【１】蕴处界三科
三科，指的是五蕴、十二处、十八界，这是佛经上对于宇宙万有，广略不同的分类方法。五蕴是色、受、想、行、识；十二处是眼、耳、鼻、舌、身、意六根，色、声、香、味、触、法六尘；十八界即是六根、六尘之外，再加上眼、耳、鼻、舌、身、意六识。《大乘广五蕴论》于诠释色、受、想、行、识后，在论文后段总结五蕴曰：
‘问。蕴为何义。答。积聚是蕴义，谓世间相续品类趣处差别色等总略摄故。如世尊说，比丘，所有色，若过去，若未来，若现在，若内若外，若粗若细，若胜若劣，若近若远，如是总摄，为一色蕴。’
论文谓‘积聚是蕴义’，是说有为法和合积聚，即是蕴义。世间者，别于出世间。相续者，诸法刹那生灭，前灭后生，相续不断。品类即种类，趣者五趣，处者指人天等处；五趣杂居一处，各有差别。‘总略摄’者，谓一切差别色，总于一色蕴略摄之。在这段总结文字之后，复有大段文字，说到十二处和十八界。《广论》曰：
‘复有十二处，谓眼处、色处，耳处、声处，鼻处、香处，舌处、味处，身处、触处，意处、法处。眼等五处，及色、声、香、味处，如前已释。触处谓诸大种及一分触。意处即是识蕴，法处谓受、想、行蕴，并无表色。及诸无为。......’
此段文字的‘并无表色’之后，有一段叙述‘无为法’的文字，此处暂从略，留在本章第三节中诠释。于此先释本段文字。十二处中的眼、耳、鼻、舌、身，色、声、香、味九处，在色蕴中已予诠释；触有能触所触二种，能触复分二，一者心所法，二者身根；所触亦分二，一者能造四大种，二者所造触。《广论》继曰：
‘问。处为何义。答。诸识生长门是处义。
复有十八界，谓眼界、色界、眼识界，耳界、声界、耳识界，鼻界、香界、鼻识界，舌界、味界、舌识界，身界、触界、身识界，意界、法界、意识界。眼等诸界，及色等诸界，如处中说。六识界者，谓依眼等根，缘色等境，了别为性。意界者，即彼无间灭等，为显第六识依止，及广建立十八界故。如是色蕴即十处十界，及法处法界一分，识蕴即意处，及七心界。余三蕴，及色蕴一分，并诸无为，即法处法界。’
此段论文，明十八界，‘眼等诸界’，等者包括耳、鼻、舌、身四法；‘及色等诸界’，等者包括声、香、味、触、法五法。而意界则另为别说。文中‘即彼无间灭等’的彼字，指上文意识而言；无间灭者，谓现意识落谢过去，无间又生现意识，是知无间灭意，为现识能生之因。文中‘等’字，指七、八识；此二识，为第六识之所依，故以七、八二识及无间灭意，总束为意界。《广论》曰：
‘问。界为何义，答。任持无作用性自相是界义。
问。以何义故说蕴界处等。答。对治三种我执故，所谓一性我执，受者我执，作者我执，如其次第。’
一性我执者，是即蕴计我之执，以识蕴为我之自体，于余四蕴为我所。受者我执、作者我执，是离蕴计我之执，谓离五蕴外别有我体，能受报能作业，此亦是外道之执。
‘复次：此十八界，几有色？谓十界一少分，即色蕴自性。几无色？即所余界。
几有见？谓一色界。几无见，谓所余界。
几有对？谓十色界，若彼于此，有所碍故。几无对，谓所余界。
几有漏？谓十五界，及后三分少分。谓于是处烦恼起故，现所行处故。几无漏，谓后三分少分。
几欲界系？谓一切。几色界系，谓十四，除香味及鼻舌识。几无色界系，谓后三。几不系，谓即彼无漏。
几蕴所摄？谓除无为。几取蕴所摄，谓有漏。
几善？几不善？几无记？谓十通三性，七心界；色、声，及法界一分，八无记性。
几是内，谓十二，除色、声、香、味、触、及法界。几是外，谓所余六。几有缘？，谓七心界，及法界少分心所法性。几无缘？谓余十及法界少分。
几有分别？谓意识界、意界、及法界少分。
