《冈波巴大师全集》的藏文本共有四部，现有的全套著述共有2600多个藏页，书中没有作明确的内容归类；汉译本中，根据内容的不同，可以划分成五大主题，全部藏本汉译后，应有相当于10部400～500页的大型书籍的量，再加上详细的注释之后，其量还会大幅攀升。具体内容简介如下：
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第一 |
《吉祥荟萃》 | [1] 《吉祥荟萃》 |
| [2] 《倾城佳丽》 | ||
| 《珍珠之鬘》 | [1] 《功德荟萃》 | |
| [2] 《珍珠之鬟》 | ||
| [3] 《法会大开示》 |
这五部分是冈波巴大师在法会上，对于大众的普遍训道开示，内容涉及显密教法的各个部分，但主要还是阐释大师独特的“道次第”思想，以及甚深的般若正见——“大印”教法。此中不以引用经论为主，处处都是尊者内心的证悟和体验的精华与结晶、表白与流露，因为是由弟子记录后流传后世的，所以更增加了现场的亲切感，相信每个喜欢参究“西来之意”，以及喜欢参究“般若心法”的东土佛子，都会爱不释手，受益匪浅。
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第二 |
《师徒论道录》 | [1]《答帕莫竹巴问》 |
| [2]《答第一世噶玛巴问》 | ||
| [3]《答包绒巴问》 | ||
| [4]《答公醋问》 | ||
| [5]《答瑜伽士曲佣问》 |
帕莫竹巴——“帕竹噶举”创始人，由此又衍生出“直贡法王”所属的“直贡噶举”、“竹巴噶举”等八个支派；宗喀巴大师从青海入藏后很长时间内，都是在学习“帕竹噶举”和“直贡噶举”教法，所以，宗喀巴大师本人，也一直得力于这两大噶举教派的支持，其中，甚至包括宗大师所创建的第一座寺庙——甘丹寺的地盘，也是当时的“帕竹噶举”施予的。
第一世噶mb——即第一世“DB法王”都松钦巴，“噶玛噶举”创始人；
包绒巴——“包绒噶举”的创始人，现法脉衰微；
公醋——冈波巴大师的俗家亲侄，曾法席昌盛，现无嗣承；
瑜伽士曲佣——公认的证悟最深、最得冈师欣赏的心印弟子，可惜事业不大。
善答还需善问。大师级的弟子请教大师级的师父，内容涉及甚深瑜伽内证的方方面面，包括“那若六法”中有关气、脉、明点修持的难点与瓶颈，以及有关“大印”深见的抉择与印证。
一场如临目前的精彩对谈、目不暇给的法的飨宴……
第三：《冈波巴大师赐教的大印及那若六法》
此辑大多都是冈波巴大师对于入室弟子们，就“大印”与“那若六法”所作的系统而精辟的开示，由主要门人弟子记录汇编而成，弥足珍贵。借此，我们可以有幸一睹“达波嘎举”的真实风采，尝一尝原汁原味的有关“大印”的开示。其中大谈心性颇类禅宗，完全迥异于其他密教太重事项之偏。
第四：《散金碎玉——大师教法拾遗》
金刚虽碎，尚值万贯。经云“于一毫端见十方刹”，在大师只言片语的教诲之中，有心人却能窥到大师教法的全体风貌以及其中的关键与扼要……
第五：《解脱庄严论》
《解脱庄严论》是冈波巴大师糅合由阿底峡尊者传来的“噶当经教传承”，以及由帝洛巴、那若巴、玛尔巴到米拉日巴尊者之间的“噶举耳传教授”这两大法脉于一炉而作的西藏历史上第一部大乘显教菩提道次第书，书中到处都透露着大师独到的见解与特色。张澄基先生曾有翻译，因张先生身在美国，一些疑问未能澄清，且有一些不容忽视的错译、误译现象，待请教喇嘛上师，澄清问题以后，准备重译。
另外，《冈波巴大师全集》的藏文本，也在整理其他抄本，据说大约会多出一藏部左右，待确认之后，多出部分，会相继补译。