第一节 度最後有缘
如是於圣教有情，作广大希有事业已，观察化缘将尽，为度最後有缘（如释尊临涅盘时，度须跋陀罗、梵志及乾达婆王），及结未来之因缘，并最後谒辞释迦如来圣像等故，於己亥年秋，假徒众请往朵壠温泉沐浴为缘，遂自具善寺赴拉萨，广陈供养於释迦如来圣像前。发净愿已，次往温泉。大师此行，非为沐浴，故至温泉仅浴其足而已。为朵壠一切聚会有情，宣演法义，受彼处之承事供养，使植无尽善根，培修殊胜福业。事毕赴集米寺，途受朵壠之请，时五彩霞光树现於大师住处。次至集米寺，为众讲经之时，又有五彩霞光，自空直立，树法场中，宛如彩柱。又见五色祥云，从空直下，降於具善寺。
大师住集米寺为二千余善知识，宣演菩提道次、拏热六法、入中论及桑瓦都巴等甚深法时，受一切僧众之总供养，大师之特别供事，皆出自内隖官家者也。大师往昔，凡关於教授之法类，多不传於在俗（仅为讲经），菩提道次尤为禁止。今见特别殊缘故（令结未来缘），无论道俗多少，先後到者，皆为讲授而不隐藏，摄受一切。时诸众生，莫不踊跃欢喜，深生希有之心。
时集米寺，修密法殿建设圆满，请大师开光，大地震动，智慧圣众入诸圣像，为末代之最胜福田也。
再者大师平时讲经，除时轮金刚外，诸余经论悉无中间结座之规。（时轮有时仅讲数品之事，余者必待圆满有结座耳。）尔时大师讲诸经时，忽遥视具善寺处。讲至桑都第九品，结座曰：「吾当速还具善寺也。」时诸施主及听法徒众，殷勤请云：「祈慈悲更住一月或半月，使经圆满。如此亦不能听许者，则下至诵而不讲，亦请圆座。」大师谓曰：「今须急返寺讲菩提道次及桑都经等，欲乐我昨日已结讫。」遂辞其请。（经不圆座，是结佛法久住之缘也。）次返拉萨，更谒释迦圣像，供养发愿。又受大慈法王释迦智之请，赴色惹寺。因藏中真净之密法久时隐没，大师虽极力宏传，造成多数持法法将，然犹乏宏持密法之根本基础。大师感而告於大慈法王。彼依大师之教，建立讲闻密法之清净道场。大师又为结殊胜因缘故，师徒於彼处作长净事，并讲桑都及胜乐根本经各一座。尔时大师问众弟子曰：「有能受持此经之讲轨者否？」一问再问。久之，无敢起而应之者。时大师之高足，厥号慧师子者（根敦主之师），起座顶礼，曰：「此事我当受教也。」大师极生欢喜，谓传法得人。随将桑都之金像，并桑都四部释，及诸修法具等授慧师子，又为灌受持讲法之顶。慧师子所建密宗道场，即今藏中之举梅跋是也。次复至拉萨供养释迦如来。次至大乐顶，谓扎迦综主曰：「当於大乐顶建立依於戒律为基础之桑都等密法道场。」尔时供施具足，彼亦深生信乐，顶戴如教，并请大师预作开光等事。大师亦云：「今若不为者，後无时矣！」遂竭力为之。次赴扎迦，又受主亦之请。总之大师自集米寺动锡，乃至未抵具善寺时，任何处之请，凡无二次者皆受其请。
大师住主亦之夕，众皆闻楗椎之声甚响，众皆观之，未知其所也。此乃为大师将入涅盘，大众招聚之声，决非人间之楗椎也明矣！
次由主亦还具善寺，先往广严殿，谓众曰：「当设供养，此处亦不能数来矣！」遂於如来像前及桑都曼陀罗等前，广申供养，启白发愿。次因施主所请，赴大殿受供。虽无请者，大师为令正法久住，现时究竟皆圆满故，广说极乐愿文。
第二节 示现寂灭
次归住室坐定曰：「今至自己之处所，心安矣！」是日中夜，稍示病相。次日，一切僧众急请住世诵经等。下午，大师仅谓一切身分稍觉疼痛，复示现不明了之相。至第三夜，大师嘱宝幢仁波卿云：「汝当与喇嘛迦擧巴，（迦擧巴是受持十部经论者，指达玛仁勤也。达玛仁勤，初以十部立宗，故得此名。）善住持此寺。」云云。
