《大乘起信论》一书言简意赅，通过“一心二门”的心性学建构，层层展开染净互熏的流转与还灭运动，法、报、应三身佛说，以及止观修习等大乘教义，明显地表现出对南北朝以来大乘佛教的中观、瑜伽、如来藏等各家学说，加以吸收融摄，并有意识地超越各家的争论，融会贯通，曲成无遗。
《起信论》依照《华严》《密严》《胜鬘》《楞伽》《涅槃》等佛教如来藏系思想而提炼出心性本觉的学说，为中国佛学的发展开拓了一个新的境地。从佛学内部说，它发展了印度原有的空、有二宗，以染净同于一心，心性不二，以及一体二面等中国哲学理路，通过体、相、用三大的不二关系，沟通了生灭变化的现象与永恒真理，在世与出世的二面，从而克服了印度空、有二宗的各自局限，也突破并发展了如来藏系学说。《起信论》的思想，以“众生心”这个概念为主体，主张“众生心”含摄一切万法，同时又把心性结合起来，提出“色性即智”“智性即色”的命题，这样“众生心”就具有超越与现实的双重属性。
它一方面有高蹈的出世追求，而同时又要内在于一切现实，不异一切现象，保持随俗入世的情怀。这种出世与入世的二行之理，把超越的天国拉回到人们内在的心灵之中，由高远走向平实，巧妙地把印度佛学的出世倾向与中国文化的入世精神相结合，在现实中求得超越，通过生灭的现象而“随顺”进入真如的永恒之域，形成一个中国化佛学的圆教体系。
《起信论》不仅初步完成印度佛学与中国哲学的融合，提出一个博大圆融的中国化佛学体系，而且其“一心二门”的心性论结构和心性本觉的思想，也提示了中国华严宗、天台宗、禅宗以及宋明理学的基本理路，对近现代中国哲学也产生了深远影响。
起信论与华严宗
华严宗组织自己的学说，在很大程度上融摄了《起信论》思想在内。它经过地论、摄论的研讨，到《起信论》的出现，再进一步发展而成为中国化佛教学说的一大系统。正如明代德清在《华严宗法界缘起纲要》一文中所指出的，“要入华严法界，必由此论为入法界之门”。实际上，中国华严宗的诸大师，大都是依据《起信论》而创教立义的。
华严初祖杜顺所著《华严五教止观》一文，就是直引《起信论》“一心二门”的思想来诠释华严的“事理圆融观”；又沿用《起信论》止观、悲智不二的学说，提出“止观双行，悲智相尊”的思想。主张以“不住空”的大乘菩萨悲愿，去摄化众生。这些思想，到法藏手里，得以较充分的发挥。
法藏很早就重视《起信论》，曾参照新罗元晓《起信疏》作《起信论义记》与《起信论义记别记》。法藏首先通过判教的方式，把《起信论》判为“终教”。在法藏的判教体系中，“终教”离最究竟的“圆教”只隔一层，是构成“圆教”的基础。“圆教”讲“事事无碍”，乃华严极境，必须通过“终教”的理事无碍为中介，所以法藏的华严学说，是以《起信论》为根基而有所发展的。法藏又以《起信论》如来藏不变随缘与随缘不变二义，来阐发华严宗的理事交彻，“一即一切，一切即一”的宗旨。
法藏晚年，主要发挥《起信论》“心性本觉”的思想，提出性体“圆明”“言海印者，真如本觉”等主张。这些思想，都在其最成熟的《修华严奥旨妄尽还源观》一文中得到体现。
华严四祖澄观也很重视《起信论》，《宋高僧传·澄观传》说他曾在瓦官寺给《起信论》作注，又与法藏学习过元晓的《起信疏》。可见，他的思想也多少受到《起信论》的影响。澄观注意到《起信论》中的“性觉”说，并把它与禅宗荷泽一系的“灵知之心”结合起来，主张“无住心体，灵知不昧”。他又把《起信论》染净不离心体的思想，与天台宗的“性具”理论相融会，提出“如来不断性恶”的思想。
