六凡、二乘为无明烦恼覆障，与诸佛平等法界隔绝，各各不知；利根菩萨，从比量知，现量不知；地上菩萨以至等觉，少分证知；是则诸佛行处之甚深可知矣。故问阿难信不，以增强像法有情之信心。
己二 阿难正答 庚一 答应信佛言 阿难白言：‘大德世尊！我于如来所说契经不生疑惑，所以者何？一切如来身语意业无不清净。世尊！此日月轮可令堕落，妙高山王可使倾动，诸佛所言无有异也’。
此阿难答言，于诸佛甚深行处虽不解了，而决定信受。大德、佛之尊称，福智圆满，故称大德。契经者，佛所说法，皆契理机；不契理则失法之体，不契机则失法之用。然阿难为何于佛所说即不生疑惑而信受耶？以世尊与十方一切如来无异，而十方如来三业清净，说真实语，不诳语者，故世尊语深可信受。三业之业，动作之义，凡诸动作皆名为业。出家人开口即说业障深重，则将业专指恶业；其实、业通善、恶、无记、三性，善又通漏、无漏；佛果亦有清净三业；华严普贤行愿品云：‘身语意业无有疲厌’，亦属清净三业。然业以思心所之动作为自体，由此生余心心所为相应。又、意业为意识及思等心所相应而起之动作；身语二业为前六识相应心所所起之动作；故三业动作，全由心识，若无心识，则如风吹水动，火能烧薪等，虽有业用而非是业。今言身语意业无不清净，显佛果烦恼等已穷，离诸过失。故佛果三业，亦称三不护，以无过失覆蔽隐藏，真所谓本无不可告人之事，信无疑议者也。又恐语不真切，复以喻明：日月可令堕落，妙高山王可使倾动，而于诸佛所说信无有异。日月轮经行天空，本不可堕；妙高山即须弥卢，为山中之王，上至忉利，下至地狱，其居中心，安然不动。今纵使日月轮可堕落，须弥卢可倾动，而于佛语信无有异，正表其信之真切。此经所明法门，纯为果上不思议境界，唯可以信受，不可以智测。须先信佛，方有法僧，否则、三宝难以建立。此菩萨戒本、弥陀经等，所以明‘一切难信之法’，皆以信去接受也。
庚二 明不信获罪 ‘世尊！有诸众生信根不具，闻说诸佛甚深行处，作是思惟：云何但念药师琉璃光如来一佛名号，便获尔所功德胜利？由此不信，返生诽谤。彼于长夜失大利乐，堕诸恶趣，流转无穷！’ 此明信根不具之有情，于佛所说诸佛甚深行处，不以信受，但以智测。则如解深密经所谓：‘诸佛智慧如大海水，我等智慧如牛迹水’。以牛迹水智测无边佛海，此所以疑网重重，犹豫不信！由不信故，诽法不合理，谤佛欺骗人，因此堕于长夜黑暗，何时达旦！盖漫漫生死长夜，佛为明灯；今既不信佛灯，是即失大利乐，如‘盲人骑瞎马，半夜临深流’；堕三途险坑，流转无穷极！
己三 重详信益 庚一 示不疑利益 佛告阿难：‘是诸有情若闻世尊药师琉璃光如来名号，至心受持，不生疑惑，堕恶趣者无有是处’。 因有有情不信堕苦，若佛苦口婆心，重详信之利益。是诸有情，泛指人间一切有情。若闻药师如来名号，至心受持，不生疑惑，必不堕落，若堕恶趣，必无是理也。
庚二 明希有难信 ‘阿难！此是诸佛甚深所行，难可信解；汝今能受，当知皆是如来威力。阿难！一切声闻、独觉、及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解，唯除一生所系菩萨。阿难！人身难得；于三宝中，信敬尊重，亦难可得；闻世尊药师琉璃光如来名号，复难于是’。 此是诸佛甚深所行，与前第二解义相同。诸佛甚深所行即处，故不另言处。甚深之行，不易信受，而阿难坚决信受，皆由如来威神之力使之而然；否则、妄想思量，必难置信。声、缘二乘，皆通有学无学。未登地诸菩萨者，自十信初发心位，入初阿僧祇成三贤位菩萨，由此入加行位菩萨。十信为外凡位，三贤为内凡位，是皆未经二阿僧祇入初地位，故于诸佛甚深行处，不能如实信解。盖未登地者，无明未破，法性未显，未得诸佛智慧。