一、经文据《丽藏》玄奘译本，与世所习诵者异。
二、科依义疑(录者案——扶桑体具实观述：《药师琉璃光如来本愿功德经义疏》三卷，收入日本《大正藏》中)。
三、问多增文，答据《义疏》，间或遗略，时有润文；而观解表法多缺。
四、唯引他文而略疏释，引文止处，未易见者，旁加(文)字。
五、若属私意，则上冠‘案’字，以区别也。
六、案经谓此文唐疏者，指《药师本愿经疏》(隋本)，唐慧观撰。系敦煌石室所发现之佚本。
七、经文句读，据大师写本。(目次中甲一之‘一’，即内文子目之‘初’字。)
八、析疑文标点，乃后人所加。