次日，持律名称幢及大阿闍黎达玛仁勤，在大师前时，大阿闍黎请云：「愿悲愍我等，赐所教授。」因住持教法等语，前已嘱讫，未重嘱示。遂手取其帽，掷大阿闍黎怀中；又授一衣（其义即灌法王之顶）。曰：「当了知此义，好修菩提起心也。」是为最後之教授。大师於示现重恙之期间，仍每日修四座瑜伽等，行持曾未间缺。
次於二十四後夜，广修薄伽梵胜乐轮之内供法。尔时复有种种希有境界，侍大师者，皆未敢请问而止矣。次於二十五，日光出时，三种空次第摄入一切空性，现证光明法身真胜义谛，此三界大法王，人天大导师，遂示寂涅盘。呜呼恸哉！
大师前在示病之时，身相稍现瘦劣，至粗息内摄已，身相忽然圆满，一切身分，成光明体，宛如十二岁之童子相。其光明则有见为红黄色者，亦有见为黄白色者，复有见为真金色等。如文殊童子，外御隐珍之服，内住等持之定。时诸徒众忽失依怙，忧恼缠缚，痛哭莫名；然覩如是希有妙相，不觉而生欢喜赞叹也。大师圆寂住光明定已，时虚空澄净，离诸尘云，经四十九日亦无微风飘抑，僧众供诸酥灯，徧诸庭院，一切灯光无有倾动息灭之事。又於夜半静时，天空之中时有微妙天乐，或日间亦有闻者。又於尔时，诸天散花，其花色白如「固目答」花，花色光耀如真珠，自空降时，宛如月坠。复有青黄红等种种色者，量如大人掌许，纷飞如雨降。又有纯白霞光，上竪如幡幢；寺之左右并前方，皆有五色霞光，充满一切。
大师圆寂已，其徒众数百，皆入大曼陀罗，以内、外、秘密三种供养，供养大师；发广大愿，愿一切生中，值遇大师，慧眼观照，慈悲摄受，受甘露法，依教修行，速疾证得金刚圣位。又复於前後藏中，一切僧众道场，放茶施供，广培胜福。
尔时克主杰谓众曰：「近来末代诸出家众，若遇亲教阿闍黎等圆寂之时，遂即废舍闻思修一切善行，留发过量，变服丧服，收检佛殿中幡帐等诸供养具，同於俗人。然今我等，应顺大师本意，远舍世俗规则。当念诸行，其相皆尔（皆无常相），於可厌患相，而作意之。（谓作意思惟：积聚皆销散，崇高必堕落，合会终别离，有命咸归死。无常之事，人人具之，当深生怖畏厌患，一意欣求出离也。）仍当精进二种法轮（教证）之事，圆满大师之志。」（谓大师意在勉众修行耳。克主杰具正法慧眼及知佛法之扼要，慈诲後学，脱离愚法。今我中国僧众，似亦深染此恶习，诸住持正法上人，愿有所取焉。）
第三节 达玛仁勤继承法位
前大师在时，实已为大阿闍黎灌法王顶，令住持大师之教轨。今持律名称幢等诸上首弟子，重复殷勤劝请，请昇大师法王宝座，为一切有情之依怙，圣教之主持者，自在王位，如大转轮王也。
大师在世时，曾令工师铸银身毘卢遮那像（即胎藏大日如来）。尔时造竟，广为开光等次第。时诸余众，不知大师立此银像之意。克主杰谓众云：「大师前立三大曼陀罗之意者，是见无上瑜伽，及瑜伽部教法，衰退至极，依此因缘或稍能增长。但现在若不宏此行部（密宗四部之一，即胎藏部），恐将隐没而无余，必须兴此部之宏传。此乃大师之本意也。」众疑遂释。
第四节 供养遗身
次议大师之遗身，有欲火化者，有欲留肉身者。时诸上首，念留肉身，於如来正法有大利益，并且大师前在其壠时，本尊亦曾授记令留肉身，遂以留肉身为当也。
次为保存大师真身建立塔故，一切信施，供生银九百余两，建大银塔。复以无量宝石庄严，安置大师肉身於内，法衣善覆，面向东北。（是法传满蒙支那等处之相。）