圭峰宗密，是华严诸师中贯彻《起信论》最充分的、彻底的。他的心性学说，就是以《起信论》“一心二门”为根据而建立的真心不变随缘义。他以心为本源，以真如、生灭二门为义，认为“心真如是体，心生灭是相用”。关于真心之体的根本特性，宗密规定为“寂知”，在《圆觉经大疏释义钞》卷一之上中说：“寂是知寂，知是寂知。寂是知之自性体，知是寂之自性用。”就是说，寂是心性的根本，知是心性的妙用，强调心性的灵知妙用，显然是受到《起信论》心性本觉说的影响。宗密把这种“本觉”的思想贯穿于他的判教体系之中。
他认为以《起信论》为代表的性宗，之所以比“破相显性”的空宗更为圆融，在于空宗只是从心性本体为空寂，局限于性体，而不能运化无穷，下化众生。而性宗主张“知为真体”“照明为性”，则可以贯通一切现象，依据真体而又能融于事理，把本体与现象，理与事，超越的天国与世俗的生活打成一片。可见，宗密的宗旨，是力图用《起信论》来发展华严理事无碍的圆融理论。
法藏、宗密主要以《起信论》来结合华严宗理事无碍的学说，到了宋代的长水子璇，则通过对《起信论》的绵密注释，强调以《起信论》真如缘起说作为华严事事无碍理论的依据。在其《起信论疏笔削记》一书中说：“故知真如随缘，是彼事事无碍之由，故得摄也。”中国华严宗推崇《起信论》的风气一直沿续到近代，如近代居士佛教的一代宗师杨仁山，教宗贤首，同时十分重视《起信论》，认为此论“总括群经要义”，是了解大乘佛法的初阶。
起信论与天台宗
早期天台大师是不注重《起信论》的，真正开始对《起信论》进行研究，并以天台宗思想来会通《起信论》的，是天台宗的中兴者，唐代的荆溪湛然。湛然为了重兴天台，与华严宗抗衡，于是开始注意到华严宗一向重视的《起信论》，尤其是《起信论》中“真如不变随缘”的思想，并作了与华严宗不同的解释与发挥。
《起信论》讲真如与生灭“非一非异”本来就可以从不同方面理解。华严宗讲理事不二，是从“性起”方面说的，所以法藏注释《起信论》不变随缘义，是基于“性起”的观点。湛然依《起信论》，乃是为了说明天台宗的“性具”之义。他认为《起信论》之一心摄世、出世间法，即是一心本具十界三千世间法为体，所谓“一切诸法无非心性，一性无性，三千宛然”，就是此义。根据这种思想，湛然认为《起信论》的真如随缘不变的学说，强调的是真如与变灭现象的一体性，有情无情事物都与佛性是同体的。他所著《金刚》一文中云：“万法是真如，由不变故；真如是万法，由随缘故。”即是说，不变与随缘是一致的，不变即随缘，随缘即不变。这样，湛然的“性具”说，依据《起信论》比华严更进一层，由理事无碍说而发展为理事互具说。
宋代天台宗内部山家、山外二派关于观心问题的论争，实际上也是围绕着对《起信论》“一心二门”，真如不变随缘的不同理解而发生的。
从晤恩为首的天台山外派，按照华严宗“性起”真心说的路子，对《起信论》加以引申发挥。在观心方法上，他尤其发挥观性义，主张修习观法，要在直契真心中之佛性上下功夫，则自能随十界缘而不变，亦不变而随缘，不必通过“观心”。后来他的弟子源清、洪敏也都坚持这种思想。而这却引起以知礼为代表的天台山家派的批评。知礼认为晤恩的学说只讲到《起信论》心真如门，不了解生灭门的意义，因而是有偏向的。他认为只有“观心”，而不是“观性”，才是天台宗的本来宗旨，才是《起信论》“圆教”的精神所在。所谓“观心”法，就是依事见理，平看一切，从具体的事物、现象与生活现实入手，逐渐向上趋向菩提。无论是晤恩的“观性说”，还是知礼的“观心说”，其实都是各自引申《起信论》的一个方面而已。山外之学，直接从心真如门入手，认识真如，依理显事的方法，走的正是《起信论》“唯证相应”的顿悟法门；山家之学主张从心生灭门入手，依事显理的方法，则显然是从《起信论》“随顺”的方便观法中脱胎出来。而这两种方法，在《起信论》中是兼容互补的。
