《大乘起信论》产生于中国南北朝后期，绝非偶然，有其深厚的思想渊源和具体的文化背景。
两汉之际传入的印度佛学，初以小乘教义为主，所讲禅法神通，往往与神仙道术思想相附会，因而得以立足中土。魏晋以来，大乘教义的般若空宗传入中国，佛学作为一种理论体系开始与中国传统哲学相汇合，主要表现为般若学与老、庄玄学，通过格义互释而逐步融通。般若学的中国化过程中，出现了对般若空观的所谓“六家七宗”的歧解和论争，而由“解空第一”的僧肇给以批判的全面总结。《肇论》一书，以其超越旧有的比附格义的方法，着重从思想内涵上融通般若中观缘起性空之义与老、庄玄学有无动静体用之辨，从而完成了印度佛学中国化的第一座纪程的丰碑。
与般若中观在中国的传播并逐步与玄学合流而中国化的同时，印度大乘佛学的另一系即唯识法相学也在译介传播。北魏菩提流支等所形成发展的“地论学”，成为北朝佛教显学。稍后梁、陈之际在广州的真谛等所发展的“摄论学”（以阐扬《摄大乘论》为中心），逐步推向全国，直到唐初玄奘从印度留学归国，把唯识法相学的传播推向高潮。但唯识法相学以其固守印度佛教义理而缺乏中国化的创造性发展，流行不久即中衰。
在上述两大系之外，另有一些经论在印度佛教发展中几乎无甚影响，而译介到中国却引起巨大反响。这就是涅槃佛性学一系。先是法显译出《大般泥洹经》（即《大涅槃经》之前部），已引起僧叡的高度重视，对经中所云“泥洹不灭，佛有真我，一切众生，皆有佛性”等，特加表彰。
北凉昙无谶于公元四二一年将四十卷《大涅槃经》译出，立即风靡全国。接着，永嘉年间（公元四二四——四五二年）在南方陆续译出与《涅槃经》同类的经籍，如《胜鬘经》《楞伽经》《央掘魔罗经》《大法鼓经》等。《胜鬘经》即指出人人具有“自性清净心”，此心“含藏如来一切功德”，亦名“如来藏”；《楞伽经》明言“如来之藏，是善不善因，能遍兴造一切趣生”。《大法鼓经》更肯定众生“有常”“有我”，此“我”又名“真我”，即是“佛性”“如来性”。这些新鲜观点，启发促进了《涅槃经》重点所讲的佛性问题以及如来藏问题的广泛研究，并出现了各有师承、互相歧异的涅槃师说。据隋吉藏在《大乘玄义》中记载，这些师说，共有十二家之多。吉藏同门的惠均的《四论玄义》（现存残本）则认为“根本之说”有三家，“枝末之说”有十家，共十三家，与吉藏所说大同小异。
各家师说，围绕佛性问题——关于“正因佛性”，关于“佛性当、现”（即“本有”或“始有”），关于佛性与众生心识的关系等问题，展开了复杂而曲折的争论。如众生皆有佛性，但佛性是在众生心识之中还是在心识之外，亦即在心识之外是否有一“清净法性”？由于《涅槃》等经讲得含糊，如《涅槃经》中一方面讲“净谓如来性善，纯清无染”，清净佛性似存在于生灭心识之外；另一方面，又讲五阴佛性，主张“因色、因明、因心”见佛性，则佛性又似在生灭心识之中。至于《胜鬘》《楞伽》等则又肯定“如来法身不离烦恼藏”，常说“如来藏亦名藏识”，乃至合称之为“如来藏藏识”，似乎又主张“净、染一处”。但言之不详。
关于佛性当、现问题，即众生皆有佛性的“有”，是“当有”还是“现有”？是“本有”还是“后有”、“始有”？《涅槃经》似曾暗示众生之有佛性，犹如“贫女宝藏”“力士额珠”，似说佛性“本有”；但又以乳酪为喻，谓乳中无酪，但酪从乳生，在于未来，似又主张非“本有”而是“后有”、“始有”。经文本有不同说法，故以后地论师的分为南北二道，正是把“本有”“始有”二说对立起来，争论不休。