须登初地，方能根本证真，后得观相；然亦不能于一念中二智圆具，须前念根本证真，后念后得观相，隔离不融；故须依据佛说，起比量智慧，比知其理而起信解。是故地前菩萨，只可名为随教义而信解，非自能证理而起信解。故告阿难，汝非自力能信解。一生所系菩萨，可有二义：一、约报身说，自初地至等觉，皆可名为一生所系，以初地破无明，显法身，入如来家，慧命相续，虽报身在净妙土中有辗转变易，而不再受分段生死，故入初地亦可名一生所系。二、约应身说，唯以等觉为一生所系菩萨，位居补处，如释迦佛未降生成佛前之一世，为一生所系，如今兜率弥勒大士即一生所系菩萨。如是二种菩萨，于诸佛甚深行处，方能少分证信。然以后说为正。欲界众生，五趣杂居，人身难得；既得人身，若无善根，敬信三宝亦难；如今世界，几许众生不信三宝！然闻药师如来尤难，此所以明希有难信也。
庚三 结略说指广 ‘阿难！彼药师琉璃光如来，无量菩萨行，无量, 善巧方便，无量广大愿；我若一劫，若一劫余而广说者，劫可速尽，彼佛行愿、善巧方便无有尽也！’ 此明药师如来之菩萨行、善巧方便、大愿、皆无量无边。善巧方便一义，亦可分解：善巧、对种种学问、工艺、技术、事业，所谓‘法门无量誓愿学’；对于无量法门，皆能练得精致纯熟，故有善巧；即‘熟能生巧’也。方便、即在施行的方法上，种种方式，随宜而设，为方便权宜之妙用。但方便通于因果前后，利他设化，固属方便；因中做种种前方便工夫，达到究竟目的，亦是方便。无量菩萨行，唯是因行；无量广大愿，则贯彻无量菩萨行与善巧方便，总摄因果。此皆略明药师佛德。若广言之，则千万劫可速使其尽，而佛功德说莫能穷。此亦正显诸佛甚深行处难可解了，不易信受，所以佛与阿难设此问答，极力辨明以增信也。
丁二 救脱延寿周 戊一 救脱示延寿法
尔时、众中有一菩萨摩诃萨，名曰救脱，即从座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌而白佛言：‘大德世尊！像法转时，有诸众生为种种患之所困厄，长病羸瘦，不能饮食，喉唇干燥，见诸方暗，死相现前，父母、亲属、朋友、知识啼泣围绕；然彼自身卧在本处，见琰魔使，引其神识至于琰魔法王之前。然诸有情，有俱生神，随其所作若罪若福，皆具书之，尽持授与琰魔法王。尔时、彼王推问其人，计算所作，随其罪福而处断之。时彼病人亲属、知识，若能为彼归依世尊药师琉璃光如来，请诸众僧，转读此经，然七层之灯，悬五色续命神幡，或有是处彼识得还，如在梦中明了自见。或经七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼识还时，如从梦觉，皆自忆知善不善业所得果报；由自证见业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。是故净信善男子善女人等，皆应受持药师琉璃光如来名号，随力所能，恭敬供养’。有情持奉益文中有三周，今第二救脱延寿周。前消灾周主重消灾，亦明延寿；今延寿周主重延寿，亦明消灾。尔时众中，即佛在乐音树下，与法会大众说消灾周竟，会中有救脱菩萨摩诃萨从座而起。摩诃萨、即大菩萨，初阿僧祇十住位，对前十信言，亦称大菩萨；次阿僧祇对初阿僧祇亦称大菩萨；今指三阿僧祇一生所系菩萨，方能信解此法，助佛宣弘。救脱者，显其能救渡众生，脱离苦厄，因以立名。菩萨有从智慧、苦行、誓愿、大悲、救苦等功德立名，今取大悲救苦。从座而起，至曲躬合掌，皆表特别致敬。以救脱所示之法，非泛泛之论，乃广利众生，为药师法中之特殊胜用。诸众生、指人类而言。众生、与有情同，有情为数取趣，众生乃五蕴众缘假合而成，然众生通于情与无情动植之物，而植物则不能称为有情，此其范围宽狭稍异。