此由止公等处施主信施，复为大师建镀金释迦佛像，较大招寺像高一肘许，并新修殿堂，安置圣像。庚子年中，乃至开光等事，一切圆满。当请大师肉身往新殿时，空中霞光徧照，天雨宝华。复於十月，具善寺诸金刚阿闍黎及数百僧众，修桑都、胜乐、阎曼德迦、欢喜金刚、时轮、大轮（金刚手法）、无量寿及徧照（金刚大日如来）等多种密法，广行供养。修之初後二日，俱降天花，色如真珠，花分六瓣，具足花梗。二十五日，正为纪念节日（大师圆寂於十月二十五日），更雨天花，形大如掌，花亦六出，徧地如雪，其中亦有红黄蓝金等诸余色者（白者最多）。即於是日，内隖官虚空贤叔侄等，迎请大慈法王至惹喀扎，共无量僧众，广修纪念供养，启请发愿，亦有天花雨下也。自是已往，乃至现在西藏、蒙古，以及中国五台等处，不分宗派缁素，於每年十月二十五日，皆为燃酥灯等纪念供养。（若康地等处，初因灯盏不敷所供，遂刻圆根（即蔓菁也），竪炷灌酥，以补不足。康地汉人呼为圆根灯会，即因此也。）此亦大师慈悲事业之所致也。
第五节 再现化身
如是大师化缘示尽，现证光明法身，中有初起幻体，成就圆满受用，徧尽虚空，随缘垂济，实非小智能知。今但就吾等耳目所及者，如大师为克主杰五次现身，今略录少分，培植自他之信根云尔。
一次，克主杰为众讲经，见诸有情驰逐恶法，不肯至诚学习正教。或有初发心者，然以自乏择法眼故；又复薄福，随逐恶友，亲恶知识，虽有好心，徒招苦果。观察之余，不胜悲感。回室，心中念云：「此诸有情，宿无福德，致使现世不逢具德大善知识为所依止。诸有为法，呈无常相，而作常执。诸法本性，示现空相，而反计实。一切受用，现无真实，而反励力拼命追求。现世名望，示谷响相，而反执为究竟，当得所得之果。总之，我今於喇嘛之显密二教，一切善说，及金刚持秘密扼要之处，全离微细错误之点。虽复昼夜励力，为人宣说，然因彼等不具夙根，不能领受如是甘露微妙法味，而反亲近极愚至痴、乏学无知、迷於取舍、等同畜生诸恶知识，听闻种种自赞毁他、虚妄、绮丽、王贼街衢邪命等语，所有行为，等同犬豕。若有通达佛法之心藏者，应生何等之悲哀与感触耶！」又复观察：「此诸有情，不念无常，而为现世利养恭敬之所迷乱，转趋邪道者，永沉轮回，悲夫！」起是念时，心深生厌离，泪如雨下。尔时设胜妙供，祈祷於大师。时宗喀巴大师，乘六牙智象，白如雪山；以纯金网，覆严象身；复以无量金铃庄严；鞍亦宝饰，自空而至。慰云：「儿！（是自口生之子，故呼为儿或爱子也。）心莫忧苦。忆念师长者，能净往昔所造极重恶业，复能集聚福德资粮。我等师徒之事业，根本善妙，汝与瑜伽自在迷拉（迷拉是藏中一位即身成佛之祖师，彼昔曾忆师恩，涕泣而歌，其师现身安慰，与今克主杰事同也。）忆念师长之事相同。今後犹当精进，广宏我之教法。」云云。
复於一时，克主杰於显密二教甚深扼要难处，生疑莫解。忽忆大师，念云：「我师若住世者，今当请问。然今师尊不住，又无究竟能决断之根据，虽愿我师住世，今我师住何处耶？」如是愈念愈悲，献上妙供，涕泣启白。尔时大师坐於无量摩尼真珠严饰纯金座上，有多天子擎持而至。广释诸疑，复示种种教授教诫而去。
复於一时，捧读参阅显密两部道次第等一切着述，见大师之善说，总明一切显密经论之要义，特倡随一补特伽罗，直至成佛必行之道轨。首自依善知识起，终至圆满次第证金刚位，於中一切道次，无不圆满具足。念云：「若除我之师长文殊化现而来者外，虽印度、藏地一切善知识，皆不能作如是善说。」随念大师之功德恩泽，泪泣湿衣，殷重启祷。尔时大师身色金黄，右执利剑，左持梵箧，现童子像，众宝严饰（等同文殊菩萨之相），乘洁白狮子而至。诲云：「我儿勿哭！我今特来为汝说法，汝当知之。於浊世中，有种种种姓有情，特於此时，不念无常及三恶趣苦，唯独贪着名利恭敬、衣食卧具、凡庸事业，下至能念今世作此等事、来生当感何果者，亦已稀矣！」如是说多法已，又复告曰：「若有阅我忏罪集福，超越经论一切难处之善说已，起决定信，依远离处，专一修行，其得佛位，如在掌握；然能作者鲜矣！虽则如是，但尚有少数法器机缘，应当饶益彼等，特当显扬我之密乘善说，则後世不久，速当相会也。」云云。