明代的智旭大师，教宗天台，他十分推崇《起信论》，并为此写了一部《起信论裂网疏》。他完全依照湛然、知礼的天台理路去发挥《起信论》，认为《起信论》中真如门与生灭门、染与净、真与俗二谛唯是一法，不变随缘即是随缘不变，突出了理事互具的“性具”说倾向。从华严、天台诸家对《起信论》心性、缘起学说的不同理解与发挥，已可以看出《起信论》思想的复杂性与涵容性。
起信论与禅宗
中国禅宗的传承与发展，经历了由依《楞伽经》到依《起信论》的过程。四祖道信开始把《楞伽经》与《般若经》结合起来，并进而与《起信论》的思想相贯通，经弘忍、神秀、惠能、荷泽神会诸大师的不断弘扬，《起信论》的精神越来越深入到中国禅学的骨髓之中。
五祖弘忍开创的“东山法门”，提倡“守心第一”的观心方法。“守心”，从根本上说，就是“守本真心，妄念不生”，这种思想出自《起信论》一心即摩诃衍的说法，其突出当下悟入心真如门的顿悟方式，也是经由《起信论》真如门引申出来。
东山法门重视《起信论》的心真如门，神秀才引用心生灭门的本觉学说，倾向于从始觉向究竟觉的渐入方法。神秀所作《大乘无生方便门》一文中讲的方便通经，广引圣典，就是依照《起信论》的生灭门，通过“离念”的不断修习，而最终证悟本有“觉性”的。由于神秀以《起信论》作为自己通经的根本，从而影响到禅门北宗的传承，都以《起信论》为先要。
惠能主张“无念为宗，无住为本”，则是从另一个方面发挥《起信论》。惠能提出“直心”的观心方法，所谓“直心”，具体说，就是从生灭门直下悟入真如本觉的证悟方法。这既不同于弘忍大师由真如门入手，直契真如，更不同于神秀禅师由生灭门出发，经由始觉到究竟觉的不断渐修，而是《起信论》中念即无念，“知念无自相”方法的直接引入。
所以惠能反对“空心不思”“念尽除却”，而提出要在念念不住的生灭现象中，直下无住，见自本性；在活泼的生命流动中，当下解脱，“虽即见闻觉知，不染万境而常自在”。这种不住内外，来去自由的观心方法，经由神会“正念真如法”的进一步弘扬，到洪州禅提出“任心即修为”的见性方法，更是日见光大了。
《起信论》心性学说与理论构架，不仅影响中国佛学的发展，而且也提示了中国哲学的思惟理路。如宋明理学的“心统性情”说，就明显地从《起信论》“一心二门”中提炼出来；而宋明理学讲的“虚灵知觉”与“明觉”之心，也无非是《起信论》心性本觉说的延伸。乃至近现代中国哲学的许多思路，仍在自觉地沿用或发展《起信论》的思想。以马一浮、熊十力、牟宗三、唐君毅等现代新儒学的代表，或多或少都受到《起信论》的启示，来建构其道德形上学或文化哲学的思想体系。如牟宗三以“一心二门”的架构来建立他的“二层存有论”，通过真如门与生灭门的划分来诠释康德区分自在之物与现象界的特殊意义，从此与康德哲学相会通，可以说是《起信论》精神和思维方式的现代运用。
《起信论》作者强调佛慧种子的绵延，它所创造的智慧成果，在中国哲学文化的发展中确乎具有蓬勃的生命力。