像法转时，魔强法弱，种种苦厄，不可言喻！长病赢瘦等，言病时之状态。见诸方暗死相现前；言药石无效，将死不久。父母亲属等，言看病者之苦境。当尔之时，病者自身卧其病处，死相现前，前一刹那昏迷不觉，后一刹那即见琰魔使者，引其神识至琰魔前，执法受刑。盖琰魔为地狱执法之王，今诸众生，死前见诸方黑暗，皆堕落之象征，故其神识，为琰魔使引入狱中。神识者，经中明有四有：吾人住世之果报色身为本有；此身坏灭时为死有；死已未生，其中间为中有；中有寿尽转世，则为生有。由生有故，后复本有，如是四有，循环无已。但生死二有，时间极短；本有则随生类寿命，各自长短；中有寿命，少而七日，多至四十九日，亦有处说不定。今之神识，即指中有，古译神魂，似与今日所谓之灵魂相近。然佛教破除精神主宰之实我，何今言有神识相续之我体耶？此有四义：一、为对治凡夫断见，说有有情神识相续。以断见有情执此色身坏时，即归灭无，所谓‘肉化清风骨化泥’，因此拨无因果造诸恶业，当堕大坑。佛怜此故，说有四有相续，于中有微细五蕴之中有，相续不断，凡夫难知，说为神识，建立因果之相，以破断见。二、因常见有情，于此五蕴中有之连续中起常见想，执为实有主体不变常住之我存在，故进一步说我由五蕴、十二处、十八界等法所成，众缘所生，原无实体。则此神识，乃属五蕴中之识蕴，十二处之意根，十八界中之意根与意识，根、尘、识三和合而成，原无实我主体。故此言神识，迥异普通灵魂之说。三、二乘声闻等闻说无我，断烦恼因，证我空果，而于蕴等法上起实有执，故再进一步，明诸法缘生无性，毕竟空寂，破其法执。四、有人不如实知毕竟空义，于毕竟空中起虚无见，而与断见有情拨无因果相似，故更进说三界唯心，万法唯识之理，明诸法皆由心识变现，如水露、阳焰、梦、幻、泡、影。今即于梦、幻、泡、影中说有神识，随五蕴现，其性本空，而与灵魂之说，不可日年而语。然此虽有四说，立神识名，专对断见。俱生神者，亦作浅深二说：浅说者，如人生各有年月日时不同，而有情随之俱生，此专对凡夫外道断见有情而说。深说者，无此俱生之神，以前说神由蕴等法成，而蕴等法空，乃至进说唯识。则此俱生神即阿赖耶识，此识为异熟业报之总体，名俱生神，所造善恶由其储积。然其受熏持种，行相微细，不得而知；及其果报现前，方能明晓。如黑暗中写字，不见形色，乃至光来，宛然入目，知其为白为黑。而其为罪为福，皆由琰魔罗王执法审判，赏善罚恶，无私不阿。但琰魔之为执法王，虽属自业之报，亦由诸恶有情之共业增上而成。如今之总统为一国之主，亦由全国人民共业助成。故其为王也，说之有福，则一日三时，烊铜灌口，自然现前，不免业苦；说之无福，则由共业增上，为执法王，管理地狱有情。故今死者即至其前，善恶苦乐由其审配。然此与佛之法义，亦不相违；以琰罗亦由蕴等诸法假和合成，有情业力增上，亦与唯识所现相应而不违异。时彼病人等文，意言病人死已诸根未坏，又未转世受生，此时若有亲属知识，为彼皈依药师如来，请僧读诵此经，燃七层灯，悬五色幡，由功德力神识复还，如梦醒来。且如地狱受判之刑罚及家眷修法之情境，亦自了了。悬七层之灯者，即如塔之七层，每层悬七灯，及设供七尊药师佛，或依七佛本，设供七佛，并悬五色彩幡。由斯功德，彼神识或于一七日还，或三七日还，或五七日还，或七七日还，此显时间久暂不定。故人初死。必待数日方葬，以尚有返生之可能。但此皆由阿赖耶识相续执持之潜势力，然阿赖耶识遍一切处，本无所谓还与不还，其所以有还与不还，中有意识起分别耳。意识一刹那不觉，即昏迷死去；一刹那起分别，即成中有；再一刹那如梦觉而生，乃能忆知地狱善恶业报之赏罚。由此作人，即遇自身失命之难，宁舍不惜，而不敢再造恶业堕苦也！常人未知此境，往往不信因果轮回之说，今此人由自心证见，亲历其境，故能如此坚决。即如因饥饿命危，宁使其死，必不非理夺食，苟延残喘而造恶业也！此显由药师之力，不但复命，亦能使之洗心革面，走上自新之路也。此类因缘，在中国古书堆里及佛典中，不胜枚举。如今本寺舍利殿之利宾菩萨，昔为猎人，死堕地狱，由佛力指引。还生出家，拜出舍利，成为慧达大师，自利利人，百代流芳；相传是利宾菩萨应世，亦与此相类耳。是故净信善男子下，普劝随力所能，供养恭敬药师如来，福不唐捐！