复於一时，追念师恩，曾云：「我师今在何处？我何时而能朝见我之恩师耶？」涕泣伤感，毛骨战竪。至诚启白：「结喇嘛宗喀巴当悲愍我，亦当观照此诸[怡-台+龙]悷有情。今师圣教，亦同空中电闪，或乾达婆城，速当摄灭，何日能至我师足前耶？」尔时大师乘猛虎至，其身红色，目鼻丰大，作金刚瑜伽师相。右执利剑，扬举空中，火炎炽然。左持人脑盖骨当胸，中满甘露。其发赤色，青绸缠缚。人骨庄严其身，面容极笑。八十位获得大成就者，前後围绕。慰云：「儿不须过伤。我除汝外，更无所想；汝亦除我、而复思谁？我放汝，何处亦不去。若念我者，此显密二部道次为首，及余一切善说，是我之遗教，可看此等教法也。总之现在有情福德极微，烦恼粗猛，圣教亦至结归之时，汝今亦当发愿来此空行世界也。（空行世界，是修行成就处之总名。）」
次於一时，克主仁波卿念云：「今我亦去者善。今当供我师长，请其来此，亦当请问结喇嘛之住处，亦有余事请问抉疑。」遂陈极上妙供，并纯金曼陀罗供，至诚白言：「父三世诸佛，（谓师即三世诸佛也，父是呼师之辞。）无依众生之唯一归依，结尊文殊，无能等者。」云云。尔时大师坐白云中，仍作生前之相，至前慰云：「儿今当预备速来，我当遣人迎引汝也。」又曰云：「结喇嘛现住何处，我亦愿往彼处。」大师告云：「总之我之化身，有在空行世界、都史陀天、及瞻部洲等甚众。然今支那五台山，有千八百金刚苾蒭（是修密法之出家苾蒭也），上午宣演中观及道次，下午讲释桑都、胜乐、阎曼德迦等三部密法，汝亦发愿往彼，不久即当相会也。」云云。
余文尚繁，难为尽录，即依此五次现身，大师之本可知迹矣！
再者大师前往欢喜顶时，文殊菩萨授记云：「次汝於其壠讲经时，当脱一齿，可授於克主杰，使其徧一切众。」云云。後大师住於其壠修行时，四部密乘诸尊，及三十五佛等现身加持。尔时克主杰白大师云：「昨夜梦见喇嘛为授记，今请慈悲讲演四部密法之摄义——金刚持之道次等。」大师曰：「善。」遂广授诸甚深法要。一日正当日光增盛之时，大师口中出大光明，徧照虚空。会众悉见，亦有见为霞光者。唯有大阿闍黎达玛仁勤、持律名称幢及克主杰见大师脱一齿也。时大师云：「住妙高前如金山，施与无伦善妙汝。」（善妙吉祥贤是克主杰之正讳，此半颂谓克主杰处於大师之侧，宛如七金山住於须弥之前，更无余山能超其上者。）遂将其齿授与克主杰。时大阿闍黎及持律等白云：「何不见惠我等耶？」大师谓曰：「非不与汝等，但因克主杰具有得此之宿根，并为本师所记莂，汝等可於七日之中，殷诚祈祷，当与也。」克主杰亦捧齿归室中，殷诚祈祷，光明满室。过七日已，大师命持牙至前，设诸胜供，然後开而视之，其齿成文殊菩萨圣像，像之徧体，舍利密布。遂取顶上舍利白如螺贝者，授与勇猛金刚；额上之如水精者，授大阿闍黎达玛仁勤；喉间之金色者，授毘奈耶尸罗；心间之吠琉璃色者，授持律名称幢。总之，从文殊之身分取舍利一千零二颗，徧施尔时一切众会。自是以後舍利增长，乃至现代诸有缘者，得之不甚难也。（密传甚多，难尽一一。）