地论师所据《十地经》（乃《华严经·十地品》的单行本）与《十地经论》，主要思想即“三界虚妄，但是一心作”，并把“心”具体规定为阿赖耶识。但《十地经论》对“心”的规定并不明确，有时指为“染依止”，是“杂染心”，有时又讲心中有一“自性清净心”，“自性不染相”。至于阿赖耶识，既是缘生万法的本体，本身性质如何？其中是否有佛性？也未作具体分疏。
由此引起地论师南、北二道的分歧，主要在于当、现二说的佛性论问题，并直接涉及阿赖耶识的染净问题。南道讲染净缘起是以真如法性为依持，故与佛性“本有”说相关；北道讲染净缘起以阿赖耶识为依持，同南方摄论师相近，认为通过修行，无漏种子新熏，故与佛性“始有”说相关。北道以阿赖耶识为杂染识，法性在识外，故讲转识成智、破识显性的“当果”说，较符合印度唯识法相学原意。而南道以第八识本性为清净阿赖耶，以第七识为杂染，修习是使本有佛性重新彰显，故主佛性不离心识的“现果”说。法上在其《十地论义疏》卷二中，已讲到佛性与诸心识“终日同处，染净常别”，已孕育着心真如与心生灭不一不异的思想萌芽。
《摄论》的传承晚于《地论》。真谛译出的《摄大乘论》与《摄大乘论释》，流行南方，对唯识学体系别出新解，形成摄论学派，在南北朝佛学发展中产生了极大的影响。真谛所译传的《摄论》，其说心识，与《地论》大异，与以后玄奘新译所传也不相同，其主要分歧在于杂染“阿赖耶识”（第八识）之上，是否还有一个清净“阿摩罗识”（第九识），即认阿赖耶识为妄识，与如来藏明示区别。
摄论派其所以在阿赖耶识之上再立纯净无染的第九识，旨在沟通中、印心性学，坚持真心一元论的思想取向，可以说属真心系；而玄奘所传属妄心系，主赖耶杂染义，故真如佛性在众生心识之外，佛性与阿赖耶识是异体和合的矛盾关系，转依的根本靠外缘后得的“正闻熏习”以及六度修行等。这更符合唯识学原义。
真谛的立异，引起《地论》的南、北二道以及《摄论》的新旧译传之间、唯识学系与如来藏系之间的激烈互诤。但真谛试图调和沟通之论并未达到成熟，他一方面另立一纯净无垢、真如为体的第九识，似乎肯定阿赖耶识为杂染识；另一方面又讲第八阿赖耶识既是杂染流转之因，又是还灭的“解性赖耶”，具有二重性，似乎主张赖耶中固有清净种子，只要清除本识中的不净种子，解性赖耶就可增长以至成佛。
吉藏《中观论疏》卷七中曾概述当时真谛为代表的摄论家以八识为妄，九识为真实。又云八识有二义：一妄、一真。有解性义是真，有果报义是妄用。这就使《摄论》的传承中内部也异说纷出，歧解多端。正是这些矛盾两难的异解中，预示着推陈出新的思想契机，预示着更加成熟、更加圆通的理论必将出现。正如有的论者所概述的：“其在印度，龙树、无着，双峰对耸。……延及末流，护法、清辨，互诤空有，法海扬澜。《起信论》以众生心为大乘法体，而众生心一面涵真如相，一面涵生灭因缘相，生灭又以真如为依体，而真如又具空、不空二义。
“于是般若、法相两家宗要摄无不尽，而其矛盾可以调和。其在中国，地论、摄论诸师，关于佛身、如来藏、阿赖耶诸问题，多尊所闻，哄成水火。《起信论》会通众说，平予折衷。言佛身则应真双开，言藏识则净妄同体。于是南北各派之说据无不尽，而聚讼得有所定。”（梁启超《大乘起信论考证》）这一概述，大体如实。
《起信论》适应佛学进一步中国化的历史要求，应运而生，既有其产生所必备的思想渊源、理论准备和文化氛围，更有其使大乘佛学在中国化中得到发展所需要的善于融会中国传统哲学精神的必要条件。这在《起信论》理论体系的一些重要环节中，可以清楚地看出来。例举如下：