戊二 阿难问仪轨 己一 救身病以延身命 尔时、阿难问救脱菩萨曰：‘善男子！应云何恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来？续命幡灯复云何造’？救脱菩萨言：‘大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜受持八分斋戒。应以饮食及余资具，随力所办，供养苾刍僧。昼夜六时，礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。读诵此经四十九遍，然四十九灯；造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日光明不绝。造五色彩幡，长四十九搩手，应放杂类众生至四十九，可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持’。阿难既闻救脱延寿之法如是胜妙，故问修法之仪轨以资实行。其问题有二：一、应云何恭敬药师如来？二、续命幡灯应云何造？救脱答中，意显病者欲脱病苦，自以能随力作诸功德为最好。若自病重，力难胜任，可由家眷代作功德，供养药师如来，读经、然灯、造像等，皆示修法仪轨。昼夜六时者，古印度昼三时，夜三时，合为六时，即所谓初夜分，中夜分，后夜分。如中国古时昼夜十二时，今用钟表，则昼夜二十四小时。灯量大如车轮，亦犹今日西藏佛前之大油灯。造五色彩幡长四十九搩手，此正答续命灯幡应云何造之问题。搩手，即以手度物也；言续命幡之长，须由手指量以四十九［(持－寺)＋桀］手。应放杂类众生至四十九者，四十九为数目，或放四十九类生命；或四十九日，每日放生一次。如是功德，即可免除一切危险与横难，此所以救他身生命即延自生命也。
己二 救国难以延身命 ‘复次、阿难！若刹帝利、灌顶王等，灾难起时，所谓：人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。彼刹帝利灌顶王等，尔时应于一切有情起慈悲心，赦诸系闭。依前所说供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根及彼如来本愿力故，令其国界即得安隐，风雨顺时，谷稼成熟，一切有情无病欢乐。于其国中，无有暴恶药叉等神恼有情者，一切恶相皆即隐没；而刹帝利灌顶王等寿命色力，无病自在，皆得增益’。
此救国难。独举刹帝利灌顶王等者，上古以帝立国，帝王为全国人民之主脑，故救国难，独举刹帝利作代表。刹帝利居印度四姓阶级之第二，为帝王贵族，专掌军政，如释迦佛为释迦族种，乃刹帝利族中之一族。灌顶王者，太子受位，以四大海水灌顶，表其将来能统一四海之众──转轮王登位统领四洲──亦犹今日帝国元首之加冕典礼。国难发生，国家命危，故救国难即救国命。古来一国生兴，一国灭亡，其灭亡之日，则一切文化、种族等皆与之俱亡；故国难当前，必极力设法救济，否则国命绝矣。人众疾疫难，即瘟疫流行，传染所至，人死野荒；如古西洋有“黑死症”，死者无数，种族几灭。佛教说刀兵、饥馑、瘟疫、小三灾，此为其一。