此书撰成之后，很长时间史不见载，隋前经籍均未著录。梁僧佑《出三藏记集》、隋法经《众经目录》等皆未载其目；隋费长房《历代三宝记》载宝唱所撰集凡八部，一百零七卷，亦未见是书。至唐代，《大唐内典录》和释道宣之《续高僧传.宝唱传》中也未提及是书。
唐智升《开元释教录》中才首次著录，该书卷六〈宝唱〉项内列「《比丘尼传》，四卷」，并注曰：「述晋、宋、齐、梁四代尼行，新编入录。」这表明，在智升所见前代内典目录中，均无此书踪迹，故智升才将它作为新发现而增加入目。
智升并在《开元释教录》后所附的二卷〈入藏录〉中，将此书正式入藏。今人方广锠据《高丽藏》、《资福藏》、《大正藏》等后代刻本予以复原，此书在一０七六部的《入藏录》中位列一０七三号。
由于《开元录》的增入，是书于唐开元之后遂流行开来。如唐慧琳《一切经音义》中，即多次征引是书。《旧唐书．艺文志》载其目，列为四卷，《新唐书．艺文志》亦作四卷，惟《宋史．艺文志》著录云：「僧宝唱《比丘尼传》，五卷。」与他本相比勘，作五卷者疑有误。
从《比丘尼传》编写体例上看，全书分晋、宋、齐、梁，各属一卷，畛域分明，分为四卷自当顺理成章。宋晁公武《郡斋读书志》云：「《比丘尼传》，四卷，萧梁僧宝唱撰，起晋升平，迄梁天监，得尼六十五人，为之传，以净检为首。」元马端临《文献通考．经籍考》亦作四卷。
《开元入藏录》入藏经典一０七六部，计五０四八卷，号称「五千卷」，对后代影响巨大。《比丘尼传》因被列入「五千卷」，方得以流传广布。会昌法难后，全国均以《开元入藏录》为标准点勘，恢复本地藏经，正如《大正藏》所云：「西京崇福寺沙门智升撰《开元释教录》二０卷，以五０四八卷为定数。」（第四九卷第三七四页下）
姚名达《中国目录学史》谈及此书时亦云：「后世藏经，悉准此入藏录之成法；凡分类、次序及用千字文标号，无不垂为永式，其魄力可谓大矣。」（上海书店影印本，二八二页，一九八四年六月）后世刻经均以此为「永式」，《比丘尼传》正赖此而沿续。
宋神宗元丰年间所刻之《崇宁万寿大藏》，宋高宗绍兴年间所刻之《大藏经》（或称《资福藏》），南宋末平江府碛砂延圣院所刻《大藏经》（或称《碛砂藏》），元至元年间所刻之《大藏经》《或称《普宁藏》）均收录此书。
在国外，高丽显宗时所刻之《高丽藏》，也予以收录。日本《大正藏》第五十卷、藏经书院明治三十五年刻《大藏经》第三十套及《续藏经》致套第十一册亦予以着录，且均作四卷。光绪十一年十月金陵刻经处有单行本行世。本书所录文字以金陵刻经处本为底本，并酌参《大正藏》等版本以校。
这里需要交待的是，佛学界一般以《开元入藏录》为《比丘尼传》之最早著录之书，但此说尚可讨论。考《隋书．经籍志》二，中收录〈尼传〉 一目，谓：「〈尼传〉，二卷，皎法师撰。」我们认为此〈尼传〉，当即《比丘尼传》，「皎法师」实为「释宝唱」之讹误，何以知之?
首先，《续高僧传》卷六〈慧皎传〉中未见引有是书，而《开元释教录》慧皎项内亦无此书之目，历代刻经中也均无慧皎撰〈尼传〉的记载。此其可疑者一。
其二，《隋书.经籍志》所录佛书，作者常有误。如此书杂传类有《高僧传》四卷，题为释僧佑所著，实当为慧皎所撰。因慧皎与僧佑同为梁高僧，故有此误。而《尼傅》作者宝唱和慧皎亦属同时代人，在佛教史上均有重要著作，因而致此讹误的可能也极大。此乃当疑者二。
其三，〈尼传〉与《比丘尼传》名虽有别，但稍加审度，此「尼」乃「比丘尼」之简称亦莹然可见。至于《隋志》题为二卷，与通行本卷数不合，则未详何故。
缘此三端，我们以为《比丘尼传》最早著录之书并非《开元释教录》，而应当是《隋书．经籍志》，后者出于唐贞观（公元六二七——六四九年）年间，而前者乃唐开元年间（公元七一三——七四一年），前后相距至少有六十余年。