凡对整个佛法有所体认的学者，大都知道大乘佛法的内容，有不同的三大思想体系的存在，就是古德的判教，也多有见于此的。近代我国的佛学者，其真能对全体佛法作有条理而系统的研究，发见大乘佛法三大思想理路，以自成统贯而不落前人窠臼者，在出家的大德中，不得不推尊我太虚大师及印顺导师。虚公大师从马鸣、龙树、无着的一贯大乘中，将大乘佛法，分为法性空慧、法相唯识、法界圆觉的三大宗，而以真常先于性空的流出。印公导师从印度佛教思想流变的进展中，将大乘佛法，分为性空唯名、虚妄唯识、真常唯心的三大系，而以性空先于真常的流出。二公对于性空、真常两大思想的谁先谁后，虽曾一度展开争辩，但三大思想体系的划分，大体是相同的。这与一分学者，否认印度佛教思想家系中，有真常唯心的一系存在，其看法是很不同的。他们站在妄识变现的立场上，观察真常唯心的显现诸法说，觉到与自己的思想、理论不合，于是就竭力的破斥他，说他是违背正法的妄谈。其实，说真常唯心的思想，多少有点离开佛法的正宗，不是佛法正常的开展，固然是可以的；但若根本否认这一思想的存在，那实在是不可以的。因为，从印度佛法思潮的递进方面去看，大乘佛法中，实有这一思想体系存在的。假使有人觉得他不合佛法的正义，尽可以起而抉择他、洗炼他、净化他，使他成为纯正的佛法，这才是道理，如果说是否认，老实不客气的说，那是否认不了的。解深密经，是唯识学的根本所依，在三大思想体系中，属于唯识的一系。
我国历来的佛学者，大都认为经是佛陀亲口所说的，不论是小乘经，抑或是大乘经。因从这立场出发以观察一切佛法，所以就把一切佛法局限在如来住世的短短数十年的一时代中。如天台学者开口就说：“我天台智者大师，以五时八教判释如来东流一代时教”。判教，本为对整个佛法的浅深先后之辨别，因为佛陀说法，是有先后次第、浅深差别的。学者对于时教，如不予以抉择判别释，将对汪洋似的法海，不特无以知其涯畔，亦将先后失序，浅深倒置。所以我国大乘各派中，属于教下的数家，虽各自的观点有所不同，但以判教的方式，判释如来一代时教，彼此却是一样重视的。不过，我们应当知道：以时教判释一切佛法，并非我国古德所特创，印度空有二宗的学者，早就有了判教之谈了。如空宗所判的方便*轮与究竟*轮；有宗所判的先有、次空、后中道的三时。若再进一步的探讨，不特空有二宗的学者，有判教之说，在后期大乘经典，就屡多判教之谈了。“印度之佛教”一书中，举几部最明显的经说：“如法华之初令除粪，次教理家（指般若经等），后则付业。陀罗尼自在王经、金光明经、千钵经，并判先说有，次说空，后说真常（中）之三教。理趣经举三藏、般若、陀罗尼”。此外，如解深密经所判的我空法有、我法皆空、中道了义的三教。从佛法的思潮递进方面去看，法华等经的判教，是佛法的主流，解深密经的判教，是佛法的旁流。虽说是旁流，但在佛法思想的演进中，却占有极重要的一席。虚妄唯识系的判教说，完全是依于解深密经而论说的。关于他的三时教说，在经的无自性相品中，有极详尽的说明。就解深密经而言解深密经，初二时教是有上有容的不了义教，第三时教是无上无容的真了义教。欲知虚妄唯识者的判教如何，应从本经中去研求。因此，在解释三时教时，特别给予较详细的说明。
三性三无性，也是唯识学上的一个重要课题，讲唯识学而不明三性三无性义，那是不可思议的。以唯识而言唯识，我们知道，唯识是非空非有的中道了义教，但所谓中道，就是在三性上显的。其实，不但中道烛以三性显的，就是空有、真妄、染净、迷悟、生死流转、涅槃还灭，无一不可由三性来说明的。所以唯识学者，对于三性三性无性义，特别重视。空有二宗的诤论焦点，也就在对三性的不同说明。唯识者从世俗谛出发，认为假名安立的遍计执，固可说是空无自性的，但那自相安立的依他起，却不能说他空无而是实有的。至在依他起上，离去虚妄的遍计执，所显示出来的圆成实，也是因空所显而不空的。中观者不承认这种说法，以为世俗谛中一切唯假名，遍计执固无自性，依他起同样是无自性，胜义谛中毕竟皆空，没有一法是实有而不空的，根本否认有什么实有的圆成实的存在。于是双方就展开了激烈的论战，一直到今天，两个阵营中的学者，似还没有妥协的余地。其实，空有是一贯的，问题在于我们怎样去融贯他，融贯得当，自然是即空即有的空有无碍，融贯不当，虽自以为是空有圆融了，而实是空有隔别不融的。这在本经的一切法相品、无自性相品中，有详尽的说明，学者可于此中求之。
此外，在无自性相品中，还谈到三乘一究竟的问题；在心意识相品中，广谈心意识的问题；分别瑜伽品中，建立唯心无境之理；如来成所作事品中，详究如来镜智是否常住等。总之，举凡唯识学上的要义，在本经中，差不多都涉及到。唯识所依的六经，就译来我国者说，华严、楞伽、密严，是否不共他宗所依，是值得研究的一个问题，唯有此解深密经，我敢说，是唯识学不共他宗所依的一部最根本最重要的经典，也是爱好唯识者所必须研究的唯一宝典。学唯识学，不究解深密经，不能得唯识的心要。
最后，一谈本书的写成：民国三十年的夏天，笔者奉虚大师命，随侍印顺法师去合江法王寺创办法王学院。印公为该院最高导师，兼为研究班授解深密经一课，讲完无自性相品为止。时我虽担任教务一职，但亦每日恭听讲授。随职随记，得其大意而已。三十七年，笔者在上海玉佛寺，为该院的高级班讲解深密经，乃将过去所记的笔记，当时所搜集的材料，加以整理，就成了本书。现在我要说明的，就是本书前四品的主要思想，都得自于印公，实不敢据为己所独创。后面的几品，则是由笔者一手所完成的。
四十一年春，来自由宝岛，偶与慈航法师谈及此书，当蒙出资倡议助印，继蒙李子宽、陈慧复二居士赞成，全力支持，始寄港付印。至于校印工作，则请老友续明法师负责。财施力施，功德无量！统此志谢！
民国四十二年一月十六日序于新竹灵隐寺