几有执受？谓五内界，及四界少分；谓色、香、味、触。几非执受？谓余九，及四少分。
几同分？谓五内有色界，与彼自识等境界故。几彼同分？谓彼自识空时，与自类等故。’
如论文所述，十八界的分别，有十二门，分述如下：
一、有色无色门：五根、五境，及法界的一部分为有色，余无色。
二、有见无见门：色界中显色、形色、表色三十二种为有见，余十七界为无见。
三、有对无对门：五根、五境为有对，余无对。
四、有漏无漏门：五根、五境、五识为有漏，意界、法界、意识界通有无漏。
五、系不系门：系者为贪等烦恼系缚也。欲界系者十八，色界系者十四，除香、味境及鼻、舌识，无色界系者，为意界、法界、意识界。以离色欲方得生无色界，故无色界中无五根、五境及五识。后三界通有无漏，为无色界系。
六、取蕴分别门：除无为法外，均为蕴摄。十五界及后三少分为五取蕴摄。
七、三性分别门：七心界是六识界及意界，加上色、声、及法界一部分，此十界通三性（法界摄五十一心所，除善、烦恼外，遍行、别境、不定心所通于三性。）眼等五根及香、味、触为无记。
八、 内外分别门：色、声、香、味、触及法界是外，余十二是内。
九、有缘无缘分别门：缘者缘虑，六识界、意界，及法界所摄的一部分相应心所，有缘虑作用，十色界及法界所摄的一部分不相应心所，无缘虑作用。
十、有无分别门：意识界、意界及法界一部分有分别，余无分别。
十一、执受非执受分别门：眼、耳、鼻、舌、身五根，及色、香、味、触一部分（指扶根尘）为有执受，余无执受。
十二、同分彼同分分别门。根境识三者相交涉名为分，大家彼此同有此分，故名同分。三者阙一，名彼同分。五内有色界即五根，五根各生自识，五根五识各缘所缘境。彼同分者，根境识三法行相相同，名同分，三法中若阙自识（自识空时），则行相不同，故不同分；而种类则与彼同，故名彼同分。
【２】建立三科的意义
五蕴、十二处、十八界，是对世间万法分类的名目。五蕴的蕴，梵语skandha，音译塞建陀，蕴旧译为阴，阴者贼害义，谓此五者者能贼害我人的性德。新译为蕴，蕴是积聚的意思，谓由许多事物聚集一起，就称为一蕴、一聚。《俱舍论》卷一载，蕴有三义，一者和合聚义，谓由种种事物聚集在一起。二者肩义，谓肩能荷担众物之故。三者分类义，谓依性质不同而分类。
十二处的处，梵语ayatana，旧译为入，入是‘涉入’的意思，谓根能涉尘，尘能入根，根尘互相涉入而生识。新译为处，处是养育、生长的意思，是‘托以生识’之处。十二处有内外之分，内六处是眼、耳、鼻、舌、身、意六根，外六处是色、声、香、味、触、法六尘。十二处是自五蕴开展而来的，这是将受、想、行、识四蕴归纳为一个半——六根中的意根，和六尘中法尘的一半（另一半属色法），属于心法；而将色蕴开展为十个半——即六根中眼、耳、鼻、舌、身五根，和六尘中色、声、香、味、触五尘，再加法尘的一半，合称十二处。
十八界的界，梵语astadasadhatavah，是种类、种族的意思，又为界限的意思，根尘互相涉入而生识，这眼、耳、鼻、舌、身、意六根，色、声、香、味、触、法六尘，及眼、耳、鼻、舌、身、意六识，合称十八界。界者界限，即根、尘、识三者，各有其界限，不相混淆。如眼根有眼根之界，耳根有耳根之界，乃至眼识有眼识之界，耳识有耳识之界。如眼识仅能缘色，不能越色而缘声，耳识仅能缘声，不能越声而缘香等是。蕴、处、界三科的名称，是唐代译经的新译，唐以前译经，旧译为阴、界、入。、在汉译的《阿含经》中，用的全是五阴、十二入、十八界的名称，到唐代译经才用蕴、处、界的译名。汉代安世高译有《阴持入经》，这是最早介绍三科的经典。安世高还译了一本《阿毗昙五法行经》，这是世友《品类足论》中的初品，这也是和三科有关的著作。这以后，阿毗昙一系学说中，介绍三科文的文字很多，特别是在世亲的《俱舍论》中，诠释的更为详细。