他国侵逼难，即外祸侵略，政权被夺。自界叛逆难，谓以国疆为界，域中叛乱，此为内忧。上三难皆是人与人间造成之国难。星宿变怪难等，全由天灾造成之国难。星宿经行天空，皆有一定数度，遇变怪时，即失其常态。日月薄蚀难，薄、指尚存微光，蚀、则完全无光。今天文学家，亦常发见平常所无的怪异的星宿，起地球被毁传说。又在日中发见黑子，可予人类不良影响。故虽能推定日月薄蚀之日时，然其对日中之黑子为何物，尚无法研究。非时风雨难，即狂风暴雨为难。过时不雨难，即旱灾，如今中国北五省陕西等处，连年谷物无收；中国古书上亦有三年不雨，五年不雨等灾难。此中数难，皆举其大者而言。遇有此等国难发生，刹帝利等应一面于同类之人起拔苦与乐之心，大赦囚犯；一面依前所说修法仪轨，如法供养如来。由自善根力，由佛功德力，感应道交，一切恶事可化乌有，依然国泰民安；而刹帝利等自身，亦能增福延寿。此中善根，即由慈悲心所成三善根中无嗔所摄。暴恶药叉等神，本由有情共业增上力所引致，今修善灭恶，善根增长，则暴恶乱恼之恶神，亦自敛迹。如沟水中虫生，因污所积，若水清净，则蚊子、苍蝇等侵害有情之物皆不得生矣。
己三 救诸难以延诸命 ‘阿难！若帝后、妃主、储君、王子、大臣、辅相、中宫、彩女、百官、黎庶，为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，然灯续明，放诸生命，散杂色花，烧众名香，病得除愈，众难解脱’。
前救国难以延国命，则以刹帝利灌顶王等领导人民而救之。此救诸难以延诸命，则上自帝后妃主，下至百官庶黎，各人有难，各人自救。储君、即王太子，储者、藏义，储藏以候补王位故。辅相、包左辅右弼，臣中上首。庶黎、即众庶黎民。或为病所苦，或遭余难，如家族有家族难，团体有团体难，若能修习药师佛法，皆得解除众难。此放诸生命，亦正指各人随力所能之事也。
戊三 答阿难问延寿 尔时，阿难问救脱菩萨言：‘善男子！云何已尽之命而可增益’？救脱菩萨言：‘大德！汝岂不闻如来说有九横死耶？是故劝造续命幡灯，修诸福德，以修福故，尽其寿命不经苦患’。阿难问言：‘九横云何’？救脱菩萨言：‘若诸有情，得病虽轻，然无医药及看病者；设复遇医，授以非药，实不应死而便横死。又信世间邪魔、外道、妖孽之师妄说祸福，便生恐动，心不自正，卜问觅祸，杀种种众生解奏神明，呼诸魍魉，请乞福祐，欲冀延年，终不能得。愚痴迷惑，信邪倒见，遂令横死入于地狱，无有出期，是名初横。二者、横被王法之所诛戮。三者、畋猎嬉戏，耽淫嗜酒，放逸无度，横为非人夺其精气。四者、横为火焚。五者、横为水溺。六者、横为种种恶兽所啖。七者、横堕山崖。八者、横为毒药、厌祷、咒诅、起尸鬼等之所中害。九者、饥渴所困，不得饮食而便横死。是为如来略说横死，有此九种。其余复有无量诸横，难可具说！
人命生死，业数有定。前言人死复生，岂不违业命之说乎？故阿难问云何已尽之命而可增益？救脱答中，明九横死。横死者，未善终其天年，冤枉而死；其寿原未享尽，故若设法救济，即可复活。如一盏灯油，本可燃烧一夜，而因漏卮或倾覆，半夜而尽；若再添油，即可复燃而达旦。实则人生在世，善终者少，横死者多，故劝造续命幡灯，修诸福德，即可续其寿命。但就佛法言，不但未尽之寿可续，即已尽之寿亦可复续。如修禅定者，得五神通，能将已尽之寿，延至一劫至数劫之久。但今唯就常人横死而言。初横死中，总有二种：一、得病本轻，药之即愈，而无药、无医、无看护者；又虽遇医，授以非药，庸医杀人，实不应死而横死。二、虽得轻病，而误信世间邪魔、外道、妖孽之怪诞，迷惑恐怖，心旌摇摇，欲冀延年，杀诸生命，祭祀神明，乞怜魍魉；殊不知杀他生命，即害自生命，实不应死而横死。此皆因愚痴无智不以药治，妄信邪说，自戕生命；且还因此造业，永堕地狱无有出期！第二横死，侵害他人权利，堕落法网，横被王法诛戮其命。第三横死，畋猎、纵欲、嗜酒，放逸无度，致遭非人夺其精气而横死；如今之赛跑、赛马、游泳、跳舞、狂欢，纵欲无制，往往误死。第四至第七可知。第八横死，或为毒药所毙；或如前说为冤家咒诅起尸鬼等所中而死。今黔湘之间，尚传此法，能以符咒咒起死尸，今还故乡，亦由起尸鬼之作用。第九横为饥渴所困而死，或自饥渴而死，或被禁饥渴而死，或自甘愿饥渴而死。如是九横，皆为常人之事实，而人自不知，乃佛从俗谛方便阐明其事。又依佛法真谛，九横各有深义：如第一横死，因愚痴故，误信邪外，自伤慧命。第二横死，不守戒律，破坏佛制，至害法身。总之、皆因不依戒定慧、六度等法门修学，致遭横死，而在言词善巧，不妨以俗事而显真理也。此言九横，略说而已；若广言之，一一横中各有无量诸横，说不能尽。然于弥留之际，修此药师佛法，皆可不遭横难而延续寿命也。
戊四 救脱重劝修度 ‘复次、阿难！彼琰魔王主领世间名籍之记，若诸有情，不孝五逆，破辱三宝，坏君臣法，毁于性戒，琰魔法王随罪轻重，考而罚之。是故我今劝诸有情，然灯造幡，放生修福，令度苦厄，不遭众难’。
琰魔罗王，前已言之详矣。其为主领世间名籍之记者，三界众生烦恼未断，生死未了，皆在其势力范围管领之下。昔有比丘修诸禅定，临终生四禅天，而因起谤法之念，须臾即落地狱。故不但人有堕狱之危，即至非非想处寿命八万四千岁，尽时亦堕地狱，不能超越琰魔罗王之范围支配。盖琰魔罗王为可堕地狱有情共业增上而成，故有情之年贯名籍，皆操其手；赏善罚恶，由其指使。五逆者：弑父、弑母、弑阿罗汉、破和合僧、出佛身血。不孝乃五逆之首。三宝，佛、法、僧，为万善之基础，究竟之依归；若事破坏，自失义利，复造重罪。君臣之法，乃国群秩序，坏亦罪重。性戒者，戒有遮戒与性戒：遮戒、唯属佛制遮止不作之戒；性戒乃本性是恶法，人人宜戒，如杀、盗、邪淫等，若已受戒者，若未受戒者，毁之皆罪。如是种种罪业，死必应堕地狱而受琰魔法王之考罚。然此诸业，有不知而犯，有明知故犯，有无意而犯；即今世未犯，而无始劫来未有不犯者。故忏悔文云：‘我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴’；亦即忏悔往业。故人人皆有业因，必招业果，人人不能脱离琰魔王法，是以重重劝修药师佛法，或于现生增长福寿，或有临终往生净土，超脱三途，是皆救脱菩萨之大悲表现也。
丁三 药叉誓护周 戊一 列药叉众 尔时、众中有十二药叉大将，俱在会坐，所谓：宫毗罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞你罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毗羯罗大将：此十二药叉大将，一一各有七千药叉，以为眷属。
有情持奉益中三周，今第三药叉誓护周。药叉神将闻佛法后，感佛恩德，发大誓愿，荷负有情，故有此周。此中有三，今初列十二神将之名。药叉翻音，非同药师翻义，亦作夜叉。常人闻夜叉之名，即同罗刹等起凶恶惊怪之想，实则不然，盖药叉非如罗刹等之专害人者。佛教说八部众，药叉位列第三；四天王八部神将，药叉居首。故无论在佛教，在护世四天王，药叉皆居次要与主要地位，护持佛法，誓愿弘深，故药叉实异常人之观念。复次、药叉即金刚力士，有天行药叉，空行药叉，地行药叉；其义翻为勇健，亦正显其是勇敢强有力者，不被一切摧伏而能摧伏一切，故诸佛菩萨往往现此金刚力士药叉身。又翻疾捷，显三种药叉，威德自在，人间天上，往来迅速，其疾如风。复次、一行禅师在大日成佛经疏中翻为秘密，其请佛说法之秘密主，即药叉主，以其勇健疾捷，一切身语意业神变莫测，故名秘密。
