「六根清净」这个名词，在一般不知佛法的人看来，是非常浮浅的，甚至非常好笑的，他们以为凡是出了家的僧尼，一定就是六根清净的人，如果稍微沾染了一点男女钱财的习气，一些专门喜欢扬恶隐善的新闻记者，便会在报纸上大做他们「六根不净」的渲染文章！至于什么叫做六根，甚么又叫做六根清净？他们是不想知道的。
其实，六根清净四个字中，大有道理。
六根，是指生理学的全部范围。佛教看宇宙人生，既不是唯物论者，也不是唯心论者，更不是唯神论者，乃是主张因缘和合的缘生论者。所以，佛教看一个人的构成，是从心理、生理、物理的三方面来分析的。上面所说的六根是属于生理学，加上六尘的物理学及六识的心理学，便是一个人的总和，六根、六尘、六识的形成，称为十八界，十八界的三大类，构成鼎足之势，相互为用，缺了一类，其他的二类也就不能存在。因为六尘与六识要靠六根的媒介才有作用，六尘与六根要靠六识的判别才有价值，六根与六识要有六尘的反映才有功效。
如果要下一个比喻，那么，六根是镜子，六尘是被镜子所照的影像，六识是判别镜中所照影像的人。
甚么是六根六尘和六识呢？说起来，很简单，那就是：眼、耳、鼻、舌、身、意，从心理与物理的媒介功能上说，称为六根，也就是生理学上的神经官能。眼有视神经，耳有听神经，鼻有嗅神经，舌有味神经，身有感触神经，意有脑神经，这些都是心与物的媒介的根本，所以称为六根。
从六根所接触的对象上说，称为六尘，也就是物理学上的各类物质。眼根所见的颜色和形色，耳根所听的声音，鼻根所嗅的香臭，舌根所□的味道，身根所触的粗细冷热与湿滑等，意根思想的称为「法」──那是指的极微极远的无从捉摸的东西，这些就被称为六尘。
从六根接触六尘而产生的判别力与记忆力上说，称为六识。如果没有六识而仅有六根与六尘，那就不是活人而是死尸，所以，六识是六根的操纵者，六根是六识用来接触六尘的工具。