《起信论》关于“一心开二门”的理论建构，是其整个体系的核心，由此出发，展开了一系列饶有新意的佛学思辨。一心所开真如、生灭二门，互不相离；“依如来藏故有生灭性。所谓不生不灭与生灭和合，非一非异，名为阿赖耶识”。这就明确地总结和回答了南北朝以来开展的佛性问题的各种论争。自《涅槃》《胜鬘》《楞伽》，以及地、摄诸师，在争论如来藏与阿赖耶识是同是异，以及阿赖耶识是染是净等问题时，都陷入真（不生不灭的真体）妄（生灭的妄相）、净染等二元对立、体用割裂的思维模式，而校论一异，互诤不休。
《起信论》以更高的思维水平，创建了一心二门、真妄同体、净染同依的一元思路；而且坚持真如缘起的思想，肯定一切生灭法（染、妄）皆无自性，皆依真如而起，皆以真如为本体，克服了以往如来藏系也讲染、净和合的二分、二元的倾向，而突出了染无自性、性识不二的一元论。从而为大乘佛法的缘起论和解脱论，提供了更圆满的论证。
而“一心二门”的理论架构，虽从佛性与心识、如来藏与阿赖耶识的异同问题的两难论辩中来，但显然是吸取、融摄了中国传统哲学的智慧。如《周易》有尚杂（“物相杂，故曰文”）、兼两（“兼三才而两之”）之义；《老子》标出“常有、常无”的对立范畴，而作出“两者同出而异名，同谓之玄”的论断；《庄子》有“和之以是非而休乎天钧，是之谓两行”的提示；《中庸》分“未发”与“已发”，《易传》分“寂”与“感”，《乐记》分“天性”与“物欲”，等等。这些思路，自可作为《起信论》由“一心二门”开展出的真妄、净染、性识等一系列“二而不二”构想的活水源头。
“心性本觉”，是《起信论》与印度佛学传说的“心性本寂”卓然立异的根本观点。攻《起信论》者都抓住此点，视“性觉”说与印度佛学传统的“性寂”说乃“根本相反”，指斥《起信论》讲“心性本觉”“众生佛性，即是真觉”，乃是违反“圣教”，“混同能所”，“流毒所至，致趋净而无门”。事实上，《起信论》把真如法性规定为“本觉”，并对由觉到不觉的流转与由不觉到觉的还灭所作的详尽剖析，恰好是《起信论》在佛学中国化中的突出贡献。
佛教东传及其在中国化过程中，长期沿袭印度传统讲“性寂”“性静”“性空”，或以儒家伦理化的人性论来格义而讲“性仁”，到《起信论》一变而讲“性觉”，把众生自觉修行证悟成佛，看作众生自信心中有佛性，靠自心由“始觉”向“本觉”复归，不假外求。这是佛学的心性论、解脱论，由于理论上的中国化而得到的新发展。
《起信论》对“性觉”义的阐释，显然受到了《中庸》《孟子》的思想影响。《孟子》主张“性善”，而必须“尽性”“尽心”，“心之官则思，不思则不得”，强调“思”的作用；所谓“以先觉觉后觉”，“以斯道觉斯民”，更突出了“觉”的意义。《中庸》讲“自诚明”与“自明诚”相结合的觉性，又强调“极高明而道中庸”。《起信论》善于吸纳、消化这些思想资源，故敢于以“不觉”说无明，以“觉”表佛慧，辨诸“觉”义而把中国化的佛学思辨推进到一个新的境界。
至于《起信论》贯注整个体系、消解各种对立的“不一不异”“二而不二”的灵动方法，深刻地发展了佛学思辨中的二谛义、双遣法，确乎使当时佛学界各家互诤、悬而未决的一些繁难问题，诸如阿赖耶识与如来藏的一异问题、佛性与众生心识的关系问题（佛性“本有”与“始有”之争）、染净互熏何以可能等等，都因善于从中国传统哲学的“物生有两”“和而不同”“相灭相生”“相反相成”，以及体用相涵、本末一贯等思想中吸取智慧，而得以较好的解决。
总之，《起信论》是佛学中国化的历史和逻辑发展到特定阶段的必然产物。它对南北朝以来中国佛学的各种论争，在一定意义上作了一个阶段性的总结，并对隋唐中国化佛学的创宗立义，提供了直接的思想资源，与《肇论》遥相辉映，完成了佛学中国化的第二座纪程的丰碑。