又楞伽经在楞伽山为药叉王说，其威力极大，故大日经中称之为秘密主。复次、鸠摩罗什亦译贵人；言其为富贵人，自富贵复能使人富贵而居人之上。古印度民间求神之易感应者，药叉居多，故其祀奉亦极普遍。又密部咒语，皆列上首鬼神名号，而其最名最灵验者，亦推药叉。盖咒语有生善灭恶之功效，其义译作遮持，即遮一切恶，持一切善，故药叉能有求必应。昔清辩菩萨著掌珍论，综龙树中论明一切空义，与护法菩萨一切唯识义互相抗衡。而二说各具坚固之理，互不摧折。乃发愿保其色身，留待慈氏证明，求观音大士，满其所愿，后得观音感应，持咒咒开岩石，有药叉神出现，引入其中，保留色身，以待慈氏，得满所愿。此亦由药叉神将之力，其所持咒，亦属药叉神咒。上来所说各节，皆所以显药叉神将，在佛法中所居地位之重要也。又此经明十二大愿，与十二药叉神将，亦极有密切关系。药师本因地中所发十二大愿，上求佛德，下利有情，果上得满本愿，乃等流为十二药叉神将，故十二大愿，即化成十二药叉神将。故十二神将，乃佛果之化身，如西方弥陀欲令法音宣布，变化众鸟；而今东方药师欲令十二大愿具体表现，化此十二神将，故约迹而论，为十二神将；约本而论，即佛等流身也。宫毗罗、义为蛟龙，即金龙身首。伐折罗、义为金刚，手执金刚杵故。迷企罗、义为金带，腰束金带故。安底罗、义为破空山。頞你罗、义为沉香。珊底罗、义为螺女形，首冠华发如螺故。因达罗、义为能天主，亦云地持。波夷罗、义为鲸鱼，长大如鲸故。摩虎罗、义为蟒龙。真达罗、义为一角，头有一角故。招杜罗、义为严帜，又云杀者。毗羯罗、义为善艺。此十二名字不必作何等解释，若依印度原音呼召，即与神咒有同等功效；故下文定经名云：‘亦名说十二神将饶益有情结愿神咒’。故十二名字，亦可当咒持诵；呼其上首名号，部众皆服，此十二神将，各有七千药叉以为眷属；既为首领，必有部众，首领既来，部众必俱。如药师有七佛，而以药师为主，余六佛为伴，七佛合作，成其曼答啰之团体；举念一佛功德，七佛齐彰焉。
戊二 感恩护法 同时举声白佛言：‘世尊！我等今者蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利，饶益安乐。随于何等村城国邑，空闲林中，若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号恭敬供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难，诸有愿求悉令满足。或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结’。
既闻佛法，蒙佛威德，获大利乐，故发愿拥护是法，流通是法。无恶趣恐怖，可有二义：一、药叉依六趣言，属杂趣摄；依五趣言，属鬼趣摄。既在恶趣，自然不免恐怖，但今由佛力加被，作利生事，虽在恶趣而不生恐怖。二、蒙佛威力，闻佛法后善根增长，从此不复更堕恶趣，故无恐怖。但此二义，犹属浅释。若作深解，药叉由闻法功德威力，摄迹归本，即成药师佛心的十二大愿，将迹上所现之相摄归果上不思议功德之本，皆是药师如来法身、等流身、利乐众生之妙用。如弥陀之化众鸟，则觅恶趣之相尚了不可得，何恐怖之有？此其所以感恩护法也。我等相率，皆同一心，此之一心，最为难得！谚云：‘二人同心，其利断金’。人不在多，若能志同道合，协力一心，即有作为。周武王说：纣有亿万人、亿万心，周虽三千人，皆同一心，故亡纣者必周。今无量药叉皆同一心，皈依三宝，荷负一切有情，其能如此，皆由佛力。义利二字，依中国向来解释，可作二种：一、以利为利，只顾个人利益，不管他人幸福者，属于不义之利。