佛陀说法，为什么在五蕴之后复说十二处、十八界呢？世亲菩萨在《俱舍论》卷一中解说有三种情况，系依于有情之愚、根、乐等，而分别说蕴、处、界三科。一者依愚之差别而说，有情有愚于心法者，有愚于色法者，有愚于色、心二法者。即对愚于心法者说五蕴——于色法只说色蕴，于心法则开为受、想、行、识四蕴；对愚于色法者说十二处，即合心法为一个半，开色法为十个半。对愚于色心二法者说十八界，即色法仍为十个半，而开心法为七个半。二者依根之利钝而说。即为利根者说五蕴，为中根者说十二处，为钝根者说十八界。三者依乐欲之不同而说。为欲略者说五蕴，为欲中者说十二处，为欲广者说十八界。由三科而观察器世间及有情世间，依愚夫迷悟的不同情况，以破我执之谬，立无我之理。
【３】六种无为
本章第一节，在‘十二处’之后说到‘无为法’，《广论》曰：
‘及诸无为。云何无为，谓虚空无为，非择灭无为，择灭无为，及真如等。虚空者，谓容受诸色。非择灭者，谓若灭非离系。
云何非离系，谓离烦恼对治诸蕴毕竟不生。
云何择灭，谓若灭是离系。
云何离系，谓烦恼对治诸蕴毕竟不生。
云何真如，谓诸法法性无我性。’
无为，指的是无为法。为者因缘造作之义，无因缘造作之法，曰无为法。换句话说，无生住异灭四相之法，曰无为法。事实上，无为就是真理的异名，如涅槃、实相、无相、法界，与无为同一意义。《广论》文字简略，并没有把无为法说完全，如《百法明门论》曰：‘无为法者，略有六种：一、虚空无为。二、择灭无为。三、非择灭无为。四、不动灭无为。五、想受灭无为，六、真如无为。’
蕴、处、界诸法，全是因缘造作的有为法，也全是生灭变异之法。生灭变异之法是诸法的现象，而不生不灭的无为法就是诸法的法性。事实上，无为法是有为法的体性，有为法即无为法的相用，并不是离开有为别有无为，也不是离开无为别有有为。这法性与法相之间，如波与水，非一非异。
无为法六种，即前面所说的虚空无为，择灭无为，非择灭无为，不动无为，想受灭无为，真如无为。真如是圣者所证的绝待真理，绝待真理是‘语言道断、心行处灭’的境界，真如一名亦是假立，何得说名为六？其实这只是一种方便施设，藉著语言文字，显示其相而已。于此略释六种无为如下：
一、虚空无为：虚空非色非心，离诸质碍执著，其性无碍，无可造作，故名无为。
二、择灭无为：择为拣择，是能择之智；灭谓断灭，是所灭的烦恼。谓由无漏智，拣择诸惑，永灭烦恼所显的真理。此真理不生不灭，故曰无为。这是二乘行者析色明空所证的涅槃。
三、非择灭无为：非择灭无为者，非由择力灭惑所得，但本性清净，及缘阙所显。《俱舍论》曰：‘永碍当生，得非择灭。’当生者，指当来所生之法，诸法缘会则生，缘阙不生。谓能永碍未来生之法生起，所得之灭异于择灭无为，以得不由人择，但由缘阙之故，名曰非择灭无为。
四、不动灭无为：行者修持禅定，入第四禅，永离三灾——火烧初禅，水淹二禅，风刮三禅。出离八难——忧、苦、喜、乐、寻、伺、出、入等全息，无喜乐动摇身心，以此所显真理，故云不动无为。
五、 想受灭无为：入灭尽定，想受心所不起现行，有似入于涅槃，亦名无为。
六、真如无为：六无为中，前五种是或约其因来说，或约其用来说，只是方便譬喻，唯有真如无为才是诸法的法性、实相。《成唯识论》卷二曰：‘真谓真实，显非虚妄。如谓如常，表无变易。谓此真实于一切法，常如其性，故曰真如。’真如是诸法的实性，诸法如波，此姓如水，诸法如绳，此性如麻，诸法离此则无自体；此离诸法则无自相，故此实性与诸法不一不异。