二、以义为利，至其极、所谓：杀身成仁，舍生取义，见有于他人利乐之事，虽牺牲个己之物质财产与精神生命，亦所不惜。今药叉神将，唯作义利，故饶益有情也，依佛教解义利：利他为义，自利为利；与将来安乐为义，与现世安乐为利；出世福为义，世间福为利；真谛第一义为义，俗谛转烦恼成菩提为利。今药叉即作如是义利安乐有情，此义利既通现世与未来，故若此世，若他世，若在村国城邑等此经流布处，此人读诵处，皆起卫护，令诸修法有情离苦得乐。是故此十二神将之誓愿，即成七佛本因之誓愿，为此经所宗重。悉令满足、即消灾，有疾厄求救脱，即延寿。但欲消灾延寿，须修药师佛法；又以五彩丝缕，或梵字，或华字，结成名字，皆得随愿求遂；此即药叉神将所发之愿也。
戊三 释尊赞许 尔时、世尊赞诸药叉大将言：‘善哉！善哉！大药叉将！汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，常应如是利益安乐一切有情’。 此释尊赞许药叉大将，既上求药师佛德，复下度有情众苦，难得希有，故双赞善哉。又、汝等药叉蒙佛威力，无恶趣怖，今宜念佛恩德，发起如是利益安乐一切有情之心，以恩报恩，理之当然也。
甲三 流通分 乙一 结名奉持 尔时、阿难白佛言：‘世尊！当何名此法门？我等云何奉持？’佛告阿难：此法门名说药师琉璃光如来本愿功德；亦名说十二神将饶益有情结愿神咒；亦名拔除一切业障；应如是持’！
前正说分中先示体相，总显此经之宗体；后明机益，彰此经之妙用；则此经之全体大用详矣。今此流通分，先结经名，更使见者一目了然。阿难为此经之记录结集者，故发斯问，立经总题，俾后世流通忆持不忘。佛定此经，总有三名：一名、说药师琉璃光如来本愿功德经；此从示体相中总明依正庄严之体，因果功德之相而立名。一名、说十二神将饶益有情结愿神咒经；此从明机益之妙用上立名。十二神将，荷负有情，誓愿弘深，凡有所求，必感应验；而药师自受用身甚深行处，等觉不知。末世众生，功德果海，感应为难，故就药师等流法身之十二神将，堪能饶益有情而立斯名。故今讲此经，特将药叉誓护周摄于正说分中也。一名、拔除一切业障经；此从机益，皆明消灾、延寿、拔苦、与乐之文而立名。既标经名，应如是持奉。
乙二 列众信受 时薄伽梵说是语已，诸菩萨摩诃萨，及大声闻，国王、大臣、婆罗门、居士、天龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人非人等一切大众，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行。
此一段文，为记录结集者所叙述。佛说此经已，结集者列出信受之众，有菩萨众、声闻众、人众、八部众。人众、即举国王、大臣等为代表。八部众者：天、龙、药叉、见前释。健达缚，此云寻香，寻觅香气为饮食故，乃天乐神。阿素洛、即阿修罗，此云无天德，有天福而无天德故。揭路荼、此云妙翅鸟，乃大孔雀神也。紧捺洛，此云疑人，似人而头有角，乃天歌舞之神。莫呼洛伽、乃腹行神，即蛇蛙等之变化能神者。菩萨、声闻、国王等，为人；天龙等，为非人。如是人非人等，闻释迦佛说是经已，皆大欢喜，信受奉行。盖闻法后，须生欢喜，方堪信受；若不欢喜，即难信受，而失说法之用。欢喜心油然而生，说法时间虽久，忘其疲倦而正信受。既信受已，则堪实践奉行，方能证果。此显佛法重于行证，而行证须先信受，信受方能行证；故说经之后，皆曰信受奉行，明佛法非徒口空言所能奏效也。经已讲完，谨祝愿云：闻药师法，信受奉行，消灾、免难、增福、延寿！风调、雨顺，国泰、民安，饶益有情，同成正觉！（竺摩记）（